GgaINT0041373 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000003135 | Q90717_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr6:10143593-10148878:+
Coord C1 exon
chr6:10143593-10143674
Coord A exon
chr6:10143675-10148068
Coord C2 exon
chr6:10148069-10148878
Length
4394 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTGAGT
5' ss Score
6.51
3' ss Seq
TTTAACAATTTAAGAAACAGTTG
3' ss Score
-2.49
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGGAGAAAGCCGACCGGCGTCAGAACTTTGTCTCCCTTGCTTTACGTAAGCGCTACAGCTATCTGACTGAGCCTGGAATGA
Seq A exon
GTGAGTTGCTCTTACCAAAATACTAAACCATATACATGTGATTTTTCATAAGAAGAGACATTTTTTCTATAAACGTTGTATTTGGTGTCACTTTGGAGAAAAAGAAAACGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGCTATCTAGAACAAAACTGTTGGATGGTCTGAAATTTTGTGTTGTGAGAGCTTGAAGAATCCTGACTGGCAAATGGCATGCACTGATTAAGTAAAAACATAATATTTTTTTAAAATGCCATGTAGCTCCAGACAAATAGGATTACAGATTGCTTTCACAAGGAGTCTGTTCCTCTTCCCTTTGGGATGTTAGACTGAGCTGCTATACCTTCATGTTGGAAGGGAGTGAAATGCAAAAGTTCAGCAAGACTGGAGAATGACATTCAGATAAGCACTTAAATGTTTAGATGCTTAGCCAAAACAGACTCTCACATATTTTGTATCTCCCTCTTCTTTCTCGTCCTCTTCCCTTGTTCCTTTGTTCCCTGCAGATGCTTTCTATTCCTTGGCACCACATGTTGCTTCCTCTTAGACTTGTTCCCCTTCACTAGACCTGTGTCATTGCTTTCCTTCCTCATTCAATACAATATATTTGGCTTAGCTTTTATTCCTTCACCTTCCCTGCCTGAGGTTGACTGCTGTTGTTCCCCATTGCCAGACTTTTTCTTATCTGTTTTCTGCCTCATAACTTCTCAGTTGCTACCCTGCAACAGACCCTTTGGTATAATTCCATAAATCCATAGACAAACTTCATCGGGTCTTGGGAGTTTCCACTGGATGGCTGCTGTTTAATTGTCCTATAAGATCTGTGGCTTCTTTGGATCAGATGTGCTGCAGAATAGATTACACTTCTCAGACCTGGAAGAAGACTTCAAGCATATAACATCTGAAGAAGCTATCAGATCTACTGAGACTTCTTGATGGATTGTTAAGGTATCGTCAAAGGCTTGCTGGGAACCGAGACAGGGAAAAGGAAGCTGCTTCAAATAATTTTGATGATTGTATGTACTGCTTACAATTTGTTTTTCAGGCCTCGTTGGGAAAAAAAAGTCTAACATTTGCTCACCAGAGGTTCATTAAGTCTCATTTACAAAAAGTGGAAGAAAAAAAACAGCCCACTTAATGGGCTTTATTCTAAGAAAACTTATGTTGGCATAGTAGAAGTCCTTGACCATTCTTTATTCTATCCTATGGGGCAGCAGTTCCTACTTGTGGCGGTGAGCTACTCAAAAAGAGTATGCAAAAGTTATTGTATGTGCCAGGAAAGATAGCAGGCAGTGGTTTGGCCAACAGCCTGAGCACCACCTCCTGTGCACACAGCTTGCAGTTGTTGGCTGCCACCATCACCTCCAACATGCTGCTGCTGGGAGATGATACAGGTTTGGAGGCACAGCTCTTCTAGAGCATGCTACCCAACAGAGCCAGTGGGGCTGCTGCGGCTGTTTTACTCCACAGAGCATTTGCTTCACTGGTAGGAGATGAGTGTTTAACCTCTGCCTCTTTCTACCAAATGTGATGGCACAACTCTTCAGTTTTGGTAGCCGTGTAGGTTGAACTGTTTCTCTCTCACGAGTTCAGGCATGCACACACACACAACTTTTTTTTTTCCTCTGCTCGTGTTGGTGCCAGTGTTGGGGCAGAAGAGAGCGAGGGAAGGTGGGGTATTCTCCTCCCTACCTCTTCTTATCCCTCCTCAGGAAGGAGAGGCCAGAGAGGCCCCTCTGCTCTCTCCAGCAGTGAGGTTTCCCACTGTGGTGGGTTAACCCTGCTGGTTGTTTGCTTGCAGCTGAAGAGAGCAGGAGCAAGGCTACTCCAGCGGGAGCTTGGGGGGCATTTGCATGGTGAAGTTCACTCAGTGCTTTCAGTTACCAGCTGCAAGTAAGGAAACACAGTTTGCTGTACGAAGGTAGTAACATCTGTTTTCCAATAAAGTCTCAGATACAGAGGGATGGAAACTGCTAAGGCCAGAAGTGTCCAGTAGCCAAAAAGGGCTGTTTCAATTCAAAAACTTCACTCTTTAGAATCATACCCTACTCTGAAGTCTGGCATGATTGTGGGGATTGCTTTGCTATTTCAGAACAGTAAAACTGTCCAGTTTCCTGCTGTTTTGACTTGTGTCATAACTGAACACACTTGTGAATTAGTCCTTTTTGTTTGTACCACTTCTTCTCAGCTGCCATACAGAGCACCAAGAAAGCATCTTAGATGTGTCTGACTTGGTGATTTAGGGAGAAAGAGTAGCTAAGAGGGCAGTTTGCTGGTTTGATTGCTGCACAAACCAGTTGTGGCAGAACAGCTCATCACAGCGCGGTGGGGTCCCTCTAAAGACAATTCCAAACACAAACTACTGAACAAGTTGTTTTGATGTTGGTTATTTTCTGAATGATTTGGGGGTTTTGTTTTTTGGACTTGGGACAGTATGAACTTCTGGTGAATGTCAGCTGCTGCTGCTAATTAATCTTCATAATAAAGTCTAGTTAATTTAATGAAATACATAGTGTTTTCTTCTTCAGAAAAAAAGGTATGTTTGTGCTTCAAAATAAAATTGCGAGGAGGATGGGAAAATTAAATGTTTCTAGAAATAGACTGTGCCAGTCAGGCCTTGTATTCAAGCTCTCTTCAACCTAAATGTTCTAATACTGCTATATCACCAGCCATCCACATTGCCTTCTGAGTTTCAATTGGCCTTTGTAGGACCCGCACGTTTCTCCTTGTAGGATATGGACCTGTGGTATATTGAACACTTATTTACAATTCTGTAAGTGTGTGTGCTTCAACAGTTTAGTATTAGCCTTATTAAGATTCTTTCACTGTAAGTTACTGTCTATAAGACAGACCAAGTAAGTTTGACAAATTATTACTGTAACTTTAGAGAAAGGTTAAATGAATAAGTTATTCGGATATTTCAGCTCAATTTCTAACTCAACTTTAAACAGAGGAGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAGGAAAATAAAAGGCCCTTTAATTCATTTTCAGTGTCAACTCTCTGAATGTTATTGTTGTATCAGAGGATATGTATGCTGTAATGGGATTCCCAGAAATGCTGTCTTCTGGCATCAGTACCTCCCGTGGTGCAAAATGTGGTTGATGATGATTTTGTTTGAAATGCCTATGAATAAGCTGAGTGTTCTGGGGGATGGTAACAGTTGACAGGTTTGTCCTTGCCAGGAAGTTTTTGCATAATATATTGTTCTTTGACTGCTTTTCTAATGTTACCTTTTGAGAAATGCAAAGTTGAACAGGTCTGTCTTTGAGCTGATGCAAGAAATCTCCTCAAAAGGTACCAAGACACTACATCTTGTAGAAAAAGTGTACTCTTCTTTTAATGGCCACTTGTGAAATGATTTTTTTAAGATTTACATATTTGTGCTTAATCCAGCATAAAAATTTATTAATGTGTGCTTGTTTTGACATGATATGTGCATGAACAAAAACTGATTCAGTTGCTTTGCTTGCTCATGTTTATCATATATCATACTTTCCGTATTTGACGTATGACATATGCTTCTTAAAACCATTTCATGTAAAGTTTTGCTTTAGTTTTACTTCATTTTTTTTCCAAACAAAAGGAATATCGCATGACAAACAAATGCAAACGTTCCTTTTCTTTATTTATTTTTATTATTTTATAAAATATCGACTCAGAAAAGCTCTTGCTCTTATTGGCTTTGTGAGTGTGAAGCATATCCGAATTGTGCATGGGAGATACAGATTTGAATTTATTCCAGTTGCTTCACAGTTTGCACATTAATTGCCTGTCACTTAAAGGAATTTTGGGTTCTGCATGAAATAGTTATGACTGGTTTAAAAAAAAAAAAGAGAGATTTTAGCTATACAATGTCATTTTACACAAGCTTCTATTTTGTATAGGTTCAATATCTGAATAGAACAACACCATCAACAAAAATTATTAATAGGATAATTCTAACAGTAGTGCAAATCAAACATACCCAAACAGGCAAAATAGCACTGATACAAGTATTTCAGAATTAGCACATCAGAAAGTCAATAGGAAGTAAGAGAAGAATTTTGATGTGGTTTTTATTTTTACCTTATGGATTCCTTCTTTGTGTTTTCTGGTCTTCATTTTTTGCAGACTCGATTGCTATGTGCTTTCTGTCTTTCATTCCATGTTGCTTTTTGTTCTGGACCAATTGTCAGTATGTGACTCCATTCATATTTATTTCCTTTTTAACTCTTCTTTTGCCTCCTTCATCCTGACTCATGCAAACAATTGTACTTGCTTTTTGTAATATTACAACGTTTACTGACCGATTTTCTTCTCTGGTCTCTCTGTTTTCCAATCATTTTTGTTGATTTTATGTTTGATTTTAATTTAACAATTTAAGAAACAG
Seq C2 exon
TTGAACGGAGTGCAGGAGCAACAAGATCCCTACCTGCTACTTACTCATACAAGCCATTCTTTTCAACACGGCCATATCAGTCATGGACAACAGCTCCAATTACAGTGCCTGGGCAAACCAAATCAGGCTTCACTTCCTTATCAAGCTCTTCCTCTAACACTCCTACAGCTTCCCCATTAAAATCAATATGGTCTGTTTCTTCTACTTCTCCAATCAAATCCACATTAGGAGCTTCTACCACATCATCAGTTAAATCTGTTAGTGATGTAGCATCTCCGATTAGATCATTTCGGACAATCTCCTCACCAATAAAAACTGTGGTTTCGCAGCCTCCATACAATATGCAGGTTACTTCAGGTTCTTTCGTCAGAGCTCCCGCAGTAACAGAAGCTGCTAGCCTGAAAGGGCTGGCATCCACTACCACATTCCCCTCTCGGACATCTCCTGTGACTACAGCAGGGTCTCTCTTGGAGAGATCATCCATAACCATGACGCCTCCAGCATCCCCCAAATCCAACATTAACATGTACTCTTCAAGTTTGCCTCTTAAATCGGTCATCACATCAGCATCCTCACTCTTATCGTCCCCTCTAAAGTCAGTGGTGTCACCTGCTAAGTCAGCAGTTGATACTGTTTCATCCTCTAAGGTCATGATGGCCTCGTCTCTCTCGTCGCCAGCAAAACATGTAGCTGGGCACACAGATGTACCATTACTTAATGGGTCTGTGTCACCGCTGAAATACCCATCTTCTTCCAACTTAATAAATGGATCCAAAGCTGCAGCTGTTTTCCAAGACAAGATTGCTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003135:ENSGALT00000004956:36
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.085 A=NA C2=0.218
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]