GgaINT0045794 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009602 | MYO3B
Description
myosin IIIB [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15576]
Coordinates
chr7:17839816-17844611:-
Coord C1 exon
chr7:17844532-17844611
Coord A exon
chr7:17839894-17844531
Coord C2 exon
chr7:17839816-17839893
Length
4638 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTGGT
5' ss Score
8.46
3' ss Seq
ATCTGAGTTTTGTCTTCCAGGTT
3' ss Score
9.12
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAACTTGGCACAGGCAAGAGCCAGAGTGACAGCGGCATCTAGGTCTTTGCCCCCACAGCTTACTGCTGGGCGTATTAAG
Seq A exon
GTTGGTAGTGTTGCATTTGAAGATAGGTAATTTCTCATGAAATATTACAGTGGGACTATGGGCACGATGCTCAGCTGATGTAGGTATATAGTGAAGCTCTTACCAAATGAGTATGTCTTAATATCAGAAAAAAACATAGGTGAGAGCATTGTTTCCCGTTTTGCTGAGGACCTTTCTGTGGAATCTAATGAAGAATCAGTTTACCAGTGATTAATCTTTAAACATTTGTAGTGACATCTCAGTTATACTGATAATGATGGCAACATTCCTCTTGATTTCAGAGGGTTCAAGGCTTTCTTCTGGCAATTTTTGGCCTAAAAAGAGATTTAATTAGCTAAAATTTGGTTGGTGTGTTTAACTAAACAAAAGGCAAAACAGAAAAACGATCCATTCCTCTTCTGTTCAACCTGAAGTTCAAACTCAAAGGGGCCTTTGTAACTGACAAATGACAGAAAAGAACCACTCAGCAAAGCTGCTATTCTTTATAAAGTAAAAAGAACCATTGAATTTAAACACTTTTTGATTTTACCAAAAAGGTATGTGGCATAATTACAAAAGGATGGGATGATTTTATTGCAGTTAATAGCCAATTGAGTTCACTTTAGTATGTGAAGAAAACTCTTGCACCTCAAGTTGATAACATCTATGCTCCCTCCCGACTTCCAGGTTAGTCCTGTTGAAATGTGATTAGTTGGTTGCTGGTTTTTTGTTTGTTTTACCTCAAAGCAAACAAAAGTATTTAAAAAAAAATGTTGTAACTGATCAAAGCAGCAATTCAAAGGTCTGTAGAATTATATGTTTTGTGCATTCTATTTCTTCTTTACATTCTCTCCTATCATAAGGAGCTCTTGCTCAGATACAGTAATTCTTATGAGTCACCCAGACATCTGTATCTTTCACTGTACCTGTAAATAGAGACTCAGATTTGAGAGATTTATTTCCTTCCTGATATAAACACTTCCAGTGCTGAAGGACAGATTAAGGCCTTACCATTTTTTTTTTGTATTATACAAACATTGTCTTCCACGTCCAGCTATATCAGCATAAGCTTTGTAAGCGTGCATTTTATTGCTGCAGCTGAAATAAAATACAGCACTACTCTTTTAGAGCTTTGATAAACACATTCAGTTGTACTAAGTAGTGTTTAAGGCCATTCACCCTTCACATTGTTAGAGAAGGAGCTAAAAGACATCCATAGTAAGTGCAACACTATCCAGAAAACATTAATCTACAGAATATTTTAGCTGAAAAAAACCCACCACTTTAATTAAAGTTTTATGAAATTATGACAACTTCAAGAAAAAATATTTTAAATTGCTATTTTACAGTTAATAAAATGATTCCAAAAGTATAATAATTTTATTTTGAAGTGTGGAAATTTGTATTTATATTTTAATTTATGAGCTTTTTTGCCTAGTATATTTATCGGCTTTATTGTATTTCATACCATGCTAACAGCAGGCGTGGTCAACATGTGAAAATGATGATTTGCAGTGACCTTATAAGGTGACATGATACCATAAATCATTCTTGTAATACTGTTTCAAAACTATTATAAGTAATTTCTTTTTTTAGTGATGGAACAGTTATCTTTGTTATCTTAAAAAGACAGTTGTCTTTTTAAGGTCAACTGTTTTTCATTTCAGCTGTAATCACATAAATGTATACTGTACACCACGACTATTGTAATGTAAAAATCTGACATAACAGTTGGAATATTCTTCATTTTAGTTTTAGAAAAGCAGCTAGTGATTTAAAACACAAGATAATTTCATGATATTCTTATGTTCTATCAGTTACGATAATGTCTATTGTCTGTTGTACATGTAATTATTGCCGTCCCATAAAACTGCATAACTTCAGATACACTCAATATTATAAATTAACTAGAGACAAAACTTCTAAAATTCTTACAGCAGAATCTCCCCAGCTTCAGAATCTATCAAAAAATACCTTCAAATGTCTCTTGTCCAAAAGATTTTGAAATTGGTCGTAGTCCTTACAGACTGCCCGGATCTGAATTTACAACTCCAAAGAAAAAGGAATCTCACAGTACTGGTTTTAGCCTGTTTTTCTGAGAAAAAAAAAGAGGTATTACATCGTTCTCTGTAAATGTTTCTGACCGTCTGTTTTTCTGGATGCCCACTCCCTTTACTCCACAAAATTAAAACAAAACAACCCCCCCTTTGAACCCAGCAGGCTGTAGTAAACCATATTTGACATAATCATGGTCTTAAGCATCATAAGATTCTACCCATTTAGTGACAATAAGCAGCTGTGAAAAGGGGATGCTACTTTTATTGTATTGCCCAAAAGGTAGAGCATTAGCTCAACCTTCATTTGACAGCAGTTATTAAATTGTGACGAGGAGATCATGAGTACTGAAACTCCAACAAAATTATAATTTGCAGTCTATGCTTTTCTAGACAGCCAAGAATTGATTTTAGAAGCTCAGATTCATGGGTAATTGGGCTTTACTATACAGTCTTCAAACAATGTGCTTTTGCTGTTGGTGTTCTTTGTGATTGTCTGTCTTCTAACAGACAATTCTAATAAATGTTACCATTTATTATGGGCTTACTGTCAGTATTCACTGGTAAAGTTGTTGTCTTCTACCTGACCTTTACCAGAGCTTTGGATACCAAAGCTCAAACCACAGTTGTTTTGCCAAGATGGTTTTGAAACGTTCCCAAAGTCTTCCCCATGGACATTTCCACTATTCTGATTAGGTCATTGATGATTAATTTGTCATATGACCTCTTAAGGTGTTTGATGTTATCTGTGCTGATAAAGCTTTTTCCTTCGATATATTACAGTGCTTTCTGTTAATGTCCTTAGAACTGAAATCCAACTGCATCTTTTTTTTCTTCATGTGTTTATTTGAGATGCATAATAGAGCATGCACCCCACTTAGGGATATGAGCATCAGAGATTGCAAAATCGTGCTGAAATTGCTGTGGTCACCCTCATGGAAATCTGTCTCCCTTTGCACCATCTGTATTCTGAATCTTGTCTTCACAAGTTTTCTCTTTTGATTTCTTCTCCAACACAAAATTCATTTTCTTGGTCTATAACTACTTAGTGCTTCATTTCCTTTGTATTTTTCATGCAGTCTCCTAAATATCTCCTGAAGGTAAGAGAGAGAGTTACTTTATTGAAAACTGTAGTCTTTCAGCAATTATGTTTAGTGTTCAGAAGAGTGGTCTTAAGTCAGTGAGCCTTGGAAATGGAGCAAAGTCCAGGAGGTGTAGCACAGGTGCTGACAATGGCATTATCTGGTTTATACAAATGCCACCTGGTCAGAGCAGATGGTAAACTGCCACAAAGCAAGTGAATGCTAAAATGTTGCTAATGCCCCATGCAAGCAGGATGCTGGTTGATTTTGTTGAGCTGCAATACAGCAACACAATCTGCTTGTGATTGATAACCATGGTTATACTCATTCATAAATTCTAGTTTCACTTTGATAAGAACAGCTGTACTGACAATATAAGTAAAATATACAAGAGGTAATATGTTTGCTGTCCGTGTATACTGTCTAAAAATAACTCCTGTGAGCTATACAGAAATGCTGAAAAAGTGGTATTTGATGCAACAGCAGTTCAGCTAAATGAGACTGTTGAAAGTCTTGGCATCAAAATGGCATTTTAATGTAATTAATAGTAGACACAACAGCAGATAGGAAAAGACTTGCATGTTTTGTGGTTACCTACTCTGTTTGCCACTTGTTATGTTGCGAGAATGTTTTTCCATGTGTGAGCAAAATGAGGCAGTTTTTTTATTGTTTACTTCCAGGTCATTACAGAAATAGTAACTTTATATAGAAAATAAGACCCAATGGAGTTCATTGCAGTGATGATAAAAGTAAGGAAGGCTTCATAAGATACTGCATCTTGACAGCTGCTCCATTGGCCTAGCAATATACTATCATGAAAAAAGTGTGAAATTTTCCCCTAACCTGATCAGAAGAGTCTGTCAGTCTAGGAAGATCTAGTAAATGAAGGCATCAAAGGGTCTAATATACAGGAAGACACAGGTGAAATACAGTTTCTTGCTTTGTGAATGAGTTTGGGACATCAAGCTCTTTAGATAGGAGCTGATACTACTGAAGTCAAGTAAATGTCAGCCCTATTTCCAAAGGTCAAACAGGAATCTGTAAATTGCTTGTGTGTTTCCATCCTCTGTCACTAGCTACCTTATGTAATAGTTGCACTCACAAGCATGCCTCATGTAGTGACTGAGAGCACCAAGATGTTAAATGTAGTAAGAACATTACTGCTTCCTTGCTGGAATATGTATTGGGGCATAATTTAAAGAGAAGAGACATGACATGCAGTTTTTTAATGTAGTATGCTTACTGCTTGTCTCAAGGCATATTATGAAATAAAAAAGTGGAGGCTGCTGACTATGACCGCCGTGATGTAGCTCACAAACAACTTTACAAGTGAAAAGTACTGAGAGAATCACTGCTGGCTGACAGACAGCTTGTTGTGTACCTTTCCCAAAGATGCTAGGAATGTGGTCATGAGAGAACGAGAGAATGACCAGAAGAAACATCAAACCTAGCTTTTGTGAATGAGGTGGGGTGGGGGTGCGGTGTTTTTTCAACAGATCTAACATCTGAGTTTTGTCTTCCAG
Seq C2 exon
GTTGACACAATGGAAGTTATGCGACACCCTGAGGAAACAACTAACATGAAGCGACAAACTATGGCTTCCTATTTTAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009602:ENSGALT00000015648:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.093 A=NA C2=0.596
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(3.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(3.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]