GgaINT0038829 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000004323 | RASAL2
Description
NA
Coordinates
chr8:6779492-6787966:-
Coord C1 exon
chr8:6787857-6787966
Coord A exon
chr8:6779646-6787856
Coord C2 exon
chr8:6779492-6779645
Length
8211 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGG
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
CCTCTCCCCTTGCTCTGCAGGTC
3' ss Score
11.91
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTCTTCAGTAAACGTCTGAAAGGGTCCATCAAGAGGACAAAGAGTCAGTCAAAGCTGGACAGGAACACAAGTTTCCGCCTCCCATCCCTCCGCAATGCTGATGACAG
Seq A exon
GTAAGGCTCAGTGCACCTCCCAAAGCAACCTTGCCTCATCCAGAGGCACTCTGTGAAATCTACACGCAGCATGCATTCCTGCTTGTAAAGGGAGAGAAAGGAAGGGTTGTGTTTCTATTGTTAAGCTGGCAGATGGGTGGTTTTGGATTGTTTTTCTTATTTACTATACAATGTATCTATGGTTCTATGATGTACCATCCATATAGAACTGAAATCTTTTACCACAGTTAACAGCTGACAAAACAAAAGTTCAGTTTAAGCATCTGGACTCAAATACCTTCATCTGCATCTGTCCCAAATGAAGTGCAGACTTGAAATGTCATGATACAGTACCATTGGATTGATTGGCTCTTGCAGAACCTTGCCTTGATGCGTGCAGCACTGATCCACAGATCAGTGCAGTGGCCAACGTGAGGATTGTGCTGGTGCAAGCAGATCAGTTCAGCTAGCACAGAGCCCGGGGATGTGTGGTGTGCAGTTCAGGTACATTAAAAGTCCTTGCTAATGTCAGGAGATGCTATAGCTGCTGCAGTGCGGAGTCCTGCAAGGAACAGATGGTCTGTTATGCAGAAAACTGGATAACTTGGTAACTCCTGTCCATCTTGGTATATTCTGCTTGTTTTGCTTCTGTCTGCTGGTTCAGGCTTGAGTGGATTCTATGTGAGGCAAGCAAATGCTCATCTTACATGTTTTTTTCCTAACTACTTATAAAGTGTCTTGATTGTCTTCATTAAACGTTGCTGTGTGTTATATTCCACAGCAACCCAGCAGGAGAACTAGAATGAGTGCAAAATAAGTTGCCCTGTACTTAGGGCCATGACAGACTTCTCCGATTTTACCCCACTTAGTGCATTTTTCCTTCTCCTGTAGCTGAGCTGAATTCATTAGTTGCATCTGTCATGCTGTGCTGCTTCAATCAATGGCCCCAGCTGAAAGGCAGCACCATAAAATCATGGAGATAGCAAGGCTTTGGGTGTTAGGGGTCTTGTTAACTCCATGACTTACAGCACAGGCTGTTATTGCTCCTCAGTCATGGCGACGTCCACCTCTCCTGTTTGAAGTCCAGTTTGAGGTGGGTGGCCTTTTGGTTTGTTGTATAACTGCCTATCTTCAGGGAGTCGCAGCTTTGCTATAAAAAGCAACTTAGTGAACAAAAGCACATGAAATAATGCCTCCCTGTGATAAAGTACCTGCTATTTTTACTGTTGTTGGCTTGATGTTTTGCAATGCAGAAATGTTTTTGCCATAAATAATGTGTTTGTCTTTCCCTCGCTTGGTTCCCACACTAAACGTGGACCAATGTAAGGGAAATGCTATCATTTTGGGTAAGCCAATAAATTTAGCTGTAATTAATACCTACAGCTTGAAGAAATAAGCACAACAAAGCCACCTTCTCTTTCAAACCAGTTCCCTCATTTCCCCCTTGCTGCTGTGGACATGAGTTGTGTCACCTACACCCAAACAACGCCTGGATTTTCTCTGGCTGTTTCAATAGCATAACATCACAGAATCACAGGGGTTGGAAGGAACCTCTGGAGCTCATGCCCTGCATGGTGATGGTGTTAGGCATAGCCGGTCACACCAATCCTCTCAAGTCTCCTAGGTATGGATTTAACAAGGAGGAGCCAAGAGAACTGAGAAGTTCCAGTGGCAGAGTCCATGCACAGGTTTGGGCGACAGAGCCTTGGAAAACCTCAGGATGTAGGACAGGGGCAAGGTAGGGGTTGCACTTTCCATCCTGCCATGGTTCTGCTCTGGCCTCCTACACTGAGCAGCATCTCGGTGCTGGAGATGGAACTCCATCTGTGTTCTGGGTGCTCTATGCCTCAATACCATCACTTGCTACTAATGGAAGTAAGCACTTTTGATAATGAGTCCATGCAGTCCTCGTCCTTTCAGAGGTACGTGGGCTGAGGTGAAGAGAGGGCAGAGCTTGGAGGCAAGGGGGGTCATCTGAGAGTTGCCAAGCCACGTAGAAAGCAAGCTGAGATGAAGTTTATTTGGAGATGACCTTTGCACAGATGACAGTGGCTGTTCCCAGAGCATGTCAGTGTTTGTGAAGCGTGGTGATGCAGGTGAGGTTCATGAACTGCTGGTAAGTTATTCTTGGATGGAAAATACCACAGCACCACTCAACCCTGTGGCTACCTGTGGTTGAAAAGATTGGGAGCTTTATGGAGTTCCCTTTGCATTTGTGGTCTAGACAGTGCACAAATGGAACATAGCAACTCTGGAAGAACACGGCTGGAGCTTTTCTAATGTTATTTCTAATTTTACAAATAAAATCTTCACAAATGAAGGAAATTCATTTCCAAGCGAAGCTTGGCAACAGTTTCTCCCTTCCCTCATGTCCCTTTCACTGTGTTATCTACAAGTGTCTGAAAAATGCAGTTGGTGAGCAGAGCAGCAGGAAAAACAACTCAAAAGGCCCCTAAGATGAGGAGCAGATTAGGATACTGGGAGGAGATGAGCTGGAGGGAAGAAAGAAGCTAAAAAAGATTGATTAACCTTGAGAATTATGCTCTTATTTGGGATCTTTCCAAAGGGGCAAATCAGCTGCGCCTGTGTGTGCACGAAGGAAGGTAGCACACAGCAGCTGGCTCTGAACTCATGAGAGGGAATTGCCATTTTCCCACCTCCTGCTCTGCTTGCTTTCTGTATAAGGCTGGATCAGTAGCTCTGAAAATGTCCCATAGCTGCCCCAGTGAGTCAGCCCTTTCCCACTTGGAGCCGGCAGTGCTGGGTGATGTCATGGTGCCGTGCCGGCTTTCAGGGCCAGATGGACTGATAGCATCTACCTTTTCTTGCTCTGACAAATACAGAGCCCTGGCTTCAAAGACAGTATTATGTAGCTTTATAAATTAAAACGCTGAAAGGCTGGGAGGGAGTAGAGGCTGGTGGCACGTTGTTTTTCTCATTCTTTTGAGGTGTTTGGGTCCTGCTAAGAAGCAGGAGATGCTTATAGAGAAGTACCTGCAGAAAGCTGAAATAAGGAAGATCATGATGGTGCACGTTCAGGTTTGGGATAGTGTAACAGTGCACGCCACTCCAGATGGTGACAGGATGGACGCTGTCTGTTCAGAGTCGGTTTAAAATAGAAAGGATTCAGGAATGTTGTAAGGGAGTGCTGGAGATAACTTGCAGATATTGTCGTAATCAGATCTGGCGTTCCAGCAGAAAGCAGTTGGCCAATCTACTTTGTTTTTCTGGGTTTTAAACCTCAACTGGCTTAGCGGGTGGGGGGGAAGAGAAAACTGTGGTGTCCCTGCAGAATTGAGCCTGCTGCGGCCGGTAGCTGAGTTGTGCATGAATTCACAGCCTCTATAACACACACCACTTGTAGTACCCCACGTTCTGCCTGTTGAAAACTCATGGTTAGCCTTGGCAAGCCACTAGCATAAGGCCTCTGCTTGGCTGTGGCAGTGCCAGATTGGCATGAAGCTCTCAGACGTGGTGGCACTGCATCTTGGTGGGCAGCTGTTGCCCCAAGGCTCTCTGGCACCACAAATCGGCCTTCACTGCCTTTCTAGCCTGGTTCCCACCATGTTCCTCGGGCTCTCCAACCCATGCATTCCTCTCTTAGGTTGTTTCTGTCAGTAATACATAGAAAAGCATGAGGAAAAGTAACATTGTAAGGAAGGGACCGCATGAATGTCTTCAGTTGGGACAACTGGAGAGTGTGTCCAGGAGGACCCCCGGCTCTCACCTCCATTTGGTGCCTGGAGAGGGAGCAGAGATTGCTCAGACCGGCTGCACATGGCCTCGGCGACTGCAGCAAAGCTGTGCAGACAGCTGGGAGGGTTTTGCCCTGTTGGGATTTAGTGCCACGTGGGAACCCTCCTGATGCACTAAAAGTCATTTTGTGGCATTATCCGATGGTGGTGGCCGAGCGCAGGTCCTGCTCTGCGCTCCCTCAGGATGGGCTCCGGCGGGCAGCAGGGCAGTGGGTAGCCATGGCTCTGGGCTTCATGGTGAAGCGGCACCGCTGCTCCAACGACGGCCTCTTCTACTTTCGGTGAGTTGTGCTCCTCCCTCCTCGCTTCCTCACCTCCCATCCCTGCGTTCTCCTATTTGCTTGTTGTAATTTAATCCCCCTTTTCAACAACAAAAAAAGTGGGTGATTTTTGTTCCGCTTGAGACTCGAGGATAAAATCTGTATTATGCAATGCGTTATTAAGGCTCGACTCAGTCAGAGCTTGTATTCATTCAGCGTATCTCTTTCTATCTGCACGGGGAAAAGGGAGGAGTGGTTTGTTTCCAGAGAGACAGTCTCCTGTTTGGAGTGAGACATATTTCTTTCAGCCGGTTTTTTTTGGTTCCTCGTGCAGCTGTTTGTTTCCAAGTGAAAAGTGAGCAACGTCCCAAGGGCAGCCCGTCTGTCGGAAGCCGTTGCCCTGTCCTGCTGCAGGCTCCACCAACCCCTCGGTACAAGCACACCCCAGGCTCCTCCAGTATAAATGGCTGGCATCTGGCTTAAAAAACAATGATAATGATGAAACTGGTTGGACTTGTAGAATTGTTGACCAAGTCGTAGGGTGTTTTGCTAATAGGCGGCTGGATAACGAGGCAGGGTGTGGTGTGCTAGCAGAATGAATGCCTGCACGGGGAGCCCACTGCTCCTGCATTGCTGTCCTGTTGCAGACCACGCTACCAACATTGGGGTGCGGTTCAGCAGAGCTGGGATCCCAAGAGCAGCGCTGAGCAGAGCAGAGAGCTGCTGCTGTGGCTCTGCGAGGGGTTAAGTACTGAATTTGGCTTTGGGTCTTTGGGCTGAACAAAAAACTCGCTTCAGAATTCTTTGCCTTCACACCAGTTTGTGTTGGGAAAGGAAACGTAGCTTGTGGGACTCTATTCCTTGGTTGCTCCTGCCTCTATTTCTGTACGTTTTCCTGTTTTCTAATTTCTATCTTCTGGATTATTGATGACCACGCGTTTGTTTTCCAGGCAATGCAGTGCTCTCCCTGGTAAGCTCAGTAATTGAAAGTCTTTTGTGCTTTTTT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Seq C2 exon
GTCACGTGGGCTGCCGAAGCTGAAGGAGTCCCGCTCTCATGAGTCCCTGCTGAGCCCCGGCAGCGCAGTGGAAGCCCTGGACCTTGGGGCAGAAGAAAAGGTCTTTGTAAAGCCACTGCACAGCAGCATCCTCGGACAGGACTTCTGCTTTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004323:ENSGALT00000006891:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.676 A=NA C2=0.308
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=FE(15.9=100)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(22.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]