HsaINT0084385 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000184611 | KCNH7
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:18863]
Coordinates
chr2:163279846-163292107:-
Coord C1 exon
chr2:163291708-163292107
Coord A exon
chr2:163280046-163291707
Coord C2 exon
chr2:163279846-163280045
Length
11662 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCTGTAAGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
TTGTTTTTTATCCAATCCAGCAC
3' ss Score
6.88
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAACAACATTAATTGGTCTTTTGAAGACTGCCCGACTCCTCCGTCTTGTGCGCGTGGCCAGGAAACTGGATCGATATTCAGAATATGGCGCTGCTGTTCTAATGCTCTTAATGTGCATCTTTGCCCTGATTGCTCACTGGCTGGCTTGCATTTGGTATGCGATTGGGAATGTAGAAAGGCCTTACCTGACTGACAAAATCGGATGGTTGGATTCCTTAGGACAGCAAATTGGGAAACGTTACAATGACAGTGACTCAAGTTCTGGACCATCCATTAAAGACAAATACGTCACAGCACTTTATTTTACCTTCAGCAGTTTAACCAGTGTAGGATTCGGGAATGTGTCTCCTAACACGAATTCGGAGAAAATCTTTTCAATTTGTGTCATGTTGATTGGCT
Seq A exon
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Seq C2 exon
CACTAATGTATGCAAGCATTTTTGGGAATGTATCTGCAATTATCCAAAGACTATACTCGGGAACTGCCAGGTACCACATGCAGATGCTGCGAGTAAAAGAGTTCATTCGCTTTCACCAAATCCCCAACCCTCTGAGGCAACGTCTTGAAGAATATTTCCAGCACGCATGGACTTACACCAATGGCATTGACATGAACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000184611-KCNH7:NM_033272:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(63.3=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.8=14.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)