GgaINT0063937 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chrZ:9109422-9114529:-
Coord C1 exon
chrZ:9114388-9114529
Coord A exon
chrZ:9109520-9114387
Coord C2 exon
chrZ:9109422-9109519
Length
4868 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTGGG
5' ss Score
2.53
3' ss Seq
GCCAATTCAATCCATTTTAGATG
3' ss Score
7.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAATAAGTCCTGAGAAATACGATATCAAGTGTGCAGTCCCAGAAGCAGCAATAATTTTAAATTCATGTGTGGAACCCAAAATGCAAGTTACTATCACACTGACATCTCCAGTCATTCGGGAGGAGAACATGAGGGAAGGAG
Seq A exon
GTTGGGAAGTTGTTAATGATATTACCTCTCTCCTATGTATTTTGATATGTTTATCTATTCTGCTTAAGATGGCATTAAGGTCCTGGAAGGTAACATGCTGGCACAACACTGATTGAAACCTTGTTTTTCAACAACCAGTCTTGGTAGACAACAGTTGGTTAAAATAAATACTTACATGATGCATTTATTTAATTTTTTTAAATTCTAACTTTATGTCCAACCTCAGCTTTCTGGAAAAGGTACGAACTTGATTATTTTTTCTGCTCTTCATATTGATTAAGTGAAAAACTAAGCACTCTGTAACAAGTGGCTATAAACTGCGTTCTAGAGCAGTCTTGCCTTAAGAGAAGGATTGTATCCTTTTAGAAAATGAAATCACACAGTTTTGGATTTAAACTGGATCGGTATTACCATCACTTACACATTCCAATTAGCATTGGCACTTAAAATGCACTTGTGTAATACTTTTGATGGTAATAGCACTTCTGACTTTAAAAGACAGTGCAATTTTTTCCAGCTCTCTGAGGTTGTTTTTTCAGTCTGTAGTGCTTTTTGAGTACATTTTAGGCTTCTGGTACTATAATGAGTCTTATATCCAACTGGCAAACCCAGACTAGTACAGTGGGAAACAGCTTGTCATTAAGCTGAAGAAGAAGGTGGTGTGTGTAAATCAATTTACGTTTCTGAAGTCCACGGTTTTCTGGTGCCAGCAGTGTTGCTTTAGGGTCTATTCTGTAACACTTTCAAAGCTCCAAAAGCTTTTAAGCCAACAAGCATGATTAATGTCTGCAGTACATTGGTTCTTTTTGTCTATGGGTCAGATAAAATTAACGTTTGTTTCCTTTTAATCCTGTACTTTCTTAGTTGAAAGACATCATGGCAAACAGGGTTCTGGTGTTTGACAGTGAACCTACAAATAGGAAGTCTGGGGTTATTTTAATGCTTCTCATGCAGGTTGAAAAAATTGTACGTGTTTATGTATATATGTGCTTGTGTATATACATATTTATATAAGCTACAGTTGTTTTTTTATTTTATCTCGTCATTCCATGTCCTCTAAAATATTTGAGGTTTTTATACTGCATTAGTTATGTTCTGTAGCTGTGACTAGTGCATTATAAGCAGACTGAGTTAACAAAGTCACCCTGTGTAATCAGAGAAAATTCCAGATGTCTCCTGTAGTTTGGATGACTTCTGAAGAGTAGTTAAGAATGCTTTGTACATGACTGCTAAGCTGTGCCTATCATACCTACCCATGAATGTTTTATACATAGACTGTCACATCCAGTCAACACTACTCGGGATTTGGCAATCTTTAGTGCAACCTGACTCTTCGTTGGTCTGTGTTCAATCTGACTTTGCACATTGCTTAAGTTTATAAAGAATACTTTCACTTAATGGCTTTGATTATTAAGTCAGATAATCGTTAAAAGAATTTAACCTTAAATGCCATGTTAATGTACTATGCAAAAAGTGCAGTATTGATTTTGCCACAGTACTCAATTGCAATTAAATTGCTTGTGGTCTGAAATTACATTATACAAGCTAAAAATAAAAATAAGATGCCTACAATTAATGCCTCAATTTTTGCCGCCAAAAGGAAACAAATTTGTATTTTTGTCTGACCCACTCTTGAGTTAAAATGATCACTGTGAGTTTATTCACTGCTGAATGCAGTACTGCCTCTGGGCAAGCAAAATCAAGTTAGATTTCACTCCAAGACACTGAGCAGTACGAAATAGATGTTCAGCAAAGTTCACTCTTGAAACAAGAGAAAACAGAAGACTGAATTGCAAATTGTTGCGGCAAAGAAGGCCTTGTTAAGAAGACTGCTGCTTATTTGCTGCAGAGTTACAACAGTGCGTGTTTTGTGTTCTTTTTCTTACTGCAGCTTCTCATGCTCTGTGTCTTAACAATGGTTACAAGTTTTCTTTTTTTTAGCTCGCTTGGGGAGCTAGTTCAGGTGATAAGGAAGGCTTTACCGGAAGAACCAGTTTGAGTAAAGATGAGACTGAGACTTACACACGGAGAAGAATTATGTTTGATGTGTAATAATCCTATTACATGATAAAAACAATACGGTGTGAAATAAAATTGTTAACCGCATAGCTACTGTTCTTTACAGTGTTCTGCGTTTGACAGTTTCCCAAATCTGATATAATTGAAGTGCCCTAACCCCTGCTGTGGAGTCTTTCCTTCAGCAAGCAAAGTGTACATATCTATAAAGCATACATGTGTGCGCGTGGTTTTTTCTATCCTTAGCTAACAGCCCCGGTCCAAAGCCTTCTAGCAAAGAGACTTGATTCCTGTCAGGGGTTGCTGCCAAGACATCGGAAGGATTTTTGACCAAGGTTTTCAAAAGCTCACTGTCACACCTGCCATACTTTACAAAGAAAGGGGGTTTGGATGCATCGTCCTAGCATCTGCTGTTACTTTGTGTTTATTTTTTGTTTGTTTTGTTTTTCTTTTCGTCCTTGTCTCTCTCCTAGAATTAAGCAGTGTTCACACTAGTTTTGAAATAGTTGACTGGGTAATATGTATTTCGCATAATAATGCTACGAAATTGATATACCTGTTAACTTTTAATGAAGAAGTAGTGTGGACACAGCATGTCTAACTGAAGATTAACCCCTTATACTTAGACTAGTTATAAATATGTTACATAGGGTGAGAATTCACGATTGAGTTTTGTGAATTAACTCAACTCTGTGCTTTAGTGTAACAGGGTGGTAGCTTGGGGGTCTGAATTTAGTTAAATAGTCATTAAGGGGTTAATCCTATAATGTGAAACAGATGCAAAAATCCACAGATTAAATATTGCAAGAGTTTCCTTTTCTTTTCAGTCAGTGTTTTCTCAGTGTGAGAGGTGCCTTGGCAACTTCTGACTTTCACAGTCTTTTTAAGTTTCAAGGGTATTCATATGTTCCTTTTATATTGGTAGCACACTTCAGATGTCCATTTCTAGCATTGAGTAGGATTCTCTATTATGCACTTAGTAGTGTATTACTTTTTTGTAAAACTGTTTTCCGTCTTGGGAGTTTTTGAGAGCTAGAAGTCAAGTAAGTGGAGTTTAAAATGATGTAGTGAATTGCTGTGCTGAAAATTTGCAATGTCACCTCATTGCATATTAGTTTTAGAAGAATGTAAATAATGAATAATTAGGCCCATCAAAGCCATACTTCTGCTTTAAATTTCTCAGCTTTACTTTGCCACTCTTTTCTTCTGTAGGTTTTCTCTTAGTCTACCCCTTGTTGCTATTTTCCAAGTTGTGCTCATTTCATCAGTTATCTTACCTGGCACCTCTCTTGCATAGGTTTGGGGTTTGGTTTCATTTTGTTTTGTTTGTGTTTGGTTATTTTTTGTTGTTTTAAATGCCACTTTAAATGTGTTCATTTGCTCTGTAAATGCTTTTTTAGTTCCTTCTTTCCACTTTAACGTATGGTCCCTAAGTCTAAGCATTTTTGTGAGAAGATAATGTTATTCTCGACCTGGTTCTTATTTTGAAGTACTTTTCTATTTAATTCTGTTCAGAGCGATAAGGCTATCATATGAAAATGCCTAAATCTAAATGCAGTACTTCAACTTAAATTTAACTATAATACTGGAAATTTGTAGCGCTGTGCCTATTTATAGCTTCTCATCCTCAGGAAAGTATCTGACTATTTATTCTGCTTTTCTAGTAGAGTAAGTGGCAGCTTCAGACCTGTCTTTCTGCAGCATCACTACATGTGACTTACCTAAATTTATGTCTTGCTGCCATAAACTATATTGTGTCATATAGCCACCTCCTGTGAAATGCACGCCATTGAGGACTTTTTGTTTCTTCCTATGTTACATTACCAATTATGCTACCAATATTCCTTACTGCTAGCCACAATAGCCAATTTCATAAATAATAAATTAATCTTTAAAGCTGACTGCTGCAGCACAGCCTTACAATTGTAAGTAATCTGAAGACATAGTTTCACTTTATTCAGTGGTTCCTGTGTCATTGATTAAACCACTTCAAAAATGGCATTGTGATCTCTTCCATTTAGGTAACAAAGCAGTCAGCTCAGTCAGCATGTCACTTAATTAATTTTCTGAATACTTAATAGATGGGATCTTCTGTATTATCTTTACCTATCAGACATTCTGCTTTGTTTTTTAAACTATTCCTTGCTTTGCTTTTTTCTACTAAGTCTTAAGGAGCCCCTTTCTTTGCATCCTAAGTTATTTTGGAGCACATATGTAGTGGATTGAGGTATTAATTTCTCTGAATAAGGGAGGGTTCTTAGAAAGCAGTGGAACTCTGCAATATTGAAGAGCATTTCCAGTTTCTGTAGTCAGCTTTTAAAGCAAAATCATTATGTTCTCATGAGGTATAATAATAATAATATTGTTACAATATATCTAAGTTTTTTTGAGATTTTTTTATACTTTTCTTTTGAGGTCTAGGTCCTAAAAACAGATGACAGTTAAAATATACAAAGTTTGAATGTTTCTACTTGGTTAAAGTGGATTTTTGTGTTCCTTCTGTCTTGTGTTCTCTGTGCTGGTGCACTGTGTCCAACCATCCTTCCTTCAGTAGTTAATTTTAGGGGATATGTATTTTTCTAGTGGCAGCTTAAACAAAGAAGCACTAGGCATTGCATAATCAGCAATGCATTTGGAAGTAACCAAAAGCATTAAGTATATTACACTCTTGATCTTCACGTTGGGTTGATGCCCTAATCCTAGTTGAATACTTTTTATGGAACGTTTACACTCGTTCAAGGGTTTAAACTTCAAATGGCATGTGTGACATTGAAGCTACTTTAAGGAAGTGTCTTGCTCACCTGGTCAAACACCCATTCCTCACTGCATTTTGCCAATTCAATCCATTTTAG
Seq C2 exon
ATGTAACCTCGGGTATGGTGAAAGACCCACCGGACGTCTTGGACAGGCAAAAATGCCTTGACGCTCTGGCTGCTCTACGCCACGCTAAGTGGTTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003235:ENSGALT00000005121:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.042 A=NA C2=0.242
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075289=DZF=FE(18.9=100)
A:
NA
C2:
PF075289=DZF=FE(12.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]