BtaINT0164426 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000008414 | ZFR
Description
zinc finger RNA binding protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17277]
Coordinates
chr20:41326825-41331651:+
Coord C1 exon
chr20:41326825-41326966
Coord A exon
chr20:41326967-41331553
Coord C2 exon
chr20:41331554-41331651
Length
4587 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTGGA
5' ss Score
2.95
3' ss Seq
GCCAATTCAATCCATTTTAGATG
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTATAAGTCCTGAGAAGTATGACATAAAATGTGCTGTTTCTGAAGCGGCAATAATTTTGAACTCATGTGTGGAACCCAAAATGCAAGTCACTATCACCCTGACATCTCCAATTATTCGAGAAGAGAACATGAGGGAAGGAG
Seq A exon
GTTGGAAAGCCATTAAACATTCTACTTTTTATTAACTTCTTTTTTTTCCATTTACCTACTCTTTAAGATGGCATTAAGCCCTAGAAGGCAACATGCTGGCATTACATATGAATCTGATAGATTTGACTTACATAGCAACTAGTTTTGCTTAAGATTATTTCCCAGATCTTTTATTAGTGTCTTTTTAGTAATGCACTTTTATATAAAACACCATGGTATTATTCATTTTCTTGATTTTTTTTTCTTTTCTTGCTAACCTCAGATTTCTGGAAAAAGTTTAAATTATTCTTAGTCATAAGCATAGTTGACTTATGAAAAATTAAATCTTGCTAGTAAAGGGCCACAAATTTAACTTCTCTTAAGTCCTTGTTCTTGTCTTTAAAAAAGACAAGGGAGCTTCATAAGTAAAATTGGTTGAATACTCATAACAGTTTAAGAGACATTGTTATATATGTAATCATGGATTTGGCTTGTCCTGAGGTAAATATTTCTGGTTCTCTGAGGTTGCTCTTTGGTTTGGAGCGCTTTCATAAATGCAGAGCATCCTAATGCACTTAGATTTGGGCATCTGACCCCCGCTTTTCTACCAGAGATTTGAAAAATAAATGATGGTAGGCGTAGTTAATGAGTTACAGCACAATTAGAGGTTTTTAACTTACTTTACAATTGTAGACTATGAAATCCTGCTGGTGCCAGCAATGTTGCTTTAGGGACTGTCCTATAACATTTTCAAAGCTTCAAAAGCTTTTAAGCCAAAAAGCATGGTCAGTGTCTGCGGTATGTTGGTTCTGTTGTTTTATGGGTCAGATAAAATTTACTTTGTTTCCTTTCATGTTGTTTTTGTACATCTTAATTGGTTGAATATGGAGTTATATAGTCTACACTAATATTTCTTTGTGATACAGAGGAGAAAAGAATACTTAAAATTAATTTGTCTAAAATAGCATGAGTAGACTCTCAATTACTATTCCTTTAAATTTGTTTTCTTACAGCAAACCAGTTTTTCTTTTTTTTTAAAGGCACTGGGCTTTACACAACCCAGGAAAAGAACATTTTTACTAAAAATGCTATTATTAAGAGACTTGTTTAACTTTGCATACATAATACAGATATACCACATATCAGGACTTGTATGTTGTATAAGCTTTTATCTTAAAAATAAGTTGGTTTTGTGTGAAGGTTCTTTTATATTAGCATGAATTTCCACTCAAGGTCTGGCTGTGGATATTGCTGGAAAAACAGTTCCTGAGTCAATCTGGTCAATTCGGATGCAGCATATGACTCTTAGGATTTGAAAAGGAAATCTTTGATTATGTTATAGATAAAAGTTACTGTATTTAGTATGAAATTATACTCATATAACCACTTACCTTTATTTCAGAGCACATTTTGTCCAGTTATATTTAGGTTTATTTAAATTTGTGCAGTATCAAGTCATTTTGTTGCAGAAGTCTGAAATTAATAATTATCATATTTGTAGTCGTCTTTAATAACCTATCCCTTCTAAAGGAAACAAAATTATACTTTTGTCTGACCCAGACTTGAAATAGAATTATTGTTCTGAATTTCATAAGTATTACGGTGAAAGAAATGATCAGTCCAAAATTGAAAGATTTTCTTCAAGACACTGAGCTGAAAAGTTGGATGTGCAAAAAGTGTAGAAACATTGATAGTGTTCCTTGCTGCAGATAACTGCAGTAAACCATGTCTTTAGCCTCATTATGAAGATTGCTGCAGAAAAACGGTATGTATTCTCCCTCACTGCAGCTCTGAATGCTCTGTGTCTTAAAATCATTTAAAGCCTCTAGCTTGCTTTGGGGAGTTAGTCCAAGGGTAAGGAAGGCTTTGCCGGAAGAGTACTTGTAAACCGTGAGACTGGTGACTTGCACATAGTTGTGGTAGGCTGTTAAATGCGTAATGGTCCTGTTTAATACCAAAAATTATTTAAAGGATATGATTACATTTCCCAAATAACTGTTAAACACATGACAGATCTATTTTACAGTATTGTGTTTGACAGTTAAATATTAAGTAAACCTTTAATTGACGTGAAGCTTAAAATGTTCAAATGTTCTAACCCTTGCTACAGCGTCTCTTCTGTAGCAAGTCAAGTATTGTGTGTGTTTTTTTCCACCTTTAGCTTATCAGGCCCGGTCCAAAGCCTTCTAGCAGAGGGAATTGATTCCTGTCAGGGGTTGCTGCCAAGACATCGGAAGGATTTTTGACCAAGGTTTTCAAAAGCTCAGTGTCACACCTGCCATTTGATTTAAAGAGGGATATTGGATGCAGAGTCTGGCATTTATTGTCCTTTGTGTGGCTGTTCTGTTTGTCTTTGTCTCTTCTAAAATTGAGCAGTGTTCACACTAGTTTTTAAATTGTTGGGTGGATTATATATTTTACATAACCATGTTTAATTTAAATTAATATATTCCCATTAACTTTTAATCATAAAATAGTGTGGACACAGCGTGTCTTCTAACTGGTGATTAACCCCTTAAAATTCATAAAATACCTCTCGTAGGGTAAGAATTTGCTTTTTTTTTTTTTTTATTAATTTTTGTTTTGTTAACTGGGTATTAGGAAGCAAGTATGATTTTAGTACAATATATCTAAGGGGTTAATCCACTTGAAATATAGAATGGGTGCAAAAATCCACACTCTAAATTTGACAGACATTTCCTACTTATAGCTCTTAATTTGTTTTTAAATTGCAATAGGTGTCTTGGCATCTTTGAAATTGTATCATTAATTTAAATTTCCAAAGTTATAAATGTTTGTGTGCAAAAAGAAAACTTTTCTTATATTGGAAGAAATTAAAACATGAATTAACATTAAAATTCAGAAACTTCTTTAGAGATTGCACATTATCACCTATTTGCATTTTAGCTTTAGCAAATAACATAAATAAATAAGGGACATGGAAAGGGTTCTTCAGCCTGTTCTATAACCTTGCTTTGGGGAGTGGTTTTTTGTTGTTGTTTCTTTTTTTAGTTCTTCAATTAGCTCTGCTTCCCGGTGTCCTTTTTCCTTCTTTCAGAATAGCCCATTTCTTAACTATGTTCACTATATTTTTGGATTCAGTAGTTGATCTTGCAGATTTTGAGGTTATTTATTGGTTTTTAAAAAATTACTAGTATTTCTGACTTGCTACTCTCTTTTTAGTGCCCAAGTTCCTCTTTCAGTGGCATTTTCAGAATGCCACACAGTGTTTTTTGAGTATCTGTAAATCTCCCTTCTAATATGTTCTCTGAAAATCCATGCCATCTGATTATTTAAGGAGTAAGAACTAAGCAAAGAAAAGCCCAGACAAGGGATATAATTTTTTTTATCACTTTAAAAATATGCTTTTTAATATATCATCTACTCAAAATAAGGACAAGTATCTCTTAAGATTTCTTAATGTTCATATAAAAATATACCATTAAATAACTTGCCCAGAGTTGCAGTGGTACTCTTAAAACTATCCTTCATGTGTTCTTTTATCATATATTTCATTGTTTGTCTCATATTCATTTGGTACCCTCAATGATTTATTAAATCTTATACTAAATGTGCTTTAATTTGGGTGCTTTCTATCTAGAAGGCTGCTAAATTCAATAAATTACTTGCCTAGCATGTTATTTTCCTATATTTAGAAAATTTTTAAATATCACCAAGAATTGTGAATTAGATTGGTTTAGTTATGAATAGTTTGATTAGCAACTTTTATATACATTTTACCTATATGTTTAGATGAATGTAAGCTGGCCCTCCAACTAGTTTTATTAATATAAAGTTAACTTTTTGCCCTGATTTAGGTTCAGATTTTCTTCTCAAGTTTTATATAACTCATTTATATTTTAATATAATAATTGATTAAAATCAGTTATTATAAACTCTATAACTTAAAAGATTCTGCATATTTATCATCAAACCATTCTGCTTACTGTATCTGTTCTATTTCTATACTTACTCTGTTTAACCATGCTAGTTCCTGTTGCCCTTCTCTACTTCACTCATTGTTTCTCTCCAATTATTCTTTCTTTGGAATACTTTATGGGAACTGAATTTTAAAGGGCATTTCGTATTCCTTTACAACTAAAGTTCTCTTGTGGAAGAGAAATCATTGAACTCCTAGAAATGCCTGTTTTTGACTCCTTATTTTTTCTGTGATTATTACTGCATTGATCATCCCATATTTATCATTAGTTCTTTGACATTTTAGTCCCAAAATAACCTGTGACCATTTAAAATACTGAACAAAAGGATAGTTTACTGTACATTCTCATTTATTAAGGTGGATTTTTGTGTTCCCTCTTGTTGTCTTTGTGCTGGTGCGCTGTATCCAGTAATCCTTCCTTTTGATTTTCTTTTGGTGGGGTAGGGTTTATATTTGTAGAAATTACTTATTATATTTCTAAATTAAAGAATTCTTGATCTTCATATTAGATTTATGTAAATTTGTTAAATAACTTCCTGGGTTACATTAAAGTGCTGACAAAACCCTCAAATGGCTCGTGTGACACTGATGCTACTTTAAGGAAGTGTCTTGCTCACCTGGTCAAACACCCATTCCTCACTGCATTTTGCCAATTCAATCCATTTTAG
Seq C2 exon
ATGTAACCTCGGGTATGGTGAAAGACCCACCGGACGTCTTGGACAGGCAAAAATGCCTTGACGCTCTGGCTGCTCTACGCCACGCTAAGTGGTTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000008414:ENSBTAT00000011072:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.042 A=NA C2=0.242
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(18.9=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(12.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]