RnoINT0162659 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007422 | Vav2
Description
vav guanine nucleotide exchange factor 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1306285]
Coordinates
chr3:5847840-5864288:-
Coord C1 exon
chr3:5864220-5864288
Coord A exon
chr3:5847943-5864219
Coord C2 exon
chr3:5847840-5847942
Length
16277 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTAAGT
5' ss Score
8.82
3' ss Seq
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3' ss Score
10.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CGAGCATGACCTGGGTGAGGACATCTACGACTGTGTCCCGTGTGAAGATGAAGGAGATGACATTTATGAGGACATCATCAAGGTGGAGGTGCAGCAGCCCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007422:ENSRNOT00000009893:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.493 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]