DreINT0173009 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000022187 | usp6nl
Description
USP6 N-terminal like [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041210-192]
Coordinates
chr4:24069709-24079895:-
Coord C1 exon
chr4:24079815-24079895
Coord A exon
chr4:24069817-24079814
Coord C2 exon
chr4:24069709-24069816
Length
9998 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACGT
5' ss Score
10.75
3' ss Seq
TTGTTGTTTATTGTGTGCAGCTG
3' ss Score
7.32
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAAAGCAGCTGGAAGTGGAGAGAACGACAAAATGGCTGAAAATGTTGAAGAGCTGGGAGAAATACAAGAACAGCGACAAG
Seq A exon
GTACGTGTCCTTCATAAACACATGGCAACTCTCTGAAGGACTTGGAGAAACTCCTTCATTATTGTGTGTGTGAATGGCTGCAGTTCCCTTCGGCTGTCTTTGTCCTGCGAAACAGGCGTCATTGAACTGGTCCCCTAAGAAAACCACTGTCCTGCTTCAGCTGCTCTAAATCTGTCCACCTCTGTCTGGTGTTTGAACATCTTCAGGCAGCTGTTAGTGTGTTCAGTTGTGTTTCTGTCTATTAACTGTGTGAAATGAGAAAGGTTCACGGTGAATAAGGTGTAGCGTGATGCTGATGCAGTTTATTGCTTTGTGTAGAACTAATTATTATTACTTATTATGACTACAATTAGTTTGTTTACATAGTGTCTACACCAAGGTGGCGTTTGCACAAGTGTGCGTTCTTTTAAAAAAGGCATTCTAGAATAAAAACGCTCCTCCTCCAGGCTGAAAATCACTATCTCCATTCACAATAGCCTAAAATGACACATAAACATTTGCTTTCATTGGGAATGTGCCTATTTTGGAAGTTATTTATAATATTTATTAAATAAGCACACAGTAATGTAAAAACAGTTGTTATATAGAGTATTATTACTATTATTTATTAAATTACTCATAAAATTGTATTTTATCAAAGCCTTCCACTGCTCCAATCCCCACAGTAATGTAAAATCAGTAATTATACAGAGTATTATTCATATTATTTACTAAATTGGTCATTAAATTGTATTTTATTAACACATACTCCCACTCCAACCCTTGCAGTAATGTAAAATATGTATTTATTCTGAGTGTTAGGGCTTGACAAATCAGGGAACGGTGGGCAATAATACATAAGTTCAATCAAAGAGTGATTGTGGATAGCCACGTCTGTTTTCAAAAGTCTGTATTTTAGTCTGTCTATACTTAAACAAAAAAGCTGGTGAATCACTGCTAAAAACACATTCAGACTCAAACTGAATTGAATAATTGAACATCATGTTTTCTAAAAAAAATACAAATAAATTGTGTTCGTTGGTGTTTGAGATAAAATTAAAATTAAAATAAATCATGTTGTTTAGAGGGTTTGCCATTTGCCATTTTGGGTTTCAGAAATGTCTGGAAATCAGCGACAAAATGTATATAAGCCAGATAGTGTTAATGAGACAGCTCCCACAATATGTCCAGATTTAAAAAAAAAAATTTAAAGTGTTCACTTATTCTGGACATTAAGCTGTTAGTGAACAGTTGAATGTCTAATTTAATACTTTCCACATGAACATCATCATAGTTCACTTACTGACAGCACAGACATTCGAATCTAAATCAAAAATGCTTAGCAACACCAGGCAGATTTTGCATGACGGCAAGAGTTGAATAATTATGTAGCAATTTGGTCAATTTTCTCATGCTCAGAAGTGGAGGGTCAGCACTCAGTCTGTTCTTCTCCGTCTGTCTGATAAAGAATAAGATGCATTCAGGATTGGTGTTCACTCAGGAAACAAAATGAAGATTTCCAGATAATTATATCCCATTTTGCATCCTTTTTGATCTTCAGCCGTCAAGGTCACACATAAAAAAGCTGCTATGCTATGCTTTTGTTAAATTAATTTAGTTATTTGAAGTTGAAATCAAGCCAAAAAAATGAACTTAAATTTAGTTAAAACCTGATTAAAATAAGTTAATCAAAACTTTGCTAAGTTCTTTAATACAAAGCCTTTTTTTTTTAAATAAAGATAAGTTGCTACTGTTTGTAACCAATGGATACATTATCAATTTTTAAATTGGAAAAATATATATAAAAATGTTTTAAACACCAGTTTTTGCATTTAAAAAGGGTTTTTGTTTATTGTTCATACACTCAACAAATTATTTTTGTTGCTTGTTCAAACTACTTTAAAATGTGCTGTGTTTTGGGGGATAACCTAATTGTTTTATGTTTAATCTACTCAAATTTGTTAAAATAATTACATTAAATAAATTGATTTGTTTTGGAACAACATGAAGGAATTGTGTGTAACCCAGCTTTTTTACAGTGTATTATAGGTAGTTATTTGTGCAATTTCTATCTGCACTACATGACAAAGGTCTTGTTGCCCATCCAAGTCAAATAATAACTTGACTTCTAGTTGATCATTTGGTATCAAAAGTGGCTTATATGAAAGGCAAACCCCTCTAGATTATGCTTATTGTACCCAAATAAAATATAATCATATCTTGATTTTTAATTATTACCTTAGGAAAGTAAGGTCTGACTTCGCCTAAGGCAAGGCAAGATAAAAAGTCTTGTTATTTAACAGAAATAATGCACAGTATAGAATATAAAGTCATGGTGCAGTGGAAAAAGAATAAATATTGTGTATGACTCCCATGAGCTTGGAGGACTGCATCCATACATCTCTGCAAAGACTCCAATAACCTAATCAATAAAGTAAACTGAATTGGCAAAGAAAGCGATCTTGCAGGACTCCTAGAGGATATCAAGATTCTTTGGATTCATATTCAATTCCTCCTCCATCATACCCCAGGCATGCTCAATAATGTTCATCTCTGGGGACTAGGCTGGTCAATCATGGACCATGCACCTTGACCTTTTTTGCTTTAAGGACTTTGATGTGGATGCAGAAGTATGGGAAGAAGCGCTATCCTGCTGAAGAATTTACCTTCCCCGTAGTTTGTAATGTAATGAGCTGCACAAATGTCTTGATACCTAAGACTGTTGATGATTCCATCCACTCTTTAGATCGCTGACATGACCCCATACTTAATGTAACCCCAAATCAACCATGATTTTCCCCTCACCAAACCTGACTGATTTCTGTGAGAATCTTTGGTCCATATGAAGTTTCAATTCTTCTGCAGTATTTGTGATGATTGAGAAGCAGTTCAACAGATGATTCATCGGAAAACAAACTCGAACTTTTCAAAATGATCAACTAGAAGTCAAGTTATTATTTGTTGCTCTTATGAGTGGGATCGATGACAAGACTTTTGTCATGTAGTGTATTTTAAAATGTTAAGATCCTCAAGTTTATTCACTTTAAAGTTAAACATCTGAATTTATTTCACCTATATAAACTATCTGCTTAAAAGTATCAGCAGTTTATTAGAATATTTTTGTATCCATAAAAGTGGATGTTGACCTGCATCAGAGGACCATGGACAAATGACAGTAGAAACATTTTGATGAGAGCTGTGAAAGAAACAATCCAGACACAGAGTGCTGAAACAACCGTTTGACAAACACTCAAACAGAAAAAAAGTAAGGTAAATGGAGACAGGCAAGTTTAGGGGAGGACGCTGAAACTGCCTCAGGTGACAACAGGTCCAAACGCTGGATATTTAATGGACACACCAGGTAGACAATAAAAAGAAGAGTACAGTGAACCAGAGACTTCAAGATCTCCGCTGGCAGGTCTTGAATGGGTGTGCTGTGCAGGCAAAGGTAACCAGCAGGCAGGGAAAATTCAATGTCTACAAGAGGAACACAAGTACAACACAACAGATGAGAAAGGAGAAGCATCAACAAAAGCAAAAAAAATGACTTCAGCAGGGGTGAAAAAAAGGATTTGAGGGCCGTAGTGTTCAGTTCCAACTCTCCAACGAACATACCAAGCCATTTTAAAATAAGCCTGAAGGATAGTCTAGCTCAGGGGTCACCAATCTCGATCCTGGAGGGTCGGTGTCCCTGCAGGGTTTAGCTCCAGCTTGCCTCAACACACCTGCCTGGGTGTTTCAGTATACCTAGTAAGACCTTGATTAGCTGGTTCAGTCGTGTTTGATTAGGGTTGGAGCTAAAATCCGCAGGACACCGGCCCTCCAGGAATAAGTTTGGTGACCACTGGTCTAGCTGTATCAGGTGTGCTTAATTGGGGTGAAGCTGAAGTTTGCAGGACTGAATTAGACAGCTTTGGTAGACTAGAGTAACCCAAAAGCCAGCAAGCTAATAAACAAATAAACTAAATTAAATTAATATATTAAACAAATTAAAATAGCAAATAAAAAAAATTTAAACAATATACTAACCAACAAAACACTACAAAGACTGCAAGGTATGTTTGCTGGTTGGTAAAAAGGTAAAATAAATAAAAAATAATAATAATTAACAGTATAAACAACTGAATTAAATGGAATTAAATTGAGTGCAAACCTTACAAAGGAACTCAGAACTGGTGTGGAGACTTGGACACCAATGTTACAAGAACAGGTTTATAGTAGCACTAGGGATGGATGAAACGAAATTGACAATTCGACAAATCCTAAACAGCAGATGTTTTAAAACATTGCTCTAAAATGTTTTGAAACACCCGTTTTTTATTGTTTTTGATTTTTTTTCATAAACCAAACAACACATTTATTAACAAATAGTTCATTTGAATGTCATGATCATACACCTGGCACAATAAGGCGCAAGACGTGTTTGGTGCAATTTGATGCTATTTTCAGACCAGCGAAACCCTAATTTTCACATTTTGCACAACGTTGTTTAAATAGCAAATCAATTTGCTATTAGTTTTGTGGATTCATGGCCATTCCGGTCTAAAAAGGAGAACTGTTAAGGCGCATTGCTGGCACGTTGCTGTTTCGAGGAACTGAAAGCTAGTCAAAAGTGCAGCGCAGAGCATGTTGGTTATGCGCCTATGCAGGTCCAAAACGTTAATTCATTTGTTTGCTGTAAATTAGAACTAATTTTGAAATAGTTTTAAAAAAATAAATTTGCGCTTAACAAACTAAATTAAGTATGTAGGCTAATAGATGTCTTTAGTAGAGTGCGTACAACACCATTTCCTTATCCACAAAAGTAAAGGAATAAAGAGTAACAGTAAATATGCTTTTGCGTCATGCGCTTTAAACTTTGCACCTAGATCATTAAAATAGAGCCCCCAATGTTAAAACACAACACATTTCAAGAACAAAGCAATAAAAATCCAAATTTTAAATGACTGCAGTTGCTTCACCCAGGATTCGTACACAATATATCTGTGTGCCAGTCAGAAACATTAACTGCTTTAATAAAT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Seq C2 exon
CTGGTGAGGAGGATCTACAAGGGCATCCCGCTGCAGCTCAGAGGACAGGTGTGGTGTTTGCTGCTCGATATTCCCAAAATCAAGGAGGAGAAGAAGGACTTCTATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000022187:ENSDART00000143571:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0056613=RabGAP-TBC=PU(11.9=69.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]