DreINT0171889 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061541 | unc5db
Description
unc-5 homolog Db (C. elegans) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060531-162]
Coordinates
chr5:26706003-26730203:+
Coord C1 exon
chr5:26706003-26706106
Coord A exon
chr5:26706107-26730022
Coord C2 exon
chr5:26730023-26730203
Length
23916 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
AATATTTATCTTTTTTTTAGGTG
3' ss Score
10.22
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCTCCGCAAGAACTTCGAGCAGGATCCTCAAGGGAAGGAAGTGCCAATCAAGGGCATGATTGTGCTGCATTGCCGTCCCCCAGAGGGAGTGCCCATGGCAAAG
Seq A exon
GTAAGACCCGTCCTCTCAGCCTCCAACACCATTTCCACAAAGAGATTTTCTTGGAAGGGCAGTGCATGCTCTCTGCTGACAGAAAAAGACCATCAGTGTTGGTTTAAACATAAGTTATTCTGGCTTCTTTGCTTAAAGGGATAGTTCACCCGAGAAAAGAACATTCTGACATTATTACTGGCCTTTCACTTGTTCCAAACCTTTATGAGTTCCTTTCTTATTTTGAACACAGAGTAAGTCTATCAGAACTGTTTCCTCGCTAATTTTAGGGCAAGCCAATTTTATTTAAATAGCATATTTCATACACAATTCTAATTCAAAGTTTTTTTTCTTTACATGAACAGGAATAAAAGAAACAAGAAAATAAAACCAACAAAGAATAAAAATTATTACAAATTTAATTTCTAGTTTACTTGATTCTAAAGATCTGAGTGACCTGTTAGGTTTGTAATCAATGATCATATCGGTAATGTATTAAAGTCCTAGGCCATTTAGTGATTATAGACCAGTAGTAATACTTTAACATCTGTTCTGAATGTTACTGGGAGTCAGTGTAAAGACCTGAGGACAGGTGTGATGTGCTCTGATTTTCTGGTTCTGGTCAAAATCCTGGAAGCAGCGATCTGGATGAGATGCAACTGTCTGAATGTGTCTTTGGGAAGGCCAGTGAGGAGTCCATTACACTAATCCACCCTGCTGCTGATAAAAGCATGAACAAGTTTCACTAAGTTCTCACTGGACACAAAACATCTAATTCTTGCAATGATTTTGAGATGATAGTATGCTAATTTAGTTTCTGTTTTGACTTAACAAGCATGAAATGTTACTTCAAAGTTAAAAATGCATTATTTCTCTATTTTTCCTTCTTCCCAATCTTTGTTCTTTTTTTTTACATTTGTACAGCACTTTGGCCAACAGAAGTTAAATAAATAGAGTTTAAGATATTTTAAAAATTGTTATAAATTGTTATTTTTAGTATCTTGTTTCTACTATAGATATCATTTGCTACGTGTTTACATCATTGTTTAATTCAAGTCAAATTAAATGAATTTAATTTAATTAAAGTGTGAATGCAGAATTCACACTTTAAATTATCCAAATTAGGCCACATAATGGCTCAGTGGTTAGCATTGTCGCCACACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCGAGTCCCGGCTGGGCCAGTTAGCATTTCTGTGTGGAGTTAGCATGTTCTCCCTGTGTTGGCGTGACTTTTCCCCGGTATAGGGGAATTGAATTAACTAAATTGGCCATAGTGTAGCACGATCACCTCACAGCAAAAAGTTAGCTGGTTTGAGCCCCGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTGTGTAGAGTTTGCATGTTCTCCCCGCATGGGTTTCCTCCGGGTGCTGCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATATGCTATAGGTGAATTGGGTAAGCTTAATTGTCCATAGTGTACGTGTGTGAATGAGAGTGTATAGATGTTTCCCAATACTGGGTTGGCTGAATAAGATGGGAGTTCATTCCGCAGTGGCGACCACTTATGAATAAAGGAACTAAATTAAGGAAAATAAATTAATGATGTAAATTAATTCAATGAGCACTGTTAATCCATCTTCTAATAATTTCATTTTGGTAAACTTAGAATAATAGTGTTTATACTGGGACTGTTTTAGATCTGGGGTGTCATGGTGGCGCAGTGGGTAGCACGATCACCTCACAGCAAGAAGTTAGCTGGTTTGAGCCCCGGCTGGGTCAGTTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCCCCCGCATGGGTTTCCCCCGGGTGCTGCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATATGCTATAGGTGAATTGGGTAAGCTTAATTGTCCGTAGTGTACGTGTGAGAATGAGAGTGTATAGATGTTTCCCAATTCTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCTTCCACTGTGTAAAACAAATGCTGGATAAGTTGACAGTTTATTCCACTGTGGCGACCCCTTATAAATAAAAAGACCGAAGCCGAAAAGAAAATGAATGAAGGAATGAATATTAATGTTAATCCATCATCTAAATAAGTTTTGTCATAATGGTAAGCCTGTAATAATGGTGTTAATACTGGGGCTGTTTTAGATCTATTTAAGAGATAAGAGAGAAAACTAGCTCTAGGCATACAAAACATCAAAAGTACAAATCAAATAGTGTGCACAGTAGCTGTTAGTAATAATAAATCACCACAGCACATCTCTAATTATAGAAGAAAAATTATTGCATTAACAACATCACCACCAACAACCAAAAACTTTTAAAAACAAACTAAATTCAAATGATTTATTTGTTGCTCACAGTGTGCAAATAATCAGCATGTGAGTACTACATTGAGTTCTTTATTGTTGTCTTGACTTTAAATGATTTAATTTTGGTAGACTCATCAAATTGACAAGGCTTAAAAAACTTTGAAATTGCAAACTATAATAATGACGTTGCAGCAACAAAAATGTCATGTGGCCTCTGAGAAAATAATGACTTCTTTTTTGAGTGAACTATTCCTTTAAACCCAACTGTAACTGACTGTGACAGTTGTCGTCAGATTTGATAGATTGATTTCAGTTTAATATGCGTTCGTGTGCATTTAAGGGTCAAGTAAGGGACAAAAATGACAGCTCCACAAATCTTGGATCATGAGCAGGCAATATATTCGTGTACATGCGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGATTGTAGCAGGTTTGGTTCTTGGCAGCCCCAAATGCTTTATGAATGATTCAGTGATGAAATGAAAGAGCTCTGTCAGCATCTGTCTTATCTACAGCGCGGTGGGCAGAAACCAGTGGAAATCTGGCAAGTTCTGGAAGACAAGAAGCTCCCTTCAAGTACTTTGTCAACATAAATGAAGTCGGCTATAAGAGAGGCTAGTGAATAATGTAGAGAACACCAGCGATCGGTGATCAGGTCCATTGCAGCACACCTCCGCCATGAAAAATTTAAATCCGAGCTGTGATTGCAGAGATTTATATGGCATCATTTTACCAGTCTCTCTCTCGTTCTTTCGCTCACTCCGTCTCGCTGTCCTCATGGAATGTGTTTGTGGTTTTAAACTGTCATAAACACCCCCTCTGAGAAATGCTCTGCTGGATTTCTGTGGCCACAAAGCTAATGAGAGTCGCATCTTTCGGCATAAAGTCTGTTTGTCATCACTGTTGGCTCTTTGGATAATTAACCAGCCTGATCTTTGTTTTAATAAGCAACCAAAAAAAAAACATCTTGTTTCAGAGTAAATGGTGTTGTTGGTAACTGCATTCTTATTAAGCAGAATGGCAGAGTTTTTTTATTCTATACAACAAATGCGTTTGGTGTTTTTTAGAGCTCAGCTTTTAAAAAGCACAGTAAAACTGGTTAGGATGACTTGTGTATTATATTTAAGTGTTCTGTACTTTATTCTAGCTATTTGATAGCTTTGAAAAAGGCACAGATTTAAATTCAAGCCCTTGCTTAATGATCTTCTTTTAATAGCAATAGTAATATTTAGAAATCATACAGCACACGCAAGTCATTTTAAATACATGATATAAACAAATTTATACTACAGTTTTGTCTAATTCTTGAATCTGATTGGCTGATAGTCGTGTGATATTCTGCAATATCAGAACTCGTACAGCCTCTTCACTTTTGTGTATTACTCTGCACACATAGATTGACAGCAGATTAATAAACTCACTACAGATTGATGAATATTGCAGCTGTTGGACAACATCATGTACAGTTGAGGCTGTTTTAGTCGAAAATGTAGTTGTTTATATTGCAACTATGCAGTTTATTTATAAGGACAGTGCCTATTTTAAATTTTTATAATTTCGGCGATACAGCCTTGTTAGAGGCTGATGTTGTCCATCCACAAGATTGCGACAGAGACCACATAAAATACCCTAAGAGAAAACTTTGTAATTTCTAACTACAACTGATCAAATAATCATAAAAACCGGTAAGTGACTTCTCTTGGTAAGTTGATGTCTCTATTTTGTGTGTCCCAGTGCTGTATTTATACTATAGTAATTGTAGAGTATTGAGTGGAGTCTGTAAGATGGGATGTACAGTAGATATCAGGTATGTAGGTTTTTTTGTGTAGCCACTCATTGTATAACCCTGAGTTACTTTTTGGTTGGCCATCTGTTTGTTTTTAATGAGTCTTCTGTTTTCATTACTGCAGATTAGTTCAGTAAAAAGAAAGAAAGAAGAAATTATCACATGTGTTTAGTGTTTTTTCTTATCATAAACACAACAGTATTCTGGTAGTGTTTGCTTTGGCTTTTTAGGGTTAATTATTGTGATTTTGCAACAGAAAAATACTGGGAAATGCCTCCAGACTGATGGCATTTCATGTCGTTCAGCCTTATAATTTTAAAATGTAAGTAAAATCAGCTGTTTTGTCATCACTTTAGACATTATGCTAGAGAATCATTCAAACACTAGCACTAAAGTGACGTTGAGGAATTAGTAACGGCTTCTGCTGTTCTGACATCAGCTGCAGATGTGAATGAATGGCTAAAGAAAGTAATTCCTCATACAAAAGTATTTTTAGACTGTGTTTGATTTTCTTTTTTATATATGTGATTGTGCCTATCAAACTATTGTATAAACACAATATCATACGACTAGCAGTGCAATATGGCTGTATATTGTCACTGGTGGGACACTAATGACACTTGGTTTGCGGCCTTGTGTCAACGCATGCCTTCCACCAGTGCCGATATACAGCCATACAATATCACACTGCTATTCGTGTGATATTGCTCATATATTAAAATAAACTTATGAATGCAAATAATAGATAGGAAAAATAACATTTTGAAAATGAAACCATTTTTTACAGTTTTTGTTGAATGTCATGTTAGAGATGTGTAGTATGACATTGAAAGCTTTCATGCCTTCACAAAAATAAAAACCTTTCAGGCAATGACTATGATTTTGAGATCCATTTTTTTCCCATTGA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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
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Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
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F:
No suggested primer sequences
R:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]