RnoINT0168798 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011627 | Zfr
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:RGD Symbol;Acc:1311890]
Coordinates
chr2:62198548-62203221:+
Coord C1 exon
chr2:62198548-62198689
Coord A exon
chr2:62198690-62203123
Coord C2 exon
chr2:62203124-62203221
Length
4434 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTGGA
5' ss Score
2.95
3' ss Seq
GCCAATTCAATCCATTTTAGATG
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTATAAGTCCTGAGAAGTATGACATAAAATGTGCGGTGTCTGAGGCAGCGATCATTTTGAACTCGTGTGTGGAACCCAAAATGCAAGTCACTATCACCCTGACATCTCCAATTATTCGAGAAGAGAACATGAGGGAAGGAG
Seq A exon
GTTGGAAAGCCAGTTAAACATTCTACTTTTCTGTTAACTTTTTGTTTTCCATTTACCTCCCCTTTATGATGGCATTAAGCCCTAGAAGGCAACATGCTGGCATTACATATGAATTTTATAGATTTAACTTACTCAGCAGTTAGTTTTGCTTTAGATCATTTCTAACAAAGTGAATGCTCTTCTTAGTGATGTACTATTATAGAAAACATTTATATCATGTGATTGGTTTTCTTGATATATTTTTTTTCTTTCTTTTCTTGTGGACCTCAGATTTCTGGAAAAAAACTTCAAAAATTGATTTTTACATAGTTGACACAAGGAAACGTTTTAAATGCTTGTTAATAATTAGGGGCCACAATTTAGCTTTTACTAAGACAACTTTGGTTTTGCGTTGTCTTGATGAAAAAGATTTCATGAATTGGCAAATACTACTTACAATCATTACATTTATAGTCATGGATCTGGCCTGTCCTGAAGTAAATATTTCTAGTTCTCTGAGGTTGCTCTTTGGTTTTGTGTAATTTCATTAAATGCAGAACATGCTGATGCACACAGATTTGGGCATTGGGCCTGCATATCATGCTAGAGCTCTTAACAAATGATGTGGATAAGTGAGTTGTAGTGCAGTACAGTTTTTGTTTGCGTTTTGGTTTGGTTTTGGTATTTTTTTAAACTGAATTTGCATTTGTAGAACATGAAACTCTACTGGTGCCAGCAATGTTGCTTTAGGGACTACTCTGTAACATTTTCAAAGCTTCCAAAGCTTTTAAGCCAAAAGCATGATCAGTGTCTGCAGTAATGTTGGTTCTCTTGTTTTATGGGTCAGATAAAATTTACTTTGTTTCCTTTCATGTTGTTTTTATCCATCTTAAGTTGTTGAAAATAGAATTAAATTTTACACTCTTTATAGTACATGTTGAGAGAAAAATTATCAATTACTATTATAAATTTGTTTTCTTAAAACAAAGCAATTATTTCTAAGAAAATGGGCTTTCCATGGTCCAAGAAAAGAATATTTTAGTCAAAATTTCATTGGGAGACTTGTCTGATTTTGTATATTACATATGTATACCATATTAGCATTTTTTATGTTGTATCTTAAGCTTTACATCCTGAAAAATAGGAGTTTTATGTAAAGGATCATTTGTATGAACATGAATTCATCTCAAGGTCTGGCTGTTGCTTACGGAAGTAGTTCCTGAGTCAATTTGGCCAAGTTGTATGTAGCATATGATCCTTTACTTCTGTTTTTAAAAATCTAGTATGATATATTATAAATTAATGTTGCTATGATTAATGTAAAATTATGTTCATGTAACCATTTAGCTTTATTTCAGAATGTTCGTGTATTTAACATGTTAGTTCATTCCCAAGCCATTTTGTAAGTTTGTAGTGCCATATTTGTAGTAAATCCTTTAACATGCCCTTTCTAAAGGAAACAAAATTACATTTTTGTCTGACCCAGACTGAGATAGAATTACAATTCTGAATCTTATAAATAAGATCATGAGGGAAATGGTCAGCTTAAAATCGAAAGATTTTGCTTCAAGACACTGAGCTGGAAAGTTGGATACACAAAAGTATAGAAACGTTGATGAGAGTGTTCCTTGCTGCAGATGACTGCAGTAAACCCATGTTTTTAGCTTTACCATGAAGATTGCTTTTTTCTAGCTGCAGAATATCGGTATGTATTCTCTCTCACTGCAGCTCCCGATGCTCTGTGTCTTAAAATCACTTAAAGGCTATAGCTTGCTTTGGGGAGTTAGTACAGGGTGTAAGGAAGGCTTTGCCGGAAGAACTGTTGTAAATCCTGAGACTTAACTATATTTTCACATAGTGTGATAGCCTCTTTAATGTGTAGTGGTCCTGTTTAATGTGAAATCATTTAATAAAAGAAATGACTAAATTGTTGAAATAACTGTTAAACACATAACAGATCTCTTTCCTGGTACTGTGTTTGACAGTTAACATGTAGTAAACATTTAATTGAATTTAGCTTGAAATGTTCAGAATGCTCTAACCATTGCTACAGAGTCTTTTCTGCAGCAAATCAAGTATTATGTGTGTTTTTTTCTACCTGTAGCTTATCAGGCCCGGTCCAAAGCCTTCTAGCAGAAGGGATTGATTCCTGTCAGGGGTTGCTGCCAAGACATCGGAAGGATTTTTGACCAAGGTTTTCAAAAGCTCAGTGTCACATCTGCCATTTGATTAAGGGGGATTTTGGATGCAGAGTCTGGCATTTTTTGTCTTTTGTGTGGCTATTTTGTTTGTCTTTTGTCTCTTCTAGAATTGAGCAGTGTTCACACTAGTTTTTAAATAGTCGAGTGAATTATATTTTACATAACCATGTTAATTGAAATTAATATATTCCCATTAACTTTTAATCATAAAATAGTGTGGACACAGCATGTCTTCTAATTGGCGATTAACCCCTTATAATTCATGAAATAGATTCATGTAGGAAAAGAATTTGTATTTTCTTTTTATAAATTAACAGATTTTTGTTTTGACTTGTTAGGGAACAAGTATGATTTAGCACACTATATCTAAGGGGTTAATCTACTGAGAACATAAAAATGGGTACAAAAATCCACACTCGAAATTTAACAAAAATCTACTCTAGCTCTTATTTGTTTTAACTTGGAATAGGTGTTCTGTCTTCATTGAATTTGCATTGTAGATTAAAACTTACAAAGTTATGCCTTTGTACAAAAATTTGCTGCATATTGGCAGAATCTGTAAAATTCTAAGATACGGTAGTACAGAGTCGTCCTGGCTTTAACAGTACTATAAAATAAGAGCAGTAGTCAGAGATCCTTTCCCATATTCTGCATGTTTTAGAGACTGGAGGTGGGGATAGGTTCTTTTCTTTTTCAGGTTAGTTAGTTCTCCTTTCTTTGTCCTTTTTCCTTCTCATTTTTTAGATACCTTTTCATATTTCATCTCAGAATAATGACAACTTACTTCTAAATTCTTGAGCTGGAGAGATGGCTTATTGATTAAGAGCACTTGCTGTTCCTGCAGTTCAATTAACCTCAGTACAATTTCCAGCACCCATGGTCAGGCAACCCACAACCAACCATACTCCTGCCCCAGGAGATCTGATGCCTTCTAGACTCTGGGCACCCACAAAAAGATGCATAAACAAAAATAAACTTTAATAAAATCATTTTCTAAATACTTAAAGACAGAATTTCAAGTGCTTTACCCAGACTTAAAATACTCTCATTATTTTTTTATATTTCTTCTTTGTCCCTCTTAATTTGAAATAATCAGTTATTGCATCCTAAATGTGTCATGGTTTTTAATCCTCTCTAGCTACTGCTTATACGCAACAGATTGCTTTTATAATTTTACTGAATTTTTTTTACAAAGCACTATAAACCAAGCATGATAACTTTCAGCTTTCATGTGCTGAGGGAGGACAACAAACCTTGAGTTCAAGGCCAACCTGAGCTACATGCACCTTGTTTCAAAAGCCAGAAGCTAAATATACTATAAAGTTGATGGCAACTGTGAATTAGATTGTTGAAAGTATTTGCTGTTTAGTTATATAATAGTTTGACCAGCAAACCTATATTTCATATAAACATGTAGCTGGCCTTTGGATTTTCACATTTGTGAATGACTTATTGATGTAAACTAGTCTTTATTAATGTAAACTTAATTTCTTGTCCTGATTTCCTATTTTCTCAGGCTTTCTATAACACATTTTTAACCAACTTAAAAGACCCTACATATTTACCATCCAAGCATTCTGCTTATGGCTTCTTTTCTGTACTTAATGTATTTTAACTGTGCTAGTTCCTGTAGCCTTTTTCTGCTTTACTCACTGTTTCTCTCTGCTTCCTGTTTGGAACACTTTTAATGACTTTCCATTTTAGAAGGTATTTTGTGTTCCTTTACAACATGCTAATGTTCTCCAGTTGAACAATAAGAACTGAATTATCAGATAAACCTCATTTTGGTCCTTTGTTCTCTTTTTTTTTTTTCCCCCTTGTAATTGTTGTATTGATCATTCCATATTAATTTAAGTTCTTTCTTATATTAGCCCCAGAATAATCTAGGAGACTTTACCAACTTGGTAGTTTATTGTACATTCCCATTTAAGGTGGATTTTTGTGTTCCCTTTTGTCTTTGTCTTCTTTGTGCTGGTGCGCTGTGTCCAATAATCTTTCCTTTAGATTTCATTTTGGTGAGTAAGGCTTCTATTTCCAGAAAATTACTGTATCACTGAAGAGTTTATCTTAATTCTCCTTTTTTTTTTCCTTAATATTGTGTTATGTAAATTGGTTAAAAGTTACTCCCTGGATTCATTTAACTGAAAAGCTTTCAAATGGCTCATGTGACACTGATGCTGCTTTAAGGAAGTGTCTTGCTCACCTGGTCAAACACCCATTCCTCACTGCATTTTGCCAATTCAATCCATTTTAG
Seq C2 exon
ATGTAACCTCGGGTATGGTGAAAGACCCACCGGACGTCTTGGACAGGCAAAAATGCCTTGACGCTCTGGCTGCTCTACGCCACGCTAAGTGGTTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011627:ENSRNOT00000016196:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.031 A=NA C2=0.261
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(18.9=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(12.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]