RnoINT0124504 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004917 | Rasal2
Description
RAS protein activator like 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1307566]
Coordinates
chr13:74815565-74829219:-
Coord C1 exon
chr13:74829110-74829219
Coord A exon
chr13:74815719-74829109
Coord C2 exon
chr13:74815565-74815718
Length
13391 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TAAGTCTCTTGTACTTTTAGGTC
3' ss Score
9.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTCTTCAGCAAGCGCCTGAAAGGTTCCATCAAGAGGACCAAAAGCCAGTCGAAGCTTGACAGAAACACAAGCTTTCGACTTCCATCCCTCCGCAATGCAGACGACAG
Seq A exon
GTAGGACATGACTTGTTTAAAGCAAGGGCACGAATGGTAGAGTGGATTGTTTGCTTACCTAGTTTGAGATAGTATCTCAGTCGGCCTCAGCTCCAATTGGCCTGGAGTTCAGGATGATAAACCAAGTTGGCCTTGAATTGCAGAAATCCTACTGCTTCTGCTTCTCAAGGGGTAAAGGTGGGCACCCCATGCCGAGCATAGAGTGGATTTTCATAAGGCTCTTGAACCTTCTATACCTTTACATTAGTGACCGAACAATCTGGTACAAAATTTACCTTTTCTTGTCTTGCTTACATTGAGACAAGTTGCAAAATGTTGGCTCAGCAGTCAACCAGTGTAAAATGCATGCTAGTGCTTGGGGTGTGTAAGTTTTTAAGAGTTAGAGGTACTGTTTCCGTAAAGTAGCATTGTGCTGGTTACAGGTAGATTCTTTTTCAATCAACTCTAAGGGATAACAGACATAACTAAAAAATGTTGAGTACTATGTAGGATACATATGATGATCTTATTCAGTTTCTATAATAACTTTACATGATAAATACGTTCTGCTGATCTTATAAATGAAGAATCAGATGCACAGGGATAATAAATAATGTCCAAGGTCATACAGTTTGTAAATAGTAAAACTCAGATTCGCATGTGGGCATTTTAGTGCAAGGAGCAGCTTCCTTGCTCTTTGCTACTCTACTGATCTGTGTATAAAATCCATCTTTGGTTTGCAGTCACTTCAAGACGATACATAGTGGGAAGAAAGTGTGGATTTCAGTAGTTAGAACTGCTAACAGTAAATTTTACATGTTTAACTCACTAAAGATGGCATGATTGTGAGCCGCTGCGTACATGCCCATACACATCTGCATATCGCACAGCACATGGTGTTAGAGGTGATGCTGCTGGGTCAGCACAGGTTGGCCACGCCAGTGCACAGCGTTTTTTTTTCTCTCTAGGTAGTGACACTGTTTTCTGTTACTTTCCTCACAATCAGAAATTAAAATAATAGATCTATCAGGCAGAGAATTTTCAGTTTATTTTAGTATTGTCTCCATTCTGAGTTTTATCAGATCTTCTTATATGTGGACCACATAGAAAATAGTAAAATTTAAAAGTCCGTCTTGATGTATCCACTGGGACTAAGACAACTCTGTATTAGATTAGTTGTGGGTTTCTGTAATGGTCTCTGTTGCAAAGAGCTTTCTTGATGAGAGGTGAGGACTGACATATCTGTGGATATGATAATCAACGTGCTTAGGGATTACAGCAGTTTAGTAAAGTAGTTGCATAGGAGCTTCTCCAAGACCCCTGACTTCGCTAGCTCTGGGTAGTTGACTAGGTTACCAGTACCAGTTGAGTGGGCTGTAAGTCCAATTAAAGAGCTGTTGGTTACTACTCACATGTGCATATTACTACTGCAACTTCAGAGTTACCAAATGGTTAAGAGCCAGAGACTCGGAGTTTTCTGTGAGGCTGTCTTTATTAATATCAAATAGTCTGCCCCAGTGAAGAGCACGCCAGTTGATTATGCGATGCCAAATGGTCATCCCTGAAAATATGCATACAAGATGTATTATTCAGTCCAAGCAGATTATATTTAGGGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTACAATTAGTGAAAAATGAGACAATGTGGAAGTGAGCAAAGAGGATCATATTCGAGGGTTGGAAGTGAGGAAAGGGAAGAAGGAAATTATATTCAAAAATAAAAGTAATGAATTTTTTAAAGAGAGGAAAGAAGAAAGACAAAATAGTTGGATCTAGAACTTACCGTGTAGCTATTTTCACAATACTAATCCTGCCAACCCATGAGTAGTTCTTTAAATCCTCTGTTATTTTCTTCAGTTCCTTTCTCCAGTGTTTTAAAATTTACATTTTTAGATACCTTTCATTTCTTTAGTTAGGTTCATTCAAAATTTGTGGTGTGGTTTTGTTTTGTTGAAGCAATTATGAATGGAATTGTTTCTCTGATTTCTTTTTCAGTATATTTAACATTGGTACATAAGAAAGCTGCTGTGGTTTTGCATGTTAATTTTGGGTTCTTCCATTTTGTTAAAAGTGATAAGTAGACTTCTGGTAGAGTCTTTAGGGTCTCTTATATGTAATATATTACCTACAAGTAAGGATACTTTGTCTTAATTTTCTATATGTGTCCCTTTTATATCTTTCTCCTATTTTTGTTGTCGTTGTTGTTGTTCCAGCCAAAACTTCAGACGTTATTGAATAAGAGTAGAGAGTGGAAACTCCTGCCATTATTTTGATTTTAGTAGACATGCTTTTAGATTTTCCTCATTTAGAATAATGCTACCATATATAGCTTTTATTATGTTGAGATATGTCCCATCTGGTCTAGTCTCTGGATTTTATTAAAAGCCTCTGAATTTATTGAGATGATGTGTAATTTCTATCTGAATCCATTTGTGTGAAATACTATGTTCCTTCATTTGCATATATTGAGCCATTCCTACAATTTTGTAATGAAACCATCTTGGTGAATTATCTTTTTGTAATGAAACGATCTTGGTGAATTATCTTTTTGATGAATGGAATTCAGTTTGCTGGTATATAGTTTTTGTAGCTACATTCATCAGGGGTAGATTGATGTATTTATTTTGTTGCTGTACCTTTATCTGGTTTCAGCATTAGGGTAATACTTGGTTTGTAAAAGAGTTCAGTATATATCCTTCCTTGTTTTCTATTCTATGGAGTAGTTTGAGAGTCAGGAATGTTAGTTCTTCTGTAAAGGTCTGGTAGGATTTGTATCCACCTGGGTCTGGACTGCTTTTACCTGGGGGATGTTTTATTACTGCCTCAGTCCCATTGCTTATTATAAATGCATTTAGTTTTTCTCATCTTGGTTTAATTTGAATATGTCATATGCATCTAAAAATTCATCTGTGCATTTTACATTTTCTAGTTTAATTAAATACAAGGTTTTAGGTATGTCCTTATGATTTTCTAAATTTCTTCTGTATCTTTTAAAATGCATCCCTTTTGGTCTCTTTGTTTTTTTAATTTATTTTTATGTTTATGAGTGTTTTGCCTGCATGTATGTCTGTCTCTGTATCACAGGTGTGCTATGCCCGCTCTTCCTCCCCTTGGTACTAGAGTTACAGATAGTTGTTAACTACATATGAGTGCTGGAAATCAAACCCAGGTCCTCTACAAGAGCAATCATTGCTGTTGACTGCTGAACCAGCTTTCCAAACCTTTAATTTTATTAAACAGGATCTATTCTCTTTTTTTTATTTTGGTTACTTTAGCTAATAATTTATTGATCCTTTTCATCTTTTCATTGAACCAGCTTTCCCTTTCATTGATATATATTCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGCGTCACGTTTGTATCTGTGTGTGTGCATCTCATTACTTTCTGTGCAGATCTTACTCGCTTCATTACTGAAAGAAATGGGGTTTAGCTTGTTCTTGTTTTTCCAAAGCCATAGGATATACTGTTATTTATTTGAGAACACTCTGATTTTTTTAATGTAAGTACTTTTAGATGTAAACTTTCGTCTTAGATCTGCTTTCATTGAATCACAAGGCTCTAGTATGTTGTGTTTTAATTTTTATTCAATTCTAGGAATATTTTTCTTCTTGATTTCCTCCATTAATAATTCAAAAGTTTATTATTTAATCACCATGTGTTTGTACATGTTCTGGAGTTCTTGTTGGCTTCTAGTTTTAACTCCATTATGATGACATAGACTACAAAGGTATTTCAATATTTCGCTATCTAATGCTATTCAATTTGAGTCTCAATGTATGATCTGTTTTTGGGAAAAGTTCTATGGGCTGCTGAGAAGAATATTGATTCTTCAGTGTTGGGATGAAATATTTTGCATCAGCATCTATTAGTTCCATTTGACTTATGATAAATAACTCAATGTTTTTATTTTTGTCAGACTGTCCTGTTGTTTGGTGAGGTGGGGCATTTAAGTCACCTGCTATTATTATATTACAGTTAATATGTGGGTATATATCTTGTATTTGTCTTATGGAATTGAGTACACCCATGTTTGGTGCACGTTCTTTTTTGGCCCTCTGTTGCTATGAAAAAACCAAACTGACCAAAACCAGCTCTCAGGAAGAAAGGATTTGTTTCAGCTTTTACTTTATAGACCATCTATGATGGAAACCAATACAAGAACTCAAGGCATTAACCTGCAAGCAAGGACTGAGGCAGAAGCTGTGAAGGAATGCTGCTTACTGGCTTGTTTTCCATTGCTTGCTCAGCCTGCTTTCTTATACTACCTAGTGCCCAGGAAGAAAAAGAGATTCAATTTTAAAGGTTATACATAAATGTCTTTTTTTTTTGTCTTTAAAATTACACTAGAAGCACTAATGTGAATGCTAATAGAACTAGAAAAATCTCAGTCATAAAGTACTTACAAGTGAATGATCAGATACAGTTGCTGTGCAAAAAGGATTTCTGAAGTCTTATCACTTAAGCTATAAATGAACTACTAACAGATACATAAAGTAGTAAGCACTTGAACAAGATGCATTTTCCCCCTCACATAAAAGTCCAAGTCTGCCATTCTCAGGATCTTCAAGGAGCTCTTAATGAACACAAGATAATTGCTTTAACTTTGGGTATGACATCCATGTTTCAGACATCAGAAAAGGGGGATGAGTTATCACACTTTTAAAGCATTTTCATGAAACGGTCAAAGGACCTTTGGTTATTCATTACTAACTTATTTTTGCAAGGGAATCTGGAAATTTTTATGTTTGGTTTTACTGTACCCCCAGTAATGCAAGGATCAGTTCTTAAATTCAGAGAAAAGGATAGATAGTGAGAAATAGTCAGCTAGCTAGCATTTGCCATTAATGGTTAGTTTAGCACAGATACTCCCAGAATTCTGGAAGAGTTTGGCCTGCCCTACTTTAG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Seq C2 exon
GTCTCGTGGTCTGCCTAAACTGAAGGAGTCACGTTCCCATGAGTCCCTGCTGAGCCCATGCAGTGCGGTGGAGTGTTTGGATCTTGGGAGAGGAGAGCCGGTCTCAGTGAAGCCACTGCACAGTAGCATCCTTGGACAAGACTTCTGCTTTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004917:ENSRNOT00000033324:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.568 A=NA C2=0.183
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=PU(30.5=97.3)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(43.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]