HsaINT0179355 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000148429 | USP6NL
Description
USP6 N-terminal like [Source:HGNC Symbol;Acc:16858]
Coordinates
chr10:11543100-11551674:-
Coord C1 exon
chr10:11551594-11551674
Coord A exon
chr10:11543208-11551593
Coord C2 exon
chr10:11543100-11543207
Length
8386 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAATT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
TTTCTTTTTCTTTTAATAAGTTT
3' ss Score
6
Exon sequences
Seq C1 exon
CAAAAGCACCTGGAAATTGAAAGAACTACCAAATGGCTGAAAATGCTGAAAGGATGGGAAAAATACAAGAACACTGAAAAG
Seq A exon
GTAATTTAAAATCATGTTTTTCCATATGAAACTATATAAACTCAATGTGGATTTTCATAGTAGAAGTTCTTCTTTAATTATAAGAGTGTTACATTCATATTTGGTTTTGAAATTTTGGTTTAATTTAGCAGTATGCCTCGAATTAGGAGTTTTTATATTGTAAGTAACGTAATACCCGATTCGGATTGGTTTCGACATTTAAGTCTGTATTGAATGGTTCAGAGGTGGGATGGGTTTCAGGAGTGATTTAATTCAGCTGCTTAATGAAGTTGCCTGTGCCATAGTTTCTTCCATCTCTTCTCTGCCTTCTGCACTGTCAGCCCCATCTTGAGGTTGGCTTCCCTTTGAGGTCAGAATCACTGGAGCAGTTCCAGGCTTTGTATCCACAGATCATACTGCTCAGAAAGAGAGAGGGCTGGCCTCTGAAAGCATTCCCTCAAGCAGGAGCAATCTCCTTTTTCAAAAGCTTCTAGCAAACCTCCCCTTTAATGTTTTTGCCTTGCGTTGAGTTTGTGCTAAGTTAGTTAGAGAAAAATACATACATATATTAATATCACCATGCGTCTCATCAGAAAAGTCTTTAAACAGTGAGAAGATGTCAAGCTCCTGGTGGTAGAAGTTTTCCAAAGCTGTTAAGTTTTATTTGAAAGGTCAAATATCATCAGTGGCAATAAATACTGTGTCAGTTATCTTCCTTCAAGTGACAGGCTCATTTAAGATATTTTTGAGATAATGTCTGCCAGATACCCAGTGCTTGAGTGGCAGTTGCTTATTCTTTCAAGTAATAACAGTGGTTTGTGAAAATGTTCATGATTCAAAGAATTTCATCCTAAGCACTTTTTCTTGACACAGTCATTGCACTTGGTTGTGCAGCACAGAGCTCCGTATGCACTTCCCGTCTCGTCACTGCTCGTTACGTTAATAAGACCTCTGTCAAGGGTTGATATTTAATCAAGTTAACACTTTTTACTGCTTCATCGAGGGCATTCTTAAGTTAAACTGACTTTTTAAAACACAGAGTGAGGAATCACTAATTCCACAGTACAGCACTACTGCTGCCTTGATTAGTTCCAAGAGCCGGTAGTTTTACCACCATAGCTTTTCTATCATCAGTGCAAAAGTTTCACTATAGCTTTTTTATGATCGGTGCAAAAGTCAGCACTGTAAAAAGAAATAGTTTTATTATGAAAATCGTTTTGGTTTCATGGGCCATATTTTGAGAACCACTGATGTCTAAGCCTCAGTTTCCTCATCTGCAGAATGGAGATAATAGTGTCCCATTTCAAAGGGATGAAGATTTCATGATTTAATGCATGTAAAGCACTTAGCATTGTACCTTACATAGAACAAGCATTCAGTAAATGTTAACTACCCCTATTAATTTCTTGAAGGAAGGCTGAACAATAAAAACATTTTAAAGGAAAAAAAGGAAATCTAACTTAGTCCTACTAGCAAAACACAACTGAGTTAACTGTTGGGATTTTTGTCCATTCCTCACACTTTTTTCAGTATAATCCTTTCTTTTCCCTTTTTGTATAGATACAGATTATCTTATGTCAACATTTGCTGATGAGAATTCCAGGGAGCATGAGTTTCTTGGGTTCTACTAGTTCCACAGAAGCAGTAGTATAGCCTGATGGTGAAGAGGCAGATTCTAGAGGCAGACTATCATGGGTCAAACCCCAGCTCTGCCACTTCCTAGCCATATGACCTTGGGAAAGGCATTTAACTTTTTTCTGCTGTACTACCTACCCCATTAGGCTTGTTGTGAGGATTAAATAAGTTAGTTGATGTAAAGCATAGAATAGTGCCAGGCGTTTAGTATGCAGTCAGTATGTGTTGCTTATTATTAAATGAGGAAAGGGCTCTCTGGTTAAATAAAGTTGGGAAAACCTGAACTAAAAAAAAATTAAGCAAGATTTCTTTCTTTACTGTAGGATTATTTAGTCTTTAATATGAGGTATGAATTTTTAAGAGGGATCTTAAATCACATGAAACCGACTTAACCATGGGAATCTTTTTGACATGGGTATCTTACAGAGCTAATGAGCCTTTTCTTTTTGAGCATACTAAATATCCTTAGGCTCTTATATTACTTTGTTTTCATCAGGGGTGAGTTCATTTGGGGTGGTTGATTTTATTAACTGTCTGTTTTAGCATTAGGTTTAGAACTCAGGATGTTTTTAAGAGGACACACTTCAAAGTAGAATATTAGTTACAACATCTGTTCTCTTGTTTAATATTATGCAGTCTCAGATTGGCCTACATTTGACAACTACTTTACATCTTTGTGGAAAGATTGCTCAAGTGGTAATTACAGGGTAGATTTCAATGCATTGCACCTATCCTTTAATCTCACATTCATTCTAATAAAATATTTGTAGAATGAATATTTTGTTATTCTGTGGTCTACATATGCCTATGAAAGTACGTAAGCCTCTCTAAAAACGAACAATTCTACTGGGCTATTATTCTGACAGCAACTCTGGCTAATGCAGTTCCCATTTAGTGAGATTTTAGCAGTGCCATGTCTTTGAAGTATAATTTTGAAGCACTCTCCGATAACTATAATGCTAGAATCATTTGATGATATATGTGGCCCAATTTGGTGTGAAACAGAATGAACCTTCTAAAAGAATTACTGCTTTCAATTCACACCTAGTTTTAAATTGCATTCAAGTAAAAAAACTAGCATTTTTTTTCTTGTCTTTCAAGGAGAAGTATGTTTTCTCTCCACAGATTCCTTACTTATATAGTAGTAATACAGAGAAATTCTAAAAATATTTGAAATAAAAATATAGCCCTGGTAGGGAATATTTGGATTTTTAGAACCCAAGCTTTAATGAAAAAAAAAAAAAAATTCTGTTAAGGTTGTTTGTGTTGCCTCTGTTCTCACAGTGACTGCCTCCCTATGTACAGTAGTATTGTAAATTTTTTTGTTTTTTTTTGAGAGACACGGTCTCTGTTGCCCAGGCTGGGGTGCAGTTGCGCAATTATAGTTCTCTGCAGCCTGCAACTCCTGGGCTTAAGTGATTGTCCTGCCTCAGCTTCCCAAGTAGCTGGGACTGTAGGCAAGCACCACCATGCCTGCTAATTAAAAAAAAAATTTTATTTTTCTAGAGATAGGGTCTTGCTATGTTGCCCAGGCTGGTCTCGAATTCCTGGTGTCAAATGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCAAAAGCATTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGTGCCCAGCCTGTATTTTAAAAATATAGTCTATGAAGTGAAGTTATCTCTGTTAAGTGGAGACCATTATGATTTAACTGGTCATGATATACTTGTGTCTAAGCTATGTCACAGCAAAGTGCCTTCTACAAATACACATATTTTTTTGTTGGTCAAATAATTGAATGGACCTTTCAGACCATATTAACCATTTTTTTTTAACTGACTGGAAAATGGAGGCATATTGCCTAGAAATAAATTTCTTAAGGTCACACAGCTTGTTAGCAACAAGCAAAAGAATGTCCAGACTTAGAGCTCATTTAACTGTACCATCTTTTATGCCAGCTTTCCCTTTTGGTGTCTGTCAGGGAAGTAGAATGTAGTTATAAAACACAGTAGGGCCTTGTGGATGGTTTAAAACTTTTTTAGATGCAGATTTGGGAGACCTGTTGCTGTTTGAAGGCAGAAACAAAGGAGCCAGTGGAGCAGGGATGATGAGAGAAAATGGAGAGGCAGTGAAAGGCATAAGCAGCTCGAGTGAGCCTCTGTTTCATGGCGCACACTCGCACAAAACTCAGCCAGGCTTGCTGGGCTGAAAAGTTTACTCACTGGCAGTCATAATGATGTGGATTGCACACTTGTCACTGTTTTAATCACCAAGGTTTAGAAAAAGGTACTGAAAACATTAGTCATTTGTTGGAATTTTTTTTTTAAGTCCATAGATTTTTAAATGTTTCTGTGGGACTACTGTAGACTTTTTAAAGATTTTATGTATCATATCTATGAAACAAATTTGTAGAAGAATCTTAAAGGTGATACTTTTCAAATTGGAATACTGAAATGTTACAATTCAATATGTAGAAGTTCTTTATCATGGTTGTTAAGAGTATGGATTCTGAAGTCAGACTCAGACTGAATTTGAGTTCTTATAACACAGTTTCTTTTGAGCTAGTTACCTAACCTTTCTATGTCCTAATTTTTTCATTTGTGAAATGGATATGTTAATAATAGTACCTACCTTTTTAGGGATGCAGTAATATTACAATGAATGAATTAATTTAGAAACACATAGCATAGTGTCAGCTCATAATAAATAATCAGAAAGTGTTCTTTAACAATTGTCATTATTACTGTTGGACTCATCATTATCCACATCCTTGCTCCCACCCCCACTTTTCCCTTCCTGGCACATTCCTATTCAGTATTGAGTTTATTGTCATTTTCTCTAAAGGAACTCCTTTCCATCTCTCACACAGGATTAGTTCCTCCTTTCTTCTGTTATCTCTAAGATAAGCTCAGGATGACAGTCCCTGTGTTGGACCCATAAGAAGTGACCATCACAGCAGATGCATGGCGCTCACCCCAGCAACTTTGTCCCTAACCCTTTTCTAGTTCTCTCTTAGAATTGTATGTATCTTTTTGTAGAAGGGCTAGCCACTCCCTGATAGCTTCTCTCACAGATCTCGACAGTGTGGTGCCCACCATCCTTCTTTTACCACTCTGGCTCACTGGGGAGTCTGTCTCTACCAGCACCTCCCCTGTCAGGGCATGGTGCTCAGCACTGTTAGCAGCTCATGTATGTGACTGTGTTTTATGATAAAGGATTCTCTGTTTAAGTTATAATTATCAGCTTACGTATTTCTCTTCCCAGTACGCTGTGAGCTCCACAGATCTTTTTCATGTTTGTAGCCACAGAACCTCATAAGCGTTGGCCACAAAGCGGGCATTCATTACAAGTTATCATTTTAGAATGAATGAATGATGTTCGTTTATGAGTTGAGGACAACCAGCTATCAC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Seq C2 exon
TTTCATAGGCGAATTTACAAAGGAATACCACTCCAGCTCAGAGGTGAAGTCTGGGCCCTCCTTCTTGAGATCCCTAAAATGAAAGAAGAAACAAGGGACCTGTATAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000148429-USP6NL:NM_001080491:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.005 A=NA C2=0.028
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0056613=RabGAP-TBC=PU(11.9=69.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)