GgaINT0015049 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006520 | MYH11_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr14:7655884-7662175:-
Coord C1 exon
chr14:7662148-7662175
Coord A exon
chr14:7655987-7662147
Coord C2 exon
chr14:7655884-7655986
Length
6161 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CACGTAAGT
5' ss Score
10.16
3' ss Seq
GTTATTTTCTTTCCCCTCAGAGG
3' ss Score
9.77
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCGAGAAGATCAATCTATCCTGTGCAC
Seq A exon
GTAAGTAAAATGTTATTTTGTTATATCTCAATATTACAGTGTCATTCCTTATTCAGAATCAATTCAAATTCTGATGGAACTGATATATTCTCACCTTCAAAGAGCTTGACCTGCAGTCCCAGTAGGAGATTTGCCTGTTGACAAAATAAGAAGCAATCATCAGTGTCATAATATGTCTTCAATGAACAAAGTTCTCGGTTTAAAGTGACTTTGAGTTCAGAGTTTATGACAAGCAGTTGGGGACTGTAATCATAAAGGGAGAACTAAAGATTAAGAGGTCCCTTAAGGAAACTGAGAAAACTGAGGAACATGTAGAATTCTGGATATTAACTGGACTGCCTTTCATTCCTGCCCATCAGTAGCCTACTGTCATATCCTAAATTGGTTGTCATTTTAAGAAATTGATCTTTTCTGTTCACGTTATTTTGGGCTGTTTGCATATTGTGTAGCTACAGCAGCCAAGGCTTGGCACTTCCCTGCTGGCACAGCCCACCTGGGAGCCTGTGTGCAAAGCCATGGAGCATTGGCTTAGTGCAGGCTGCACTCCTTGAACCTTTCTGCAGTCTTTATGTAGTTGCTTTAAGCAATAGCAAAACACCAGCTAAGCCAGCCCTGTTCTGAAAGCATTGATTTTTCTGAGTTGTGGCTTGCTGAAGTTCTCTTTGAGTTTTGACCTGCCATCAGTGCCAGCTGTGGTGGGGGCAATTAGTGTACCATGGGTCAGGCAGTGATTTTATTGCAATAAACTTTGCTGTGTGTGACATAGTACTCCCAAAATACCCTTGGTTTATCATTCCTACCAATTTTTGCAAAGCACTCAGACTATTTAATTGGATGGGGATCTTCTGTGTAACCTTCAGCTTTGATGACAACCACATTCCTCTATGGCTTATCAGTTGGTTTTATTTATTTGAGTGCTATTGAAGACGATTTTGACATAATTTTATGTTTGTTGTATTAGGCACCTTCCAGTTTTGCTGATAAAAGGTAATATTCAATTCATGTAAAAACAAATAATTGTTTGCAGAAGATGGCGTGCATAGTATTTATAGGAGGATTATACAGTGATGCTGTAGTCAGTCACAGATTGCAAATACATGTCACAATCCCAAACTGAACAGGTTTGGGGAGGTTAGCCATAAAAATGTGGCTACTGGCTGTTTTTAGAAAACCGTGCTACTGATCACCAGCCATACAAGTAGTGTTGAGTGCCACTGCTGGCTGGAACAAATTCATTGTGTAAGAAGTAGAGATTACATACTGTACCACAAAGACTAGCATAGCTCTGACCTTTTTCATAAACAGATTTCAATTACATGCAAGTATATCAGTCACGAATCTGTCCAAATATGCATGAAAACAAAAACAAACCTAAAATCAATGCAATGATGAAATAAAAATTGACCGTCACTTTCTTCCCAGGATGAAACATGTCACGGTAATGGAGACTAATTTAAATAGTGCATTTCACCTTTCTATTCCTGTACCTTACTTTAATATTGTATCGGTAACACTTCAGATCTTCTTTTAATCTTGGAATGTTAAGATTTATTTTATTTTCAGGGAATTTCTTCTGCAACTCAGTTCCTTTTTGTTTATAAAAATTCTTTAAGTTTTCACTTCTGGTGGCTACAAAATATATTGAATATGAATACTTTTTTTTTTTCCCCACCTGGGAGCTGAAAACACAAAGCATTTCACACCCCTAGAACATAAAATAGAGAGAATGAAATGTCTTTACCATTTGGAAAACAATCTTGTTTAGAATAGCTGCTGCATGTTGGATTGGCATCATGACCCATAGCTTGAAAATTTCCTTCTGCTGTTTTTTAAAATCAAGATTATTTACTCCAAAATCAATATACACAGCTTTAACTACTAGTAGTTTATCCTATGTTTTGGCCTTATTTGGCTGTACAGAAACAAGAAAGTTCACTTGGCTTTCTCCTGGGCAGCTCTCAAGTACAATCAATTCACATTATTTTATAATTACTAGAAATTCTAAGAAATTATTCTTTTGCCTAAAATACAGAACAAGAACTGAAGAACTCATGGCATTGATCACCTGGGATCTTTTCTTTCAATAGGCATAGACTCAAACTTTCCAAGGCCTGGTACCTAAATTGTGAAAAATGTAGCTGTAAAGATTCATAGAGAAATAGTTGGGGATGCTGCCAAGAGCTCATCTACTTTTTTTAATGCATGAATTAAATTGATTAGCTTCTATCAAAATGTATACTGTTTACACTTAATTTGGTACAACAACAGACAAAATTGACAAAATTCTGGGTTAGGCAGTGACCATCCTTTCCTCTCCCTTCTGGGGCAAACTCTTCAGAGCCTCACTTGGCTCCATTACCTCCACCCGCTTTCTCTCCTGATACATGTCAAGAAGCAGTCACCCAAGACATCTTCCAAATTGCAAAGTCTTGTTAGGCAAAGCCTCCTCTGCAAGAGAGCTGAACTCTTTTCTTTCCCAGCACACTAAATCTCAAAGGCAAGCTGGCAAGCAGTGCTGTCTGGCCCTTCTCCCACGTGGTTATCTTGTGTAGCTTTAGACCTGGGGTGGAGCTTGGTGCCGAACCAGCTCAGTCTCTTGGGAATTTTTGTAAATAAACATAGTAGGATCAGTGGGCTGGCTTCTGAGTGAGGTCTCTTTGGGGATTCAGCTGGTCTAGGACAAAGATTTTCATTATCTTTGCACATCTCATACTGCAGGATGATGCCTGCCAAGCCCTAATGTGATTTGGAGCACCTCATTGACTGCTGTGTTCACAGAGACTTCCCGCAGTGCCAGAGTAGCCAGATTAAGGGATGTGTGAATGGTCAATTTTTGTGGTTCATTGCTTGCTGAAACAAATGCTGGAAATAAATCCTGCTGTTACTTTTTAGATGTGTCCAAAAGTGGAATTAAGCTAAGTCTTATATCATAATACTAATATAGAAAGCTTTCAAGTTTTCAACAAAAAGTCCAGTTTTTTAACTATTCTTTCCCCAGACATGCAGCAGTCCTACCTACAGCCCAGGTTCACCCCACACCAGTGCAGTCAGTTTCCCACTCTCACTTTGTGGTAATTTGGAAAACTATTTGAACTGAGATAATTTTCATTTAAGGGGAAGGCAATGGAGTTGTGGAGGATTGAGTAGCACTATGTAAGTGTGCTTATGTGCTTTAAATACGTTACTGAGTTACTAAAAAAAATTTTTTTTAAATGCCTGGGTAAGAAATGAGGGAGGAATAAATTTACAATATGTCACAAAATGAGAGAGCATTGTTTAATGGCTTTTTTTAGCCTATAAGCCTAGTATATCTTTTTACTTTGGGAAAACAAGGCGGTTTCTTAGGATGAAAATATGTATGGGAAGACAATTAAGTACTGTTGTTGGACTGATCACAGCTGTGCAACAATTACTGCTTTTCCTCTCCTTGTTTTTGCATTGCCCACCTGAGCTGGGTGAAAAGAAGTGCACTGGCAATAAATGAGCTGCTTCTAAGTATGGCAGCAATAAGAATGATTTGAGATACTTCAGTTAAACAAATGATCTGTCTGCTTCCCAAAATGATTAGGATAGAGGTAGTAGACTTTGTAAAGTGCACTCCTCACTTGGAACATGATTAGAGGTACAGATTGAGGAACATGGACAAGAAGAAGATGCCTCCTGGGAGGAGCTCCATTGTGTGTATAGTCCATGCCACAATCATGATGCTTGCAAGGACCAGGCCCTTCTTTAACAACTGAGTCACTGAGACTAAAGAGAGCATGCAGACTTAAAACAGATGGAATTCGTCATACCACCTCACAATAAAACTTGCTTCTGCCATCCTAGAAATGATGGTACTTCAAGAAAGATGCTGAGAAGAAAAAAAGCAGCTTGACCAGTCCTGCTGCAGCTCAGTAGTTCTGGGAAAAGTTTAATTCACCTATGAACTCAACTGAATCACATGCTCTCCTCCTCCTGGGTATTTCCCCTTCTAAGCTTCTTGATGTTTAAAGGCATTGAACCTGATTCAGCTATTCTTCTTCATTAATTACTCTTCAAACACATGGTATTTTATCACTGAGATGAAGTCCAGACCTTGTCATACAGCTCTGCTGCATCCTTCAGCGTAATGTTGTTTAATGAGTACTTGTTTATCAGACTTATGTATTGTCAGGGACATTTAAAATGACTTGATGTGTTGAAAAATTACAAGTATTCATCAGCTATGAACATGATACTTCATTACTTAATTATTTTTTTTCATCCTTATAACTGTGAGATCCCGTCTGTTTTCCATTTCATGTTGAAACATTTCCATTTCATGTTGAAACATTTCCATTTCATGTTGAATAATTTGTTATTGTCCACTTCAAAAGGAATTTAAAAGCTCAAAAAGAATAGCTGCAGAAAATAGAAAAACCCTCAAACTGTGCAGAAGCAAAGAGTTAAGGAAAGCAAGCACAGAACAAAATGTTAAGTAACTAAAGCATTACAGTATGGTAGGATAATTACAAGTAAAATGATGCCTTATATGGTAATACTCACAGGCATTCAGTGAAAAGCCAAATGATGGGCACCATTGCCCTGGGAGAAAAAAAATGCAATTCATGTAGTGATGAACTACAAATAACCTTTAATAAAGTAGAATGGTTCAAAGCCTAGAGTTTGTTTGAAGAATGCTTTTATTTTTTTCCAAAGTATCAGAGATGCAAGGTAGATTTATTTGAAAACTTTGTACGCATATGTCTTCAAATTGGCGTGCTTGGTTTGGAATTGTTCCCAGAACACTTAATTTTTATCAATAAAACATGGAAATGTTTTAGCACTGAAGTCCAGGGCAGGGATGGATCCAACCTCCAAACTGTGCACATTAACCCAGGTCTTGTGAAAAGGAACCATCTCAATTATTTCTGGTTAAAACTCTTAAACACTCCTCATTGTGATGTGCATCGGGCAGAAATTGTTTCTGGCTTCCTAAGGTTTACATCAGTTTCATCTCAATTTAAAAGTTCTTCCTA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Seq C2 exon
AGGTGAATCTGGCGCTGGCAAGACAGAGAACACCAAAAAGGTCATTCAGTACCTGGCTGTTGTTGCTTCATCACATAAGGGCAAAAAGGACACCAGCATCACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006520:ENSGALT00000033605:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.100 A=NA C2=0.120
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(1.3=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(5.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]