GgaINT0039594 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002246 | DENND1B
Description
NA
Coordinates
chr8:2425438-2431532:+
Coord C1 exon
chr8:2425438-2425538
Coord A exon
chr8:2425539-2431486
Coord C2 exon
chr8:2431487-2431532
Length
5948 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
TGATTTTCTTTTTTCTTCAGTGC
3' ss Score
9.53
Exon sequences
Seq C1 exon
TTAACTGCTTGTGTTCATGCATCAGCTGCGTTATTGTATCCCATGTATTGGCAGCACATTTACATCCCAGTGCTTCCTCCGCATCTCCTGGACTACTGCTG
Seq A exon
GTAAGATATAACCTGTTATCCTTGCTTCTGAGGTTCTTACCTGCCTTAGAACTCTGAGTAACTCATGAAAACAAGATCTACTTATGTGACTAAATGCACAGTGTCTGATTCATGAATGCACTTCAGTCAATGCTTAATAATGTCTTGAACAGAGATATTTCAGCATGCCTTTACGTGGTTTTTGAATTACTGTCCTGATAACTTTCAACAGAGCATCTAGGAATCATGCTTGTAATAACAGTTCATGTTTCATTGGTCGAGTTGTAATGTTCAGTATGTTAAATGCAACAGTTTTATGGTTTTCATTTATTTAATGTTTACATTAACTTGAGATAGGTGATACTGATAGCAGCATTCAAAAAGCACTGACTGATCTTTCTGGAATTAAGCATTAGTGTTTTTAAGCATCAGTGTTTTCCTTAAGCCTGAGGCATGATTCTATGTCTGTACTTTAGTCTCAACCAGGTTCAGGATCATATCCAACACTTGGCCAAATTTGTTTTAAATCTCCTTTTTATACTTTAAACATTTTTATTGTAGGAACTGATAACAAATACTACTTTCTGTCCACATAAATGACTTGGATGTTTGTTACATTTTTGAACTGGAAAAGGCCACTTTCTGAGTGACTTCTGATCCTTTAAGGGATGATGTTTCCTTTGTGAAGGTCATTATTCATTATACCAGGCTAAACTGAGGTAATTTTCAATTCCAGATACCTCATTTTTAAGATTTCAGGCTAAGGAAAGATTTACTTCTGTTGGCAGTAGTGCCAATGTTACCAAATGAGCTTCTTTAGGGAACTAATACAAGAGTATCTCTCCCTGGAGGCTTTCACTTCAAATAGATGCTACGAATCTGTGGTGGATAAATGAACCATTTAAAGCCATTTTAGAGATCAAGTATTATTATATACAAAACCTGAGTCCAAGTCAGATGCATACCAGCCTAATTCTTGTATTTCTGTTAACGTTTTTTTCTTCACCGAAATTGTTTATGTGCTTGCAGGGCTTTTTTTTTTCCTGGAACCTGTAAATATTAGTGTTTGATTAAACTCCACCCACTCCACTGAACTTTTTGTTTTGAAAGAAGTTCTCATTAAATTTCCTGAAGTCTTTGATATTTTTTCCTCAAGTTTTCAATGTTTGCCCATGGTATAACTTTGCCTACGATGATTCCTATACTACATCTGTATATTATTTTTTGTTTTTAAAAACACCCCCTTCATGCTTAGCTTTCAACGGTAGCTAAGCCTTTCATCTTTAATGATAGTTTTCTTCTGAAGAAACTCTGTCCCCATTTTTTCCTCCTAGCTTTGATAAAATGCACCAAGATAGGGATATAGCTTGGATGCGTTTGTTTAGTTTTTGTATTACTTGAACTTACAGCCAGCAGCTTTTTATATTCTTCAGTATCATCCATAAATGCTGTTCTCAGAAGGTAGATCAACACCCCTATTTAAGTTGTACCCTGCCGAGTGCATCCTGAATGCTAGAAGTTTTTTTTATTTGCCCTCCTAAGCACAGATGATGTTTTGAGAAATAATAATGTTAGATGTTGTACACAGCTCCTTGTGATGATGATAATGCTTGAGATTCTAGGTCATTATGGCATGACCTGAGAATTTTTTTTTACTCATTAAAAAGAAGCATGGTGTTTCTTAAACTTGTAAAACTCATTTATATCTTCTTTTCTCTTTTACTGCATGACAATAGAAGGGGAAAAATAAGTTTCCTTTTCTTCACGTTGTTCAAATGGAAACAAAGTTCACAGAAGGAAATGCACAATTGATGAATTTACTGCAGTAGCTATAATTCAGACGTCTATTAGATTGTCATGTATTTCTGATTCTGTCTGATCAAGTTTGGTTTGGTTCTTTTTGGACGTAGTTTGGAATAGTGTAAAAGCATAAAATACTTTTCTTCTTACTTTGGTGTCTAACAGTGAATAAATGTTTTTCTCTTAGTTGTATTATATGTGAGGTTAGAAAAACTTAATGAGTTTATAAAGCACATGTTACACCAGACCGAGTGTGTGGTCCAAGAAGATCACTTAAAAGTGAATGAAATAATTTTCTAAAGGTTTTACTATATATTTCCATTTTGATATCTTTGACAGTAATTTCTTTTATGAAAACACTTTTTTTCTTCTTAAACACAATGTATTTTCCTGCTTAAAAACTATGTTGTTTAACTTGCACTTTGAGATGTCTCCCACTAACTCATTTTCTTAGCATTGCTCTGGAGTGATAGTAAAATAAACAAAGTAGAGGATTATCACTTTGATAATGTTGGCCATTTGAAGGGAGTATGAACTTGTTTAAACCAAGATAAAATACATTTAAATTTACTGCTCTAAGTACAGGTCCTGATCCTGCAACGTACTTTGCGCATTAATCATCCAACATATTTTGTGAGAAATCCACCTTTTTTGTTTTTGATGAGTGGAACTAAACATTTTTAAAATTTCCTAAAGATAAATGGTACAATTCCATAGGGGTTAGAATTTAAAAAATTGAACTGCTTGGCTGGTGTCTTTCGTGGGTATGAGAAAAGCAAAGTGCATCATTGTGTTAGACCCGTACTAAAACACTTAAATTTACCCACTCTGCTTTTGTAATCAAAAAGCCTCTTTGGTTCTATCAAGCAATTTTATGTGAAGACAGGTTTTAAATGTAATGACAGTCCACCAGCGTGGAGTGTCGTGTGATCAGTTATGAATACGTTCAGAATCCTGTGTGGGAACAGTACTGTCTATTAATTTGAGAGGTTTTTCTTTCCCCGTGTAACTTACATCGGTCTTAAATTTTGCTGACAGCTCCAGTGTGGGATTTAGAACAATAATATGGGAAAAAAAGGAGATATCAATTCCTTTTTCTAAAGAATAACAAAATATTAGACAGTGAAATGGCTTACTCATTTTAGCTCTAGAAGAAGAGAAGGCAGAGAAACAAGTTTCCTACAACATATTCTTGAGCAGCAGATTTTCTAAATACAGTTCTCCAAGTATTTTTTTAAGATTACTTACTGAAGTGTACAGAAGAAAAGATATTCTGAGGCCTCCAACACAGGAAAGAGATGGAGCTTTTGGAGGGACTCCAGAGGAGGGCCGCAAAGATGCTCAGTGGGCTGGAGCACCTCTCCGATGAAGACAGGGTGAAGGAGCTGGGGTTGTTCAGTCTGGAGACGAGAAGACTGCACGGAGACCTCATTTATGGCCTTCCGGTGTTTAAAGGGAGATTATAAGCAGGGGGGAAACCAACTTTTAGTAAGGTTAGATAGTGATAGGACAAGGGGGAATGGTTTTAAACTATGTGAGAGAAGATGACGTTGAGATGCTGGGGAAGTTTTTCACTGAGAGGGTGGTGAGGTGCTGGAACAGGCTGCCCAGGTTTTGGGAACCCCGTCACTGGAGGTGTTTAAGGCCAGATTGGATGGGGCCTTGGGCAGCCTGCTCTAGTACTTGATCCAGTGGCTGGCAACTCTGCCTCTGGCAGGGGCACTGGAACCTGATCATCCCTGAGATCCCTTCCAACCCAAGCCATTGTATGATATGGTTGCATTCATGCACTTAGGGACTGGCTTTCAAGAAAGCTTTCAGAGGAATTGAGTTTGATCATTCTCATAGTAATTATATTTGAATAAAATCAATTTTTGTAAAGGGTAAAGCACATTTTATCGAATTTCTGTGTAATTTCTTGGCAAACTGAGTTGCTGTTATAAGAGTGTATGACAGTTTTGTCTGTAGATGATAAAGCATCTGTTCTACTGATGCTGTGTTAAGAATATAATGCAATTAGAAAATTCAAGTTAGGATTGTAGCATGTCTCCTTATGAGATTTGATCTCTCCTGAATTGGGATATATGCAAGTCTGTTTTCATGAGAATAGGACAATTATTTTCCAATTAACATGCATGTTTTGCATAACATAGTAATTATTTTAGGGAATGATGCTGTAGATAAGTAACATTTTATGTAATAACATGCATAAGCAAGTGAAAAACTGTTTAGCAGCTCCCAGTAGCACCACAATAAGCAACTTTATGTACACGTTACAAAAATCTGGTGTGAGGGCTTCAGAGTCCAGCAGTGATAAAACTAATTCATTGCTGAAAATCACGTTGACTTCCCATTCCTGCTTTTTTTATTTCATGTATTTTCAAGATGTTTATCTAATTAGCTTTGTTCTGTTCACTTTGAAATTGGAATGATGTAGCTGTTGCTTTGTTCTGCACGCTACCCTTTCTAATGACAGGTTTATTAATGGAGCAAATCATCAGCTACTACAAGTCAGAACAGGCCTGGTGAAGCTGCTAGAAAAGTGTGCATGAAATACATAGGTGATACAGAACTTCTTTTCATTGTAGTTTCTCTGCTTTGTGTCACTTGTAACACTGAGGTGCTCTGATGTGATGAACCTGAGGAGGATCTGTTTTGCTCAGCATTCAGCAGAAGAATCTGCACTTAAGCACCAGCCACAGTTTTTCACATTTGTTCACTCAAATACATTGCCTAGTGTCAGACACTCTTGAAATTATAGTGTCTTCAAGCTGTCTAATTCCTCACTGCATATGAATGTATGTGCATCTGCTTTGCAGGCACATTCTTGGAGAGAAACCCATTTGTGTTTTCATGTAATTTGTGTTTAGTCTGGAACGCATAAGCCTAGTCTAGCCTGGCTGAAGTGGTCACAGATTTTCAGTATTGGGCTGAGAATAAGACACTGTGAAGATGTGCAAGTCTTCATTTCCCTATTTGGAAGTGTGCACCCTACTGCCTGAAAGCCTTAAGCCATACAGATTTGTGGTCTCTCCAAACCTTTGATTTTTGATTGCGTGGACATGTTGAAAACTTTTGATCTGACAGTTAATTCTTAGATTTTTTTGTTTGTTTTCATTTGTTTCAGTCAGTATTCTCTTGTGGGACATTCCTGATGAGAACAATTGGATAACCCATAGCATGCCCAGATTTTTCTACAATATCTGTGGCCGTAGCCAGCT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Seq C2 exon
TGCACCCATGCCTTATCTAATTGGCGTCCACTTAAGCTTAATAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000002246:ENSGALT00000003516:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=FE(18.2=100)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(8.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]