DreINT0100804 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000006892 | myo3b
Description
myosin IIIB [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070706-2]
Coordinates
chr9:3799038-3804869:-
Coord C1 exon
chr9:3804790-3804869
Coord A exon
chr9:3799116-3804789
Coord C2 exon
chr9:3799038-3799115
Length
5674 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCTGT
5' ss Score
6.43
3' ss Seq
GTGTGTTTGTGTGTGTTTAGGTG
3' ss Score
10.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAATCTGGCCACATCCAGAGCAAGAGTGACAGCAGCCTCCAGATCTCTGCCTCCGCAACTCAACAGCGGAAGAAATAAG
Seq A exon
GTCTGTGCTAGTCTTTACATTCAGAAGGTCATCATACATAAATGCCATTCACTTAACATACGCATGTTGCAATGTAAGCTGAATGAATTTATTGCACCTAGTGATGCTTGTGATGTAGTTATTTTTTCCAATGCATTTGCTCCAGAATCTCTTAAGACTCTTGTGTCTTGTTTTCATTGTAAAATACTCCTGTTCTTCATTGCTCTGTACATTTTCTGTCTGTCTGAACTGTTCTCTCTCCTCTCAGTCTCCTAAATACCTGTTAAAGGTAAGAGGTGTTCTTTATATCTTCTTTCTTATATTCTTCTGTTTCATATTTTCTGAGGTCATTTTATTGCTTTGTTGTGTTTTTTTCTTCTGGTTTAATCGGAACAAAACAATCTATTACTTTCAGTTTTTTAAGGTGTCATACTACACAAAACAATGACGTTTGCTGTTTGTTCAAACGACTTATTTAAAACAGAGAGACTACTGTCGAACTGAAGAAAAACACAACATCCGGGCCTGGACCTCTCTTGTCCTCCTCTGTCGTCACTCCTCCTCTTATAATCCAGAGCTCCTCCGCAAGACTCATTTTGTTTCCACGGCTCTCGGCCTCGCCCCCTCTCCACAGTCTCATTTATAAATGATTCAATAATTTACTTCATTACTAGCTGTATCAGTTTTGAAGAACCATTCATTCATTTATTTCATTTCTTTTCAGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCACGTTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGCCGCAACCTATCTCTAGGAAACATCCACACACATACTCATTCACACTCATACAGTATGGACATTTAGCCTACCCAATTCACCCAATTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCGAATGCAGGGAGAACACGCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGAGCCAGTCGAGGGTCGAACTAGCGACATTTTTGCTGCGAGGCGACAGCACTACTGCGCCACTGTGTCGCCTTTTGAAGAACCATTCAGTGGCAATTTTTTTGATGGTTGTTTGTCGCCACCCATTGGTTAAACTATGTAATTGCTACAACTTTCAACAGCGTCAAGTTGCATCAACAGGGATTTTAATTGTTACCATAAACATCTACATTTACATTTAGTCATTTAGCAGACGCTTTTATCCAAAGCGACTTACAAATGAGGACAAGAAAAGCAATTTACACAATTATAAGAGCAACAATGAATAAGTGCTATAGGCAAGTGTCAGGTCTGTAAAGTCTAAGAAGGAAAGTATTAGTATTTTTTGGGGGGGGTTAGGTTAGTGGTATATCCAGAGAGGCAATTGCAGATTAAACATCAGAGTTTTCATCTGAACTATAAACCGCTCTCCCAGTATTTCTGTCTTTATTACTTTCAGTTTTTTAAGGGGTCATACTACACAAAAAAATGACGTTTGCTGTTTGTTCAAATGACTTATTTAAAATGAGCCGAAACAACTCAATTCTTGAGGTTTTTAGGGGACAACTTAATTGTTTTATGTTCAATCCACTTAATGTTAATAGTTATTTTTAGGACCAAATAATGATGCATCTCATCCTAAAATGTAGTTTATAGTTTCATCAAATTGTCTTTAAAAGGCGAGGCAGTGACGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGGTTGCGGGTTCGAACCTCGGCTCAGTTGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTTTCCCTGTGTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGATCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACTGGTGAATTGGGTTGGCTAAATTGTCCGTAGTGTATGAGTGTGTGTGTGAATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCGCGGCGTAAAAACTTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCAACACCGGATTAATAAAGGGACTAAGCCGACAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGTCTTTAAAAAGGGAGAACCTGTCCTGGTTGCAAGAAAAAGTGCGAGAGGTTATTTTTGAATTCAACTTCATTCAGTCTTGCACAGTTCGAGGACTTTGTGAAGCTGCACCTACATTAGTTGCTCTTCGCATAAAGGAAAACTCTAGATAATTATTTCTCCCTTCTTTTTCTGTTCCTTGCGTAAGATTAAAACAGTCTCGCTGACTACCTGCTGTATCAGAGAAACATAATTAGATGCCGGCGCACAGAACCCAATTAATCGCTTCCAATTAATATCGCAGATACTTTTAAACTGCTTCACACACAGATGAGATGCGTTACAGAGTTGTGCGCGTGTTAGCAGAAGTGGGACAGATGTCTTGTTAAAACACTGGGTTTGTTGAATTGTGTCTCGGTAATGGTGCTTGTCCAACCCTTCAGTTTCTCCAGCGTTTTCTTCTCGAAGATCACAGACACACACCTGCCTCTCGCACTCAGATGAAATAGAATATTAAGACACACTTTGCTGCTATAGACCTACTCTAAATTATGCATCCCCTTGATAAATTCATGAGGCCTGTTGTAGAAATGGCTGTTATACACATCGTGTCTTGTCCTTGTTAAGATCAGTTGGAAGCTAGAAGTTCATTTTGAAAACATCCTTGCAGCGTTACATCTTTCGTGCTCAGGAGTGTGTGCTGGGATTGTGTATGTTTTAACTCTTGTGTGCAGTTGGGGATGTTTTCATCCAGTTTTGAGGCTTGATTTGGCCACAACTTTCTCTGTGTTTCAGCAAATGGAATGTTTTTTGGTGGCAAATCACATTTTGACACCTATTTTAGGAAAATGCTTTGAAATTTCAACAATACGCTGTAAAAAGTGGAAACTTAAACAAATTACTTTGTCTTGTTACAATTAAATGAATTAAGTTTGACAAACTTAATTTATAACAGTTTTCAGTAATGAATATCATGTTATTTCAGTAATGAAGGTGTAACATGTTTCAGTAAGATATTTATGGCAAGTATTAGTATTGTTCAATATCAATAATGAGCAATACTTGTATTTGCCTCAAAACATTAAAGTATTATTTTTATATTAACAAGGGAAGGGAATTACTTTAATAAAAGTAGTTTTTACTATTATTATTATATTTACAATATTATATTAAATGACTGTACTGTGTGTACTGTTCCATTCTTGTTTTCTAAAATAAATAGCTAAAACCTAAAACTAAAACACCTAAGATAATTAACTTAATTTATTACTGAAAACTGTTATAAATTAAGTTTGTCAAACTTAATTCATTTAATTGTAACAAGTCGAAGTCATTTGTTTAAGTTTTCACTTTTTGCAGTGTACACTTCTGGTAAATTGACTATCCTTTTGTTATGTTGGTGGTTGTTTTTCCCCTATTTACTTCCATTATAACTACATTTTTTAAACGCAAAGCCATGACACCATATAATCATGCATTCTTGATTTTTGGTGGTTTTCCCTGTTAGACAAAGGTCAAATGTGTGATTTTTAATGTTGTGTGTTTTCAGGAGTGTTACAAACCCCTGATGTTAGTCTAGGATTGTGGGGTTTGACATTTATTTAATTAAAATATATTTATATAAACAGTGAATGAGTGGAAAGACAACCAAAGTAATGCCAAAAAAATGTGTGCTTTTATTTACAATCCCAAAGTGAACAACAACAACGAATTAATCAAAAATAAAGAACAAGTAAGTAAGGCAAAAATATAATATTTACAATATATACAACACTGAGACAAATAAAGACGGGAAAAACAAGAGAGCTAGCAGAAGGGACGCGGGCGGCGCTAAAGTAACTAAACTAAATCTAACTCCCTGCGTGATTATTTGGGCCTAATCCCAATTCTACCCCTTAGCCCTACCCCTGTTTACGTGAAGGGGTAGGGATGACCCAATTCCCTTTAGCTTGAAGGCGTAGGGCAGGGGTCGGCAACCCAAAATGTTGAAAGAGCCATATTGGACCAAAAAAACCAAATATGTCTGGAGCCGCAAAAAATGTAAAGCCTTATATAACCTTATAATGAAGGAAGCGCATGCTGTATGTATCTATATTAGCTATATTAGCCTACTATAAAAATGACTAAGTTGGCTAAAAATACATAATGAGCCTTCACGATTAAATAGCCACTGAAATCCGGTGGTTGGTGTTTATTTACACAGCACAGCCTCTGGTCTTTCAGTGGTATTAATTTGATCATTTCTTCTTGCGGCCCATCGGACTTCACATACCTGCGCGTTTAATAGCGGTCACATCACAGGCAATTGAGTATGCGGGCACTGAATTAATGTCCTTGGTTTGCTGATCGGTGATGTTACCTGCCATTTTAATAGCCCTTTCCTTTACTGTCGTAGCGGAGAGAGGTATGTCTTTAATTTTTTGTATTATCTTGGTTTTGAATTCTGCAAATAGGTGTTCTAATATTTTGATGAATGACTCCTTCATGTAGTCGCCATCTGTGAACGGATTTCCATGCTTTATTATCTCCCGGTTTGTTTACAACAGCCACCTGCCTGGCATCCCACCCTGCTGATAGAAACGTGTGTCGCAGGCTATGACGCAAATCTTCGCTAACAGAAATGTTGAAATTAAATATTAATTCTACACACTTTGACAGCATTTGAAAACGTTAAAATGTTTGTCCTCCTATAGAAATCATATTAAACCAAAAAAATATATTAACCTCCCCCATCTTTTTCCATTTTCAAACATTTTTTAAAAAGCTCCAGGGAGCCACAAGGGCAACGAGCCGCGGGTTGCTGACCCCTGGCGTAGGGCTAAGGAGAAGGGCTAGATACCCCTTGAAACAGAGATTTTTCAGGACCACATTCGAAACCAAGGAGTAGGAAAATTTCCCAGATTATTCCATCTACAAGGGCAGCAGGGCTGCACACAGGAGTCAGGAGATGCTCAAATTAGTATTTTTGTCGTTTATTATACATTTTTACAACA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Seq C2 exon
GTGGACACCATGGAAATGATGCGTCACCCTGAAGAAACCACTAACATGAGGAGACAGACAGTGGCGTCTTATTTCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000006892:ENSDART00000141492:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.697 A=NA C2=0.467
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(3.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(3.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]