GgaINT0024810 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002198 | FHOD1
Description
NA
Coordinates
chr11:1326732-1328337:+
Coord C1 exon
chr11:1326732-1326808
Coord A exon
chr11:1326809-1328097
Coord C2 exon
chr11:1328098-1328337
Length
1289 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GACCTGGGC
5' ss Score
-8.1
3' ss Seq
NNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGGG
3' ss Score
0
Exon sequences
Seq C1 exon
GATGGGCTCAGTGCCTTGCGCTCATTGGGTGCTGTTCTTCAATGTCATCAAGAGTCCCCATGGCCTCTTTATGTGAC
Seq A exon
CTGGGCACAGAGGTAGAATATAAGAAAGGGCCTCACTCTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTG
Seq C2 exon
GGGTGTGCACACCTCTGCTCTAGCTCCATCTCTTCCCCCTCACTCCTCTCTGCCCGCGCTGATTCTCTCCTCTGCCCACTCTTTCTATCTTTTCCTTTTGCAGGCTGCACCAACCTGCTGCTGTCTGGTAAGTGCCCGTGCTCTGCGTGACACCTGCTTGCTGTACCCAGCCCTTCATCTCCTCTGCTTGCACCCTCTCTGGGTGGCCAGGACCCCCATACCACAACTGTCCCACTTGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002198:ENSGALT00000003437:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.025
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GTGCCTTGCGCTCATTGGG
R:
GTGGGACAGTTGTGGTATGGG
Band lengths:
302-1591
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]