DreINT0173535 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000044718 | vav2
Description
vav 2 guanine nucleotide exchange factor [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091204-420]
Coordinates
chr21:18032890-18049478:-
Coord C1 exon
chr21:18049410-18049478
Coord A exon
chr21:18032996-18049409
Coord C2 exon
chr21:18032890-18032995
Length
16414 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGAGTAAGT
5' ss Score
9.35
3' ss Seq
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3' ss Score
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGAGCATGATGTGGGAGAGGACGACATCTATGACTGCGTCCCCTGCGAGGATGATGGGGACGACATCTACGAGGACATCATCAAGGTGGAGGTTAGACAGCCTATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000044718:ENSDART00000143987:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.404 A=NA C2=0.028
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]