DreINT0172041 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000036833 | upp2
Description
uridine phosphorylase 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-830]
Coordinates
chr9:16160546-16169552:-
Coord C1 exon
chr9:16169406-16169552
Coord A exon
chr9:16161459-16169405
Coord C2 exon
chr9:16160546-16161458
Length
7947 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACTT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
TTATTTTATTTGTTTTGCAGCTG
3' ss Score
10.38
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCAGGGGCGCCTGGATGGAGCCCTGTGCTCATTTTCTACTGAAGAAAAATTTGAATATCTGCGGAAAGCAAGTGAAGCAGGTGTCAGAAACATTGAGATGGAGTCCAGTGTCTTTGCTGCCATGTGTCATGTCTGCAATCTTAAAG
Seq A exon
GTACTTTAAATATTTACAGTGTATTCTGTCATTATCATAACGTTAATAGAGCCTGAAAATAAATGAGTGTGCCCTAATCATTATGAGAGCATTATAATAGTGTTATTATAATATTGTTAAAGGTAATAAAATCAATATTATTCAAACATTTACGTTTTATATATAATATATAAAAAATGATTGTCATACTGCCTGACCATTGTGTTTCATACCACAAAAAAGGGAGAAAAACAAATCTTTACTTTGCATGTCCATATAAAGACATTGAACAGCAACCAGCTTTGATTAAGATGTCCTTTACCAAACTTATATGCTTGAAAATGAGGAGCACGAAAAAAAAAAAAAACTTTTCCAAGTCTGGTTAAATAACAATAAACATATGGTAATCTGTAATAAATTGTATAGTGTTCTTGAACCATACTATTGTAAAGGGTATCATATATAGTATATTATAGTAATAACAAACATTTGTTTATAAATGCTTTACAGTATACTGTAGTATTTTCAGTGTAATTGTAAAACTATATAACTGTTAAACTGTAATAAATATGGAAGTATACTTAAGTTCACTATCAGCTTGGAAACTAAGTTTTGTTAGCATGGCATATTGGGGGAATAGCCGTTGACCAATCACTCTAAAGAGTAAGAAAAGGGAGGGTCACATTTCGGTCTCTGACCTTGAATCAAACATGATGGCAATGTTTTCCTGGGCTGCTTCAGTGATAGGACTAGAGGTGTCATTACCCCTGGTCCATCCACTAGACCTACTAGATGGGTACTATGTGGAGGGTAATAAGAGGGGCAATGTGAGCACAGTGAGCTCATGTAGACATAGTGGGTGCCTTTCTCCTCCCAGTTATTGTGTGCTTCTGCCCTCACCTCTCTCGGTGTGAGGTGGCCAAGGGGTATGAGGCTAATTTCCAGGAGAAGCATGGTATTGTAGTCAATCTTTGACCGCAAAGTTCTGCTACCTGGTAGGGGTCAGCAGAAGCTCTCGTCAAAGTGTGTATGTTATCTGCAACACTTAAGGCCAGCGCCTACACTGCTGTACAACTGGCTGTTTCCACTCTGCATGCAATGACCACATACAAGCAATACCAAGTGTAAGTGCAGGCCAAGCTTCACAAGGGTGGTTCTTCCCCAGGTAAATGGTTCAGCTTCGCACAGAGACCGATTATTCTCTTATGACCACCAAGTGGTCCAAGAATACCACCTATCCCTGAACCTGGCTGATATGCATGACATCTACAAAGCTTGTTTTCTTGGCAGGCCTGTTTGCCGTCACTGGCTGGGACTTTACCCAGGAGTTCTTGGAGGTGAGAGTGCTTACAAACATGATGGGGCAATCACAGCCCCTTCCTTTGGCATAGAGGCTGCATCGAGCCCACCGTAGGAAGTCAACCCACCCAGCCCAGGGCGGCTGTGAAGTGATCCTGACATGGGCCACCCAGATAAGAGGGAAAATGCTTTTCCTCAGTGGATAGCCAAGGAGCCCCATTGCTGCACAACACCTTGCCACTGGCCTGCCACTGGCCAGCCACTGAGCGGCAACCAAATTTTCAAAAAACATAACACTTTTCCATCTCTCCGGGTGTAAAAGCATGAACTCTACCAGCATAGAATGTGATGACTGCCAGCTCACAACCTCTGTGCACTTCGCCACAGGCTCAGAGGGTGTCAGAGAATGAGCTCCCTTCTATCACACCTCCAGCCTCTTTGCAGAATACTGGTAGGAAGGTAAGAGCAAATCTCTCACTTTCAGATCTTTCTTGGGGCTCCCACCGCTTGTCCGTCAGCAATCACTCTGTTGCCTCTCGTTCAGGCACTGCGAGCCTGTTAAGAGCTGCCCAGTCCATCGCGTTAACTCATTTGGATGATCAGACTCAACAATGCGATTCAGTGGGGAACAGAGCATCTCTTATCTTAGAATGCAGCTGGACTCAATCACCATGATGGCGCACTTTACCACCAAGTGCACCAGCCTGGTGCTGTCCTGGCTGTTCTCAGAAAAAACAGTAGTGCAACTGAAATCTTTTCAGAGGCTCCTGAGGCATATAGCATCTGCAGCCTCTGTCACGCTGCACAAACTATTACATATTAGGCCACTTCAGTCCATCAACCATATGAGTGGTATATGCTCCCACTGCATGTCTCAGTTCATGTGTCTGAAATCACTGCTGATGTTGCTCACATCCTGGGTAACCTCAACTGTGCAGCAGCTGATCCTCTCAGGATAATAGAGACTCCACCCTGGTGTGGTTCTGCTGATATGTGAGGACTTCAAAGAAGCCCAGATGGACCTGTTTGTTCCTCCCTTTACCTGGCCCATTGTCAGTTGTTTTATTTTTTGACTGAGGCCTCCCTCTGTTTGGATGTGCTGGCTCACAGATTACTCCAGGGCCTGCGCAAATACCTCCACATGTGGTTCATAGATGCACCAGAGAAAACTTGGGTGACTTAACGGCTTTGGTGCACTGTAAAACCCAAAAGGTTAGGGTAACTCAAACCATTTAAGGAAACCGATTGCAACAAACCATTTAAGTTCAAAAACTAATTCTAATAAGTAATATGAACTTAATCTATTTGAGTACATAAAGCAATTTGATAATAGTAAAACTCAATAAATTAAGGGAACTCAAACCAATTGAGTACTGTAAAACCCAATAAGGCAACTCAAACCTTTTGATGACACCAAATGCTACAAACCATTTGAGTTCAAAAACAAATTCTATGTACTGTGGACTTACTCCATTTAAGTTGAAGTAATGAGTTAAGTGATTAAGATTGAGCATTTACGATGAACACTAGCTATTAACAGGCTAAATTACTGATGTGAAACACAAAACTAGAGCTGAGTCACAACCTTAAAAAAATAAAACACATTCAATCTTTCAACATTTCAGCAGAGGATCATTAAACAACTCAAGAAACAGTATCAGCAGCTTCATTTAATACTAACCTACTTGAGTTTATCTTTGTCATATGTCTCCTTAAATTCTCTTAAAAATGATAATTTTCTTAGACATCACCACTGATGTGAACTGTGGCTGCGTCCGAAACCACATAGTTCCATACTATATAGTACGCTAAAATCAGTATGCGAGCTGAGTAGTATGTCCGAATTCATAGAATTCAAAAATCATTATGCGAGAAGTACCCAGATGACTTAGTACTTCCGGCAAGATTCTAGAGTGCATCCCATGCATGCTACTACGCAATCCCATAATGCCTCGCAAAAGAATTCATGAATGGAAGTGAAGCGACGCAACTGACGCAGGTAAGTCACATGACCATGACAAAATGGCGAATGTAGTACTTCCGAATTCCATTCAAACTTTTCACATTCATACTGTATAGAACGCACTTTTCTAATGGCCGAGTAGTACATTTAAATTCAAATGCAGTACCTACTGAGTAGTAGGTGGTTTTGGACGCAGCCTGTGTTTGCTTTATGAAGGAGTGTTGAAACATTCTCCCAGCATGCACTGCAACATGAAATGTGTCACCACCAATGAGACTCATACTCTGATTCTTGATGTCTTCATCTCTTAGTTAATTTTGATGTGAAGGGAATGTTCCCACATGTTTGTTTAGAAGCCCTTAAAAAGGTTTAGTAAATTAAGCATCTACTTTATTCAATGCTTCATATCCAATACCATATCATCAACTTAATTATGAATTAATTTAAATAACAACATCAATTATGATTCTGCAATTTAACCTGATAACAGTTTTTTCTTATTTTTTTCTTGTAAAAACATAAAATTACAACATTCAAAGAGAAACTAACACTACAAATGAAGTCAAAGAGCTCTAGAAAAGCAACTACTGTTCTGATCAATGGTGGCGTCTAAGACATTTTTTTCTGTGAATCTCACAAAGGACTTTGTAGACATATAACAGAAACAAAGTCCAGCAGGTTAGTAATAAGTGAAGCTGTTGATACTGTTTGTGGTGTTGTTTAATGGTGCTCTATTAAGATTTTAAGAGATTGAATGTGTTTAATTTCATTTAAGTCTGTGACTGAAGTCAGCTCTAGTTTTGTGTTTCTCTTCAGTAATTATGCTTGATAACAGAAGGTGTTCATCATCAATGCTCAATCAACATTTACCTAATCACTTATTTAATTCATTAACTTCAACACTGTTCAAAACTCTTTTCAAATTAGTAGAATTAACTTCCAGTACATTTTGAGGTAACTACACTCTTTTCAATTGATAAATTTGACTGTTGGGTTTTACAGTGTAGTTAACACCATAACTCAGGCTAGAGCATCCTCTTTGAGGCATGCTTACTCCCTAAATTAAAGTTTTTTTTGCTTAGTGGTGACTTCTGCCATAAAAAGTTCCGGAATTGCCAGTTCAGTGTTGTGTTATCTTTCCTTTAGTATAAGCTGTAACAGAGGCTGTAACCCTCAACACTGAAGGTTTATTTTGATGCCATCTCAACTCATCATGATGCAGTGGATGGCAGCGCGCTTGGGAAGCATAACCTCATCATCTGGTTCCTCAATCCTTTCATTACCTTTTGGAATCTCTCTGTAGTTCTAGCAGGTCTTCAGCAAGCCACTTGACTAAGTAACTTTAAGAATTCAGTCCATGCATCTGCTGGTTTTGGTCAGCCTAAATTTTAGAGACTTTTGCTGTGTGCCTAAGGTTCCTTCTAATCCCTTTTAAAAACAGGTAGTAAGCATACAAGTGCTTTAATTGCTTTGTTGTTATAAGATTATCTAAGCAGCTCATTGTCTACTGCTCATTGTCACTGGATAGTGCGACACACAACACATTCACAAGATTTTAGATTTGGCTAGCTGGTGGAACCTGACTGGTGCTACCCAGCAACCAGGAGGAAAGTAAGCTTGGTTCACCATTCTCTTATTGTATGGGTCTTAGGTTGCTAGGTGACCGTTAACAGTTTTTTTTCAGAGCATGACAAGCTGACAAAACATTGCTGTCACTTCGATACAAGTTTTATTTAAGGAGAAAATTACAAAGCACTGC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Seq C2 exon
CTGCAGTGGTGTGTGTGACTCTTCTGAATCGGTTTGAGGGGGATCAGATTTCTACACCTCATGATATTCTTATGGAATATCAACAGAGACCACAGCGTCTTGTGGCTCACCTAATCAAAAAACGGCTCGGACTTATCTCATAAAATCATGCAATGAACATCTGCAATGTACATAATTCTGTTCATAATGTGTGTAAATTGATAATGTTGACTTACTTTATACTTTATAAACACAACTTACTTTTGGTATCGTAATAGTCCATATACTGTACACTATGGCAAATAAGTATTGAGCATGCCATGATTTTTTTTTTTTTTTTCTGGAAGTAATATTTCTAAAAGAGCTGTTGGTTCTTTGGGTCCCATCCATCAAATCAGATGTTTTTTTATTTTGTATTGGATTTAAGTCAGGGGGATGGCTCGGCTGGGCCATTCTACAGCATGTTTTTCTTTCTCTGAAACCATTTTAGAATTTCCATGGCTGTGTTTTGCATCATTGTCTTGAAGTTGCAGAAATGTTTATCCTGGTTTCATCTTCATCCTCTGGTACAGTAATGTAGATGTTGGACTGAAGCAGCTAATATTCATTTACAATGGCGAAGAGATTTCAGCTGCTTTTCTTATATATCAATATATCATCCAATTATATCAATAATGAAAATGTATTTATCAGAAAATGCTAACCAAATGTTTATTAAATGTCTTAAATGTTTAGTTTACAATATCTACTGTATAGTTTTGTTTTACCAGTTGTTTTGTATTATAGAACTTAAACATATGTTTTGTATTATTTCTTTAAACATATGCTTTTAAATGACGATTCGTTTTAATATTGAAATTATTCATAAAATCACTTTGCCTTTCCTGTAATATTTATTTTCATATATTGTAATAAAGAAGGAGTTGACCAACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000036833:ENSDART00000053473:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.021
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0104815=PNP_UDP_1=FE(19.5=100)
A:
NA
C2:
PF0104815=PNP_UDP_1=PD(15.5=81.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]