HsaINT0046703 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000213047 | DENND1B
Description
DENN/MADD domain containing 1B [Source:HGNC Symbol;Acc:28404]
Coordinates
chr1:197581061-197586889:-
Coord C1 exon
chr1:197586789-197586889
Coord A exon
chr1:197581107-197586788
Coord C2 exon
chr1:197581061-197581106
Length
5682 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
TATATATATTTTTAATTTAGTGC
3' ss Score
5.88
Exon sequences
Seq C1 exon
TTAACTGCCTGTATCCATGGATCAGCTGCTCTTCTATACCCAATGTATTGGCAACACATATACATCCCAGTGCTTCCTCCACACCTGCTGGACTACTGCTG
Seq A exon
GTAAGCTGGCTTTTGCCAGACTCCTTTAAGTTTAGGTTTCATGATTAGATTATCTGTTTATTTGTGAACTAGGTAAACTTGGGGGCATATTTAAAAGAAATCACAGAAACTTACATTTTAATAAATAGTAAAGATGGCTTTTATGAAGGACAGAATAATTCTGTACAAAGGTAGCGCAAGTTTATACCTAGCAAACATAAAGTTCTTTAGATTTTGTGAATTTCTTCTGCAGTCATTTAGATAACTCAATGCAAAATAGAAAAAAATAACAGTCTTAAGTTGTGTTAGGAAAACTGTATAGAAGTTATGGTGTCAGTTAGAGAACCCAGTATCCCAGGTGTCAGAATTTGTCTGGCAAATCTGCCAGCAACCACATTGTCTCTGTCAGGGCATACTCTTGTTACCTTTACTTCAGAATACACTTCTTTACCCCTCTTTTTTCAATAATAGCACACCAAATACCAAGTACTGATAAAGGGGTTGTCTCTAATACAAGAATTCTTGTTTTTTGTTTAAGTCAAAGTCTCAGCCTTGATCCACCATGAAAAGCAATGTTGAAAAGTATTGGGAGTAGTTCTGAAAAGTTTCCTGGCATTAGACACAATTCCTAAAGGATCCCAATAACCAGGCCTCTAGACCCTCCTTGTTCTCTTCACCTGGAAGAGTCTGCATATTTATCATGAGTCTAAACAAGGATTAGACTTCTAAATAGCAGCTTCTGGGCCTTCTTCAAGACTAGGGGGGGAAATGTTATCTTCATTGCATAATCATCTTCTGCAGGTATAGCCTAATTCTTAAGAAATGTGATGGGATTTTTCCTCTAAATCATTGTGCACACACATAGAAGGAAACAATTTTGACCTTAATGTGTTTGCTTATTTCACAGCTAATGTTACTAAAACACAGCACTTTTAGAATCAATGCACTCATTTAACTTTCTTATTTCATAAAAGGCAGAAAGTATTAAGGATTAAAAATGATTTAAGTTCATACACAGAGGGTTTCTATTAACTTTTTATGACTGAGCCTCTTCAGAACAAGTGATTGTAGTGACAACACATGTACTTGGCCACATATTGATTACGTTAATATATTGGTGTGTTTCCACAGCATGGTAATATTATTAGTATTGATAATGCTGTGAAGTAGGTGCCCAGTGACCTACCATTGCTATTATGCTGTTTGAGAACTAGAAAGGAGAAACTGTTTGGCAGGAAACTATAGGAATGTAGTTTATATTGTTAAGTGTCACACACACAAGTCTAAGAATAAAATAAATAGGCCCTTTGTTATTCATTTTAGAGTTTTCCTTTAACCAACATACCTATAATATTTTAGCATTCCTTAAAGGGAGGGTCTCATTTATTTATGTTGACATATGCAGTAGATCTTTGTATATACTGTTCAGTAATTAAACTTTATTTATTTAAAAATATATTTTACAGCAGTATTTGGAAATATATTGATATATGATTTTACATAATATATCTTTAGAATTACGTTTTATATATGATGTTAGTGCCATCTTAATTTTTCTATTAAAATGTTCTAACCTCTTAAGAGATAACACACCTTTAATTAAGTTCAATTATCTGTAATGAATTACACATTTAAGACTTTCTAAAATGTTATTTAGAAATTATTATATGACACAGGCAGTTCTGTACTAATTTTTTTCCAGATCTTTTCTAATCGTTTCTACCCCTGCCATAAAATTCAATGAAGTAAGCTTGTTTCATATTTCAGTCCCTGGAATTTTCTTTCTAGTGTCTAATGTCTGAAATAGCCTTTGGGTTGAGTTCTAAGAGCTTGCATGCCAAAAACCTCCCTGGTTCAAAGAGTAAGTCAGTGATATTCAAACAAGAAGTTATCTGAAACTTCCTGAACCTTAAGGTCACAATGATAGGCTCAGCTTCTATCATAGGAACGGAGTAATATAATATAATTATTTTTTTAAAGAATAGCCATCAGAAAACTTGGTAAACTAAACTGTTTCCTAGGGTAAACAGTTTTCTTCCATTTCCATCCTTGAGGTTAAAAAATCATACTGATCTACATGTAAAAGGGAAAAAAATTACAGATCATCCCTTCAATCTCATAGTTTTGATTAAATACTTTTTATGAATATTCCAGTTCAAAAATAGTGTCATGAAGATTTGATAGGAAAAGATATATCTTTGCTAACTCTTTGGCACGATTGGAACTTTCTGAATCCTGAGGTAATCCTACCTCCATAAAGTATTTCTGTTTTTGCAACTGGTAGCTCTGGTGTGGGTTGGACTGTGGAGAGCCGTAATGCCATCTTGTGACCATGGATGGATATCGCATCTTGGTCCACCAATAAAGCCTTGCTACTTTGTTGATTCATTCATCCATTCACTTGTTCATTAAACACTTAGTGACCATCTATTAATATTTGCCAAGCTGTGAGTGTGTAATGTAATGAATAAGATTTAGTTTATGCCATTGCAAGATTCACAGATAGCAAGAAATACACACATACTTACATGTGCACACATGCACACACACAGCACAGTGTAATACTGCAATACTATAAGTATTACAGAATAGGCATACAAAGGACCATGGATGGCAACACATAAGAAGAAGTGGCCTACAGTCCCTGGTAGCTTAGGGAAGGTGCCTGGGAGGAAATGACACCATCTGCATTTTCCCCTAATCAGCCAATGTAAGAGTACTTTAATGTGGCAAGTCTATGATGTTGCAAGACAGTCTTAACCTATCTAAGTCCATAAACACATGGCAGGTAGTGTGACTGTAGGACTAGTAAAATTGTAATTATCTATCATTTGTTCATGAATGGTTGAGTCACTATTTAGGCTATATGACTCTTCTTTTTATGAAAGGAGCAGATTTAGCTTCTGAGAGAATAGGTATTTTTTTTCTTTAAAAAAATGGAAAATTGTATTCTTTAGACTACCCCAATAGACTGCTGTTATAGTCTGTGTCATGAGTGGTCTCTTTGTATGAAAACCTAAAAAGAAAAAAAAAGCTATTCTTAAGTACAGGTGAATTGCTACCAAAAAGAAGCAGCAATCATATGGAGGCTTCTGTATCCTATCTTTGCAAAATAACTTCATTGAAAGAAAGATTTAGGACAGTTTTTCACATAGAGGACAAAACATCTGTGTTGCCAAGAATCTCTTCTTGGCTTGTTAATGCCCTTATCTAATTAGGAAATTTAAGGCTAGGTTTGCAAAGTTACTTTTCATGAGATTTGGGTGATTTCATATTAGGATTACACAATCCAGTTTTTGTGAGAAAGAAACAACTATTCACTCTATATTCTGCAAAATGTAATTATTTTAGGAAATTAGTCTCTAGGTTAATAATGTTTACAGTTCTAACATCTGTGTTTTAGATTTTGTGAGAAATTGGTGAGAAGAGAACATGTGGAGATAACAAGTGATCCCATTTTAAAAGTTTCAAGTTATTATATGATTAAATTTTGCATACAAGCTTTTTAATGAATATTTTTATGTCAGCTTAACAATTTTTATCAATGTGTTTTTTATACTTCTGAAGATAAGTATATCTTCCATAAAGTTTAAAATGTTTTTGCCTGGGCGAAAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTTCCTAGATGTATTCAGTAGGTTATTTAGCAGTCTGTTTCTGATTTTAAGAAAATCTGACCCACCCATTTATCCCACCAACATTTGTAAAATGGACTTAGTAATTATTGTTTTTAGAAGGCTTACCTATTTTAAAACTCTTTCATTAAAATGTACTTTGAAATTTCAGACAGCATGGGCTTTTCTGTATTATAAATCTTGTGAATAGAATAAACTAACCTGAGGTTAATTGGAAGTTTACACAGTGACTTTAATAATTTTATGCTATTTTGAACATAGGCAGGGCTTGAGATATTTAAGATTATGGCCTAACTTCATTTTGTTAAAGGTATCAAAACCTTGTTGTGGAAGCCTAGATTTGTTAGTGATATGCATTTTATGTCTTCTTCTCTGGAGACCTAGAAGGAATACAGGGATGAGAACTTGAATTAGGGAAGTAGTGGAACAGTACACATTTGTTCCTCCTGTTTCCTTTTGAAGGTAGAAAATCTGTTAGGTCTTAAGGATATCAAGGCCTATAAACAGTTTTCAACTTTCAGCCAAGTGAAGTATCCAGAATATCAGATCAATTCCAGATGGTCTCTTGCATTCAAATTAAAAAAAAAATAGGAAGGAACAAAGCTACAAAGGGCAAAGACAACTGGGAATTAGAATCTAGTACAATAAGAAGTAATGAACTAGAATGTACAGGCTAACGAGGAGTAAAATAAGAACTTTAACACTTATTTTGTAAATTCTGGATATATAGATTGGTGGTTAGCCATCTTTAAATAAATTTGGAACTTTTTAAGGTTACTTTGAAATCTCTGGGTCTGTCAGGGTGGCTGTGTAATCTATTGCTGGTTCTCAGTAGCAAAGTGAACACACAGAAATTTGGACAGCTCTGTTCTAATAATGACAATGATGTTTAGAAAATTATGCAAATCTTTTGAGAAAGAGGATTATCTGTTTGCATTAACAGAAAAAGAGTGTCATAATAGAGCACAAAGATGCCTATAAAAGAATTGCCAAAAATGTTTTATTTTAAAATAGCTATTTATTCATATATCTGCTATTGACTTCGTAGATATCTGTCAATTCTCATGTTTTTCTGTTAGATAATATTTTAGGTTTGAAATGTCAAGTTGAATAATTTTCTTCTTGTATTTCGTGAGAAGTATTTCTGAAATAACCAGCAATTCTTATTCTGTGTATTAAAAATTTAACATCTATATTTTTTGCAAGAGTATAAAATCCATAGGGAATATATTCAGTTTATATTGTCTATTATTGTTCCCAAGTTTCTACCCTAAGGCCTGGCACCTGCTATGCTCCAAATATCATGTGTTGAATTAATTAATTCAAGATTATTCTCACACTTGAGTATTTTTAAATTTATTAAAATTATTAATAAAAGTGAAAGTTGGATAAATCTGAATTTATAAAATTAGGTAAATAAAAGACAATGTACATGAGGGGAAAGATAGCACAGTAGGTGAGGAAGTTGTTTCCTTTTGTACATCCAGTTCCAGAACAGTGTCTGACAAACAATAAGTCTTGATAGATATTTGCAGACTGACCCTCTGATCCAAATATTTGGTGACATAGGAGGTATGTATCAATGAATATATATATTAAGAATATCATAGAAATAAGAATTTAATTGAATAGGAAAAGATGTGCAAAACGGATGTTAATAAATTTGATGATTATTTAAGATATATTTGCTATGAGGTATACGGAAAAGATTCAATTCAGACTATGGCCTAGACCTGGATATTCTTCTTAAGGTAAAAACAAACCAACAAACAAACTTTTTAGGCATTATAACTCTTGATTAAATTATAAATGATTTTATGATGTTTATAAAAAGCAATCTTAATTTTAAATATATTAATGGCCTCTAAGATTAAATTTGAGCTTTATATATTGAATAATTTTGAATATCTATAATGTGTTATGCTGGAACTGAGCATTTAATACATTTAATTTTTAATCATTTTGAATTACTTATACTGTTGTTTCAGTTTTAATGAACTATATGAATCTATGCATATATATATTTTTAATTTAG
Seq C2 exon
TGCCCCAATGCCATACCTGATTGGAATACACTCCAGCCTCATAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213047-DENND1B:NM_144977:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0214116=DENN=FE(18.3=100)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(8.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)