DreINT0177949 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000071683 | zfr2
Description
zinc finger RNA binding protein 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070705-184]
Coordinates
chr22:4678000-4681981:-
Coord C1 exon
chr22:4681834-4681981
Coord A exon
chr22:4678086-4681833
Coord C2 exon
chr22:4678000-4678085
Length
3748 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGA
5' ss Score
6.12
3' ss Seq
CCCCACATGTGTTCCTGTAGTGT
3' ss Score
6.98
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCTTTTCTGAAGATCAGTATGAGGTGCAGGTACACCCTGAGGAAGCCAACATCGTCATTTTTTCAAGCAAGGAACCAAAAATGCAGGTCACCATCTCTCTTACCTCACCAGTGATGCGCGAAGACCCCGTCCCGAACATGGAGAAAG
Seq A exon
GTTAGAGAACCCGTGCTTTCCCTCAGCAGCACTATATGTGTTCCCTTGGGTTAAAGAAAAACTATTTTTAAAAAAAAATCAAGGATATTTCCATACTGAGAGTAATTTTTTCCATCGGTGAATTGGGCCGTCCTGTTCATTTCTATCCCCCCTCCCCTCCTGCTTTCACTTTCTTTTTGTTTACTTTAGTTTTTTTGGTTGAGTCCATTATTTTTGTCCTATTTTTTATTTTTATTTATTTGCTTCTATTTATGAAAGAGTTTTAAGGAATCAAAAACAGGATCTCTGACCTTTCTTTACCACTGTGGCGCAATATTGTACAAGTTGTGTTGTAAGATACACTTCAGGATGAGAGAGAAGTTTGTTTATTGTTGTTGTAGTTGTTTTGGTGGCAAGTTTTGGGAGTGATTATCGCATTGAAATGATGCATGCGTATGGAAAATTGAAGTTGCCCCTACTTTGTGTAAATTGTAAATTGTGATTGTTGATGTTTCCGCGATAAACACACTTACTGGCCACTTTTAAACTAGATATTGTTGCTGCTGTGTGATTGATTCGATATTTGCGTTAATGTGTGGATGTGTGCTGTACCTGCTAAAGTGGCCTGAAAGTGTAGGTACTGATAACACATTTGATGTTGGCTATTTTTCATCAAACATTATTATTATCAACAATTTGCTGTTTGTTATCGTCTTATTTTATTAAGGGTGCTTTCACACCTAGACATTTGTTTCGGAACCTAGCACGTTTCCCCAGTTAGTAGGGCTGCTCGATTATGGGAAAAATCATAATCACGATTATTTTGGTCATAATTGTAATCGCGAGTATTCAAAACGATTATCAGTTGAAGTTAAAATTATTTGTTTTCCTGTGAATTTATTTTTATGTATAATATAAATATTTCCCAAATTATGTTTAACAGAGGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTATTTCCTATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGGCTTATTTGTTTTGTTTCAGCTAGAATAAAAGCAGGTTTGAATATTTTGAAACCTATTTTAATAGCTCTATTATTAGCCCCTTTAAGCAATATATATGTTTGATTGTCTGCAAAAGAAACTACTGTTAAACAATGACTTGACTATTTACCCTAATTAAGCCTTTGAATGTCAATTTAAGCTGAATACTAGTATCTTGAAAAATAGCTAGTAAAATATAATGTACTGTCATCATAGCAAAGATAAAAAAGAGAAATGAGAAATGAGTTATTAAATCTGTTATGTTTAAACTGGGCTTCAAGCATCTTCACTGTATTTTTGATTTTATTATTGATTAATAATAAAAACAGTCGGCAGCAGCAGGAATATTGCGCGCTGTCACTTTAAGAATAGTGCGGCTCTGATATGGTTTCTCTTTCACGTGTCTTTTGATTCTCAACTTTTTTGTTTATTACACAAATGAGGGTTAATATGAATAAACACTAAACACCGCGCTCTGACACAAATGTGCATAGATGTGTGTGTGCTCTGCTGTCCAAGGCTAAGCGCGCACACACACAACAGCACGTGCTCTTTTGCGCTTTTAAAAACATGAATGATGCGCATCCCGTGCTGCAAAAGTTACATTACAGCACATGCTTTTAGTAATTTTCACGTGGAACTGAGCTTTGCAGAGGCAAAGAGTTTTCACCCGTGTACAACTAGGAAGGGGGCGGTACGTGATGGAATAATCGTTTATCTCGATTAATGCTTTTTCATAATCGATAAAAGCCGAAATCGAAATCGGATTTTCGATTAATTGCACAGCCCTACCAGTTAGCGCGGTTTGTTTGGCATATGTGAATCCAGCAATCGCACTCGGATCCGCGCCAAATCAATCTTTCCGAGATCGCCCGAATGAGGTGTCTCGGCTCAATTGAAATGAACTCTGGAGCGGATCGATTGGAGTAAGAAAGCAGACGATCCAATGAAGGCTATATCACAGTGTTTTATAGATATGAAATAGGCATATACGGCTAAGTGAAGAGATAATTATGAGTAAGACGTGTCAAAATATGAAAGTGAAAGCACGCTGAAATATTAACTAAAGCTGTTTATCTTTGTCTTGGTTTATCTGTTATTTCTCCATATAATGTAAAGCATATAATGGATCATTCTAGCCAACAGTCTTACCTCTTATTTATATTTGCTGATGATGTCTGTAGGTGTCACCATTCAAAATTAAAGCACAGCTTTTCGATTATAATGTCCTATTGCTCATCGTCATAAATTAAAAGAAGGACCCATGACAGCAAGCGGGACTGTGAAAAATAAACCCTGAAACTCTGCCCAATCAATGTGAGGAGAGTTTACTCACACGTGGCTTGTTTTAGCTATTTTGCTCCGTTTAGAAACTTTGCCTTGTGAAAGCGAACCGCACTAAGAACAGAACGCTACATTGTAACAATTTTAATTCAATTTCGGAACAAAACGATCGATCTACAGTTGTGAAAGCACCATTTGTCTCATGCTTAATTGGGAATGTGAAAGTAAAAGTGTTCTTTTCCTAGAAAACATGCTATTTCATTATACAAATCCACTTTTAAATGTGGTCGTCACTCCCATTAATAATCAACTCTAATGGACACTAATGCACTCTAGTTTTTTATTTATTTTTTTACAAATATTTTGTGGTTGTAAACTACAGTTTAGAAACTTCAATTTAAACCTGTAGGTTGAATCGTGAGGTTTATTGTCCACCATTTTCATCCTCTCATCCTGAAGTTTTTATTTAATTTATTTATTATTAACAGTGACCTCAAACAACCTCTGAAATTTCGGCTTGTAATCTGAGATCATTGTGTTTTTATTTTATCTAATGATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCTTTTGAATTTTATTTTATTTTTTATATATTTTCAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGACATTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTGATTTGTTTTATTTCGACTAGAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTTAAATGCCTACAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATTTTTATTTCAATAGTCGACAGAACAAACCATCCTTACACAATAATTTGCCTTATGACCCTATCCTGCCTAATTAACCTAATTAACCTAGTGAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGATGTATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTATTAAAATATTATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAACCAGTTATTAGAGATGAGTTATTAAAACTATTATGATTAGAAATGTGCTGAAATATCTGCTCTCCGTTAAACAGAAATAGGAAAAGAAATAAACAAGAGGGCTAATAAGTCTGACTTCAAATGTATACTCAATCCTGTTTATCAAACAACCAAAAAACCAAAGCGGTTTTATGTTTGGGTTTGTTAATCGCTCGCCCCCTTGGCTGTATCAACAGACCCAAGCAAATAATATTTTCCATCCGCATCTTTTGCTTAACGTTGCAAGTTTTTTTAGGAACCTGGACGTGTCGGAAAGCCCCTCTTCTTGTGACATTGCGGTGTTGTCACTTTGTTTTGACGTGTGTTGTAATGATCACATGTAATTAACAGTCTAGTGCCGCAAATCCCCTAAAAAAAAGTCTCATTTACTCCCTAAAAACTTTATATATCTGCAAAAGTACCTTTTTCTTTGTGCTTATTAAAGCATTGCATAATATTGATGGTGTTTCCCCACATGTGTTCCTGTAG
Seq C2 exon
TGTCAGAGAAAGACCCTCCGGATCTTCTGAACAGGATCAAGTGCCTTGAGTATTTAGCGGCTCTGCGACATGCTAAATGGTTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000071683:ENSDART00000122341:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.230 A=NA C2=0.153
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(19.8=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(11.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]