DreINT0169130 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000007918 | ttc27
Description
tetratricopeptide repeat domain 27 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030102-1]
Coordinates
chr17:22846143-22890379:+
Coord C1 exon
chr17:22846143-22846238
Coord A exon
chr17:22846239-22890256
Coord C2 exon
chr17:22890257-22890379
Length
44018 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
GGCTCTCTGTGTATATTTAGAGG
3' ss Score
5.67
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTCTGGTGGATTTCTTCAGTGAGAAGGACTGTCCCGTCACGGAGAGGCTGAAGATGTTCTACAGCTGCCGGGCTCCTCCTCTCTGGGATCTACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AGGCAGTTGGCGAGTCTGTTGACTGATTTGGGCCTGACTAGTTCTGCACTGCTGATCTACGAGAGACTGGAGCTCTGGGAGGATGCAGTTGTGTGTCTGGAGAGGATGGGACAGCATGGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000007918:ENSDART00000151999:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF132811=DUF4071=PU(11.5=46.9)
A:
NA
C2:
PF132811=DUF4071=FE(30.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]