DreINT0173559 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000075962 | vav3b
Description
vav 3 guanine nucleotide exchange factor b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-251]
Coordinates
chr2:16422825-16430580:-
Coord C1 exon
chr2:16430485-16430580
Coord A exon
chr2:16422894-16430484
Coord C2 exon
chr2:16422825-16422893
Length
7591 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAA
5' ss Score
7.09
3' ss Seq
TTTCTTTTATCCAATTATAGGAA
3' ss Score
9.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATGTTCAAAAAGAGCCAACAATGGGAAATTCACTTTGAGAGACTTGCTTGTGGTGCCAATGCAGCGAGTGCTGAAATACCCACTTCTGCTTCAG
Seq A exon
GTACAATAATAAACAACAAAAGTATTAGCAGTATGTAAATATTTAAACTATTACCTTATCCTATTTAAACACATTGATTTAAATCTTTAACATAAGCATATGTTGCTGCTTGTTGAAACTACTTATTTAGAATGCGCTGAAACTACAAAATTCTTGAGATTTTATGTTTAGTTTACTTAAATCTCTTAAATTTGTCAAAACCAGTGAGCTTAACTTATTTTTGTTGGGACAACATGAAGGAATTATGTGCAATCCTGCATTTTTCAGTGTGCAGCATGTTGTCCTACTAAGAAACACCACATGGGGGAGCCGTCTGGCTACTTTTCTCCTCATTTTTGGCTCCACTACTTTAACTTAAAGAACTTGTCATTGCTGCTGTAGAAAAGTTTTGCTCTCTTGTATTAAGCAGAGTGGAAATTTGAGATAATGTCCAGCTTTGCAGAAACCAAGAGGTCATTATTTTAAAGTCAACACGAAACTGCAGCCAAAACCCTGTTTTACATCCATAATTTGATGCACTGAATATTAAAAGAATGTGAGACTGGACTTGAAATGATCCATTTGGTTATTATAGTAAAGAGAATGAAGACATTATGAGCACCAGTTAAAATTTGCACAATGAATTGGAAAGTATAATAAATAACTAAGAGCAGTTTGGATTTTAAATGGACTTTTTACAAATGTATTACTTACATATAAAGAGTGGCATTATTTGTGGGATATAAAAGTTGGTAAAAATTAAAACAACAAATTCAGAGAGGGATGGGTGCATTCTGCAAAGTCACTTGACCAAAACTGAGGTCAGTTTTTTGAACACTAGTACCGACAGATCAAATGTTCTTATATTTTCTTTGTTACAGAATCACCTCAAATTTTCATTTTGTTCTCTCTTATTCCTTAAGACTTCCTAATATCAATGTCCCTGTTGGATTTAATTTCCATCCTGCTCTAGATTTAGTAAAGGAAGTGAGTCTTGGGATATTGATGCACTTTAAGGGGGTGGGTTGCCCAAAATAATCCTAATGATTTTCCCTCTCTACATTGAAAATCAATAGATTTTAACCTCACTGACTTTGAAAAATGGCTGTTTGTGTTACAAAAGGAAATGAATTTGTAAATATTGGTGTATATATTATTCTGTGCTGAAGTTTTAAGTGAGAGCTGTTTCACTATGACATGAGAACAGAAGTGAGTGGACAAGCGTTAGAAATGTGTGTCGCCAGACACCTGTCAGCCTCACACACACAAACACACGCGGATAAACAAAGCAGGGACAGGTGGCTGCTTATCTGACACTCTGCCTCATGCAGGCATTCAAACACATTGGGGAATGACCCTAACAAACTCTCTTTGTATCTGTTTTTTGCCCTTTTTGTGGAACATTGTCTAAAAAACCCTTAATAGTATCAGATTTTTACAAACTCATATGAAATATTTCATTTCATATATTACAAAGGGATTTGTTTTTATTAAAGCTCTAATCATATTTTAATTAATTTTCCATGATATGATGTCAGGGCATCATGGTGGTGCAGTGGTAGCATAATTTCATGATCCCAGTAAGAAGGTCGCTTGTTTGAGCCCCAGCAGGGTCAATCATTCTTCATTTATCAACTCTTAGTAAATGTGGGATAGTTGCAACTTTAGAATAACGTCCCAATAACATACATAAGTTTATAACTAAAAGTTAACTGCCATATTAATTCTCACTTTACAGATCAGTTGTTCATAGTTTGTTTACCATATAATAACACCAGTGAAACTTTTGTCAAATTTTTTAAATAAACTATTTTTATTTATTTATTTTGTTTTCATGTTTAGCACAAAAAGTGCCCAAACCTCATGGGTTTTCATTCTGTTGTATACTGCTGTTCTGCCATGTGATGGCCCAGTATGTGTGTTTTTATACATTAAACACAACGTTCAACATTTCGTCTGTGGAGTTTCTTTGGGAAAACACAGCACACAGAAAAGCCTATGAGTGGAACAAGGTTAAGTACAAACATTTTATATTTTAAATATCAGATCTAATTTTTGTAGCTTGAACTTGTTCCACCCATTTGCTATTCTACGAAGTTTCACTGCTATTATTAGATAGTTAACAAACCATGAACAACTGATCTGTAAAGTGTGAGTTAATATATTAGTTAAGTGTTAGTTATAAGCTTAAGTATGTTATTGGGATGTTATTCTAAAGTTGTAACTGTTCCACATTAACTAAGAGTTAATAAATGAAGAATAGTTGCAACTTTAGAATATCGTCCCAATAACGTACTGTGTATAAACTATTAACTGAAACTTAACACATCAATAGTAAGTAATTTACCAACATCTTGTTCATCATCTATTACTAATTTATTAGGTATAGTTATAAATCATTAAAATACAGTTAATAAGTAATTTATAACTTGTCAACTAACAGCTTGTAAGTTATCTGTTGGCTATCTATAATGCACATATAAATAATTAACAAACTATTAACTTTTATTTAACCAGTCACTTATAACTTATTAACTAACAGTTTATTAATGATCTATTAACTAGCTATAACTGATAGTTATTCTAAAGTGTTACCTATATTTTTATGTCAAGTGCACATGGCAAGTCCGGTGTAGCATTTGTATAGTCACATAACCTATACCTTAATTCACGCCCCTAAAAAGACAAGTAATAAGTTTAAAAAGATCAAAATCCCTTTAAAGCACTCTGCAGCCATCTTGGAAATGCTTCTCATGCAGTATATTCTGGCATTCTGACCGAATGGGAGACATGAAATTCTCTAAAACTATTTGCTAAGCTTAAGTTTATTACATATCTGGAATCACCAATAAAATTAAACAACTGACTTATAAATTTTGTTTCTAAACATTTTAATCAAACAAAATCTGCAATTTTTAAAAAAGTTGCCCAAGCTAATGCACAAATGAGATCAGGACACCAACCTCATTCATACCGATTCTACACATTATCATCCTCTGGATAATGACTGTCTGAATGTGCTGCTCTTCTGAAGTAATTCACAACTTGGTCTTGATGGCGAGTCTCCTCCAGAAATGACAGCAACTCTTTGTTTATAAGTTTGTCGGCGTTTGAGTAGTTGCTGCTGTCATTTAATGTGCGTTTGACAGAATGGACTGTACCTCACATTCATTTCATACACATTACAAAACCAGAAAAGTTTTGTTTTCAAGTGTAGTTCATTTAAAAGTAGAGATTTCAGGTATTCGCTGAGATTTCAGTGTCTTTGTTAACCACATAAACTGCCGTAAAAGCACACGTCTGGCCTGAACTTCTCCACCGGAGAATCTTCAGTCTATAGCAATCAATGATTGGCTCCTAGACTATTAGATGTGGCTTTATTCACCATATTGAACGTTACACTTTTCCCCATTTTCCCATTCACCATTTGCTTTTTAAGTCATGACATATAGAATACTTTTTTGCATCCAAGCCACTACTTATTTGAATAGAGAAATATTTGTTTATGAAAACTTTTTAGTCATATCACAGATTAAAGTGAATTTTATACGAAATCATTGTATACACAACAGTCTCTGGACTTGCTGCATCTCAGACACCAATATTTGAACAATTTATACTAAGTTAATCACTTCTGGCCATCGCATATTAGGCATGAATGCATATATTACCATTGTGATTTTTCACATCGTTTTCTTAAATGTTTTAATTTAAATTACAATATTATGATTTGTTAAGTGTTTAGACCTGAATGCCGATTCGCATGACGTCACACTTGACAAGTGGATACGAGTGGCATGTCTTGTGTATTCTATACTCTTTGAAAGGACTTAAGAGTGCAAGATTGGTCGACTTGGAAATGGTGATGAATGTGGGCGGGGCTTAAATCCAGGGAAGCTCAAAACAATAGCAAAGAAACTAGACGCAGTAGAAGATAGAAACTCCATAATAAAAATTCAGATGCAGACTCTAGATTTGCTGTTGTGTAAAATAATGAGTACAATCTGATGGCTTTCTTATACCTGTAGTTTTCAATTCCTTCCCATCATGCATCTCTTGCCATTGTGCTGATGCTTAAGTCATATCTATGGCAACTGATGTAGATACAGCAGATATTGAGAGCTGTAAATGAAAAACTCAATCGAAGTTTATTGTTTCCAACAAAATAGTGCAAAATAAAAACAACCAAACAAAGATACTGATGCATGTGTGAAAACTGCAGGATTTACTTGTAAATCTATAGGAACGAACACTGAAATCTCAGTCATCCGTTACGTCTGTAATTGGGTCTCCATAAGCTCCTGCTCTGTGTTACACTGGCACCTCCAGTACATTAGGAATATACACAGACTAGTAGCACATCCACACACACACATTCCCAACACACATGTGTGAACTTCAGTCAAAGTCATGGCAGCGGTCTGGGTCAGAATGTAAATCTGGAAAGAGTGCTGAACTTTCTAATCACCTTGTTTACTCGCTGCGATTGGGCTGTTTGTCTCTCTCCAGCAGCATTCGATTGCACTCTGAAAACAAATGCATGCTTCTGATGAGCCGCACAGATTTCACACTTGGAACAACACCATTTCTCTCCCAGCGTGTTTGTGTGCTCGCTAGTCTGTTTGCACACAAATCCAAAGGCCAGATTTGTTTATCAAGTTAATTAGATATGTTATAGCGGGGATCTCAAAAGGTTCTGTTGATGTTCTTTTCCATACCCTGGAATAAATCTGCTTCAAGTTAAAATGTCTATCATATCCTCAGAACCTGGACCACTGGGTATTTTGAGTCTTTCAGAAAAGCTCATGATTGCATCCACATGTTATAGAACAGGGCAGGGATATCATTTTGAAATGTGTAGATTCAGGCACATGGTGCATTCATTCTTGTCAAGTTTGTTTTGATTAAAATAAACTCTGGTGTGATTGCTCTGTTAGTTTTTGCATGTAAATAGATATGATTAATATTATTATTTTTTTGTAATGTTAATTTAAAGGAAAACTATTTTACCTTTTTTTACA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Seq C2 exon
GAACTGGTCAAATATACAAATGACGGCCCCGAAAAGAGCAACCTACGAATAGCCCTTGATGCTATGAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000075962:ENSDART00000110059:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062115=RhoGEF=FE(17.7=100)
A:
NA
C2:
PF0062115=RhoGEF=FE(12.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]