GgaINT0136159 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001608 | UNC5D
Description
NA
Coordinates
chr22:1882159-1894660:+
Coord C1 exon
chr22:1882159-1882262
Coord A exon
chr22:1882263-1894479
Coord C2 exon
chr22:1894480-1894660
Length
12217 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
TTTTCTTCTTCCCTCCCCAGGTG
3' ss Score
14.19
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTGAGGAAAAACTTTGAGCAAGACCCCCAGGGGAAGGAGGTTCCTATTGAAGGGATGATCGTTCTGCACTGCCGGCCCCCCGAGGGCGTCCCTGCAGCTGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGGAATGGCTGAAGAATGAGGAGCCCATAGATTCCAACCTGGATGAGAACATTGACACCAGGGCAGACCACAACCTGATCATCCGGCAGGCGCGTCTGTCCGACTCAGGGAACTACACCTGTATGGCTGCCAATATTGTTGCCAAGAGGAGGAGCATGTCTGCAACTGTCGTGGTTTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001608:ENSGALT00000002447:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.029 A=NA C2=0.115
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0767911=I-set=PU(34.1=88.6)
A:
NA
C2:
PF0767911=I-set=PD(63.7=95.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]