GgaINT0048090 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011082 | KCNH7
Description
NA
Coordinates
chr7:22548176-22553771:+
Coord C1 exon
chr7:22548176-22548575
Coord A exon
chr7:22548576-22553571
Coord C2 exon
chr7:22553572-22553771
Length
4996 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TTTGTTTCTTTTTAATCTAGCAT
3' ss Score
7.17
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAACAACATTAATAGGTCTTCTGAAGACAGCTAGACTGCTGCGTTTGGTGAGGGTAGCACGGAAATTGGACAGATATTCAGAATATGGTGCTGCAGTTCTAATGCTCCTTATGTGCATATTTGCACTAATTGCACACTGGCTTGCTTGTATTTGGTATGCCATTGGAAATGTAGAAAGACCTTACTTGGCTCACAAAATTGGCTGGCTGGATTCTTTAGGAGAGCAATTAGGAAAACACTACAATAAGAGTGATGCAAGTTCTGGACCATCCATCAAGGACAAATACGTTACAGCACTTTATTTTACATTCAGCAGTCTGACAAGTGTAGGATTTGGAAATGTTTCTCCAAACACCAACTCAGAGAAAATCTTTTCCATCTGTGTCATGTTGATTGGCT
Seq A exon
GTAAGTAGTTTTATCTTATTATTTTTGAATATTTTTCCCCTTGGTTTTTGAATAAATGACTTTAAGCTAATAAGATTATAATAATGCAACTAGATGGGCAAATTCATAAAGAAATCAATGGTTTTATGTGAAAATGTGTAGTGATAACACAGATTAAGGAATTCTGAGGTTTCTGTGTTTCTTAGGTGATATTGGACCAAATTAAAATGGATATTACACAAAACCTACAGTTTTTTTAAGGTCTATGAGTATCTAAGTATTTTTAAATATTCTTTCTACTAGAAACATATAAAACTTTTTTGAGCATTTTAGTATACGAGTGTGAGATTTCCAAGAATACGTAGTACATCTGGTGAAAAACCATATGCCCATCTCAATTCTCTTGCTTATATCAGTAGCTGAATCAGTGTAATAAGCAGTGTAAATAGTACAGGCTATCTATGCTGAGCATTCTGTGTTTCTGATGTCCAGATAACCAAATGGTCAGTTAATCTATTTTGTTGGTTGGATTGAAGGTCTATGAAAGACACTGGCCAAATTGTACAAGTTTTTTCATGCAGTACTTCAGAAAAAGCATTGTCTGTTGATAGAGAATCTGCAGATGGATCTAAAATGAATGGCAATTCCTATATTCCACCACAGCCTCCTTTTTGACTCCATGCTGGTTAATCTGTTCAACAATTTCATGCTTCTGTAGATCATATTACCTATAGGCAATGTGTATAATTGTAAGGCTTTCTAAAAATAACCACTAATATAGGCTGGTTTAGCAATAGGGATCAATATTTTAGTTTATTGGATGTTTAGTGGATCGATATATTAGTTTAGCAAAATAAATTAATGTGTGATAGTTCTAAAACTTTCCACTTTAGCTTTGCTTGGTATGTTAACAGCTTTCTTTTTCTGAAGATCCTGCTTCACAGAAGCACTGACTTCACAATAGTCTACTCTAATCTTTGCATCCACCAGGTGCTAAGACTTTTTGTAGGGTTTCATATAGATTGTTTTTCAGTTACAGTGTACTATGATAGGGTACTATGTACTATGAGCAATAGGGATTTGCCAAAATGGGGAAAAACAGCTGTAGGTCAGTGAAAGGATATCATGATGAAATTGAAGGAAGAATAAAGGAGAGGAAACAGGTGGTCATATGACCACCACAGAAGAAACTGTGCCTGCCCAGAGGGACGACATTAACATATATTAATGAGTTCATGGAAAAGGATGAATGTGTATGACAATGTATTGCACATATATGTCTTAATTGTTTAAATGTAGAACCTGAACTCTGACAGCGTGCACTTGATTTATGAAGTCACCCAGTACGTATTATGAGACTGTAGGAATGTTGNNNNNNNNNNGAGTCTTCAGTATTCCTGAGTTTAAGTTTAGACAGTGAATATATAGCAATTATTGAAAATCAAACAATATCAAATTTGGTATCAAAACAGTTAGGTGCCTAGACCATTACAAACTATAGCAGAAACCTGAACCATCATTGTGCATAGAGAAGCTTGAAAGTTGCTGATGACTATTAGAAGCTTAAGAAAAGAAATACCATGATTGGGCTTGTTTCAGACATAACTGTTCTAGAAATTTGTTCTTTGGTGATTTTCCACTTCCTGTATCAAATAATACTTCTGTTGGTATCTACGGAATGACTCTTGTATAAAACCTGCAGCCACTAACTTTTTCAGAACCCCTACCTATCATGTAGTTTAGATTGAGTAGATTGTCAGTGGGTGGAAGAGAGGAGCAGGCAGATAGATCGAGTGCTCTTTTCAGAGATAAATACTCTAATTATATGATAGTTCAAACAGTAGCTTGCTTGCATTCACAACCACCTAATTCTGTACAAAAACTCCACACAACACTACTGAATATTCATCATTCCAGAGTGTCAATTCTAGGAAGTGGCAAGGTAACTGTTCTTGGAGTTTGATTTTAGGTATTGTTTTAAAATAAAACAAAACTGTAAACAGTCTTTGTATAAAAACATATTATGTGGCCAGCTAAAAAGCAATAACATTTTTGTAATGACCAAGTAAGCATCTATATTTCTAACTTCTTTTCTGAAGACAGCTGCTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGTTGACTTAGGTTTGAAGACACTGAGAGGACTGAGCATCTTAATGATCAATGAATCTGTATCTCTAGAGGGATACTTTTCAGAGCAATTCTAAGTTATAGATTAAACACTTTGCAGAGCTATCAGAAAAGTTGGCAAGAATAAGAAAACTCTCTAAATTCTAATAACAAATTAACTAGAATTCAACTTCCAAAATTTTTGCATAAAGTCAAACAGCTTCCATGTGGCACCTATAGGTACGTTTGTGAGTAGGGCTGTCAGTAGTACACTTGTACTCCATAACCAGGAACAACTGTCTCAATTAAAAAGTTTTATAAAGTTGATAGCCTGATATTATGGTTACCATTAAGTAAAGCAGATACTTAAAAGTAAGACAACACCTTAAATATATTGGGCTTCACCTTCCACAAGTGTTCCCCCACAGAGGGATATTACAGTACAGTACAAGAATATTTGTATAAACCTCTGCTGGGGATTACTGCAGTGGAAGGCAGCATCAGTAGCTTCATCCTACACGACACTGAATGGCCCTAATTCCCTCTGATGGCAATGGGAGTGTGGGATACTCAGCACTGTGCAGGATAAGGCCCTTAATCTNNNNNNNNNNTTTTTTGACATTTTAGTATACGAGTGTGAGATTTCCAAGAATACCTATGACATCTGGTGAAAAACCATATGCCCATCTCAATTCTCTTGCTTATATCAGTAGCTGAATCAGTGTAATAAGCAATGTAAATAGTACAGGCTATCTATGCTGAGCATTCTGTGTTTCTCATGTCCAGATAACCAAATGGTCAGTTAATCTATTTTGTTGGTTGGATTGAAGGTCTATGAAAGACACTGGCCAAATTGTACAAGTTAGCGTTTTTTCATGCAGTACTTCAGAAAAAGCATTGTCTGTTGATAGAGAATCTGCAGATGGATCTAAAATGAATGGCAATTCCTATATTCCACCACAGCCTCCTTTTTGACTCCATGCTAGTTAATCTGTTCAACAATTTCATGCTTCTGTAGATCATATTACCTATAGGCCATGTGTATAATTGTAAGGCTTTCTAAAAATAACCACTAATATAGGCTGGTTTAGCAATAGGGATCAATATATTAGTTTATTGGATGTTTAGTGGATCGATATATTAGTTTAGCAAAATAAATTAATGTGTGATAGTTCTAAAACTTTCCACTTTAGCTTTGCTTGGTATGTTAACAGCTTTCTTTTTCTGAAGATCCTGCTTCACAGAAGCACTGACTTCACAATAGTCTACTCTAATCTTTGCATCCACCAGGTGCTAAAACTTTTTGTAGGGTTTCATATAGATTGTTTTTCAGTTAGAGGGTACTATGATAGGGTACTATGTACTATGAGCAATAGGGATTTGCCAAACTGGGGAAAACCAGCTGTAGGTCAGTGAAAGGATATCATGATGAAATTGAAGGAAGAATAAAGGAGAGGAAACAGGTGGTCATATGACCACCACAGAAGAAACTGTGCCTGCCCAGAGGGACGACATTAGCATATATTAATGAGTTCATGGAAAAGGATGACTGTGTATGACAATGTATTGCACATATATGTCTTAATTGTTTAAATGTAGAACCTGAACTCTGACAGCGTGCACTTGATTTATGAAGTCACCCAGTACGTATTATGAGACTGTAGGAATGTTGCTTTCTAGCACCACATTGGAGTTACAGAGTTTTCTTACCGGATTTCAGATGACAGATACTCAGGACTAATATGGTCATACTTTTAAAGAAATAAGCATACTTTTTAGAATGCCATTTTTTGATTTTTCGGAGCTTATTTATAAGTGAATTGGATTTATTCAGGACCTTTGTGTTTTTCACTGGAGTTTAATAGTTGAATATAAAGTTGCATATAAAGGAAGATAATTCGCTGAATCTTTTTTCCTTTACATATAAGAAGTGGTAGGCTCTTTTGAGAAAAAAAAAAAAAAGAATATGAATATCTTATTGGTGATATTATATCCTCTCTTTTGGCATTTTTATGAAATGTACTTGAATAAGAGGAAAAAAAAGTTTAGGGAAGGTAAGTGAAATGCATGAAAACATCCTAATGTCTCTTGTGATATAAGAGAGTCTTATTTATGTCAGGTCTGGTATTCAGATGCATCAGTAGCTTGAAGAATTAGAAGCAAAGCTTCAATTAATTATTAAAACTGAAATCCTTATTTTACACATCCAGAAAAACTCTAAATGTCTTGAATTCAGATATATAAATGCATCACTGAGATTGGGTGCAATAGTACATTCCAGCCTCAGTTATTTTAAACTGAGAAACTCTCAATCATCTGAAACTGAGTCCTTTAGTCTAATCAGTTGCATTCAGGTAAAAGTTGCTACTATTCAAAATCTGTTATCCAAACTGTTATCCAGGTGTTGTATATCAGCGTATCATTGTCTGTAAGCAAATCCTGTATAGAGGAAAGAACTGAATTTTCAGTATATTTAGGAAACTATAGCCTGTCATTTTTTCATGTAGCCATAGTTATATCTTATTTGTTGATTTAAAACCTGAGCTATAAAGTTATGTGTAACTTCTTACCTTTGCCTTTTGTTCTTTGTACTTATTTTTAGTTCCTAATTCTTAGTTCCTCCAAGGTGTGTAAAATTTGATGAACCTAACTTGCAAGTTCAGGGCTATAGATCTCTAAAGATAAATATTTCCAACTTGTTTACCATTCCATATTTAACCTTCCTCTGCAGAGTTGGTACTGATATAATCAAATAAATAAATAGCTACATCAAATCCACATGTAGTATCACCTGAGTTGTTCTGTATGCAAAATGCACTATAAGAACTGTTGCATCACCTGCAAAACTGCATGACAGGACTTAAGCACATTTTGTTTCTTTTTAATCTAG
Seq C2 exon
CATTAATGTATGCGAGTATTTTTGGAAACGTATCTGCAATAATCCAAAGACTCTATTCAGGAACTGCACGATATCACATGCAGATGTTACGAGTAAAGGAGTTTATACGCTTTCATCAAATCCCTAATCCTCTGCGGCAGCGACTTGAGGAATACTTCCAGCACGCATGGACATACACCAATGGCATTGACATGAACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011082:ENSGALT00000018056:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(63.3=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.8=14.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]