GgaINT0048792 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012407 | LRP1B
Description
NA
Coordinates
chr7:33611519-33616522:-
Coord C1 exon
chr7:33616428-33616522
Coord A exon
chr7:33611669-33616427
Coord C2 exon
chr7:33611519-33611668
Length
4759 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAAT
5' ss Score
4.94
3' ss Seq
GTTGTATACATTAATTACAGGTT
3' ss Score
5.02
Exon sequences
Seq C1 exon
TAAGCTCTATTGGACTGATGGAAACACAATTAACATGGCTAATATGGATGGCAGCAACAGCAAAATTCTCTTTCAGAATCAAAAAGATCCTGTTG
Seq A exon
GTAAATATTATTTGTTTCTTTCTCATTCAACAGTACTTTAATATAAACATTATCTTGGAATGCTTTGTCATAGTATGTCACAGTGATAAGAACACACACAAAGGCATGGAAAAGACTGTTTCACCATTTGAAGTATTTTGACCAATTCTGGTTGAATGGAAATCTACTGTAATGGGTTTTGTTTTCATGCAGTTACCTTTCTTTTTCATTTATTTTAATGGAGTTAAAGGAGTTATGTCAATTGTCTGTGCTGTATTATTGGCTTATCAATAAAGTGTGTTAAATTTTAAAGAATTTGACTTTTCATAACTGAATACATTAGCAGAAACAAAATATTTGTGAAATAAATTTGACATTAGAGCTAATTTGAATAGAAGATGTCTGACAACTGCTGTATGTTTAATTTGTTACATCTGTGCAGCTATAAAGACAGTTGTCTATTTATTTGGAGGAAAAAAGTGATAAAGCCACTGATTTTGAGGTGAAGCATATCCTCATATATTAATATTTGGACAGTACTAAGAAGTAAGGCTGTATGCAGTCTATTGCACTGAACATCTTGTGATCATAGGTCACAAGGTCCTAAATTGCAGTCCTTATGGTTTCTGTCATTGAATTTGTTCTGAGTAGCAGTAAAGCCACTGAACCAAATACATGGTAGAGTGGTACGTACTTTTTAGTTTTTCTTCTGTAAGTATATCAGTATGGTCAAAGGTTTCATGTGCAATTCCATGTAGGTTTTGTGACGTTTTTCTTCATGGGCATATAGCCTCAGTGGTATAAAATGAACTATTCATGCAGTTAAACATTCCTGTAAGCCTTGCAAGACTGAGAATTATGACAAGTTTTTTACTTCACCACAGAACTGCAAGTCAGACAATATTTTCTCTGTAGTATTGGATTAATTTAACACCTTTGAGATCTCAGTTACTTTGAAGTAGGTTATTCCAGATTGAAGGTTCCTTTTACATAATAAAGAGACCATGGAGATTTGTTTATCCCTTATAGCTGATCTGAAACCGTGCAAGTCATAAAGTAGGTAGTATATACATAAAGTCTGTATATATATGCACATAAAGGTAAAATGAAGTTAGCAAGTAAAGTATCATTGAAATAATTATTAGTAGACATCCTGGCTTATTTTTATTGTAAGTAAAAATAAATCTCATGCAGTGCTAATTTTGAGTATTTGGGGATCTAGGTGAGAGATCTAATAGGTGAATTCATTAATATAAAATGATAAGTATAAGGCTTTGAGAGTTGGATACTCTGAAAATTTGTTTTGTTTAATTTTCCTGAATAAAAAAAATTCAGTCTGTAGAGTTAAATATGTTTTCCAATCTCTGACTTGGGAATATGCAGGTGTTCTCCCAATTTCAGTTGTGTTGAAAGAAGGCGACAGTTTTATTAACATCATGATTGCACAGTTTGGAGTTTTTGGAAACTGATAATTTTTCAAAGTTGCATTTTTGTTTTAACTGGTATGTACTACGTAGATCTTGATAATCCATTCTGCAGTTCTGAAACTGACATATATATCAGTTGAAAAAAATACTAGTCACCGGAGTTTCATTAAATTACTTGCTGTGGGATTCAGATTTAGTGCTATATTTGGCTTTAATACTTTGTGAGGCAAATTGCTGCCATCGTGGATATCTTCAGCTAAGCAAGCAGTTTGTCATAAAGCTCTAAAAATAAAAGTCAGGCATCTATTATATTATTTTTTAAGAAATCAAATATTATTATGTTACGGAATGTTGTATTTCTAGTAATTTTTTGAATGTCTTTGATAAAACTAAGTAAATAACCATACGGGGCCACAATTGCCACTGTCTTCAAGGGGCTCCATAATTATTCGCTATAGAGCTCTTGCTTTTTTAAACAGATTTCTATTCCTTATTCTAAATAGCCTTAAAGTTTTAATTTGAATCATGATTTTAGTACATTCCTATTTGCTACTGTAGTGGTTCTTGTTTCAGTTTTTCATCTGACTCCTTATTCAAATGTCCCTTAGTAATTTCTTCTTCACTATACATAGTGGAGTCTGCAAAGAAACTATGCAGATGCAAACCAAAAATCTTACTGAGACTGGCCCTTGAAATTTTATTTTAGATTAAAATAAAAAGAAATTATTTCTTAAATATGCCTGGACATTTAGCAGAGATTTCCAAATTTTAAGCACATTACTATTTATACATGAACTGTAAACAGATTTAAACAGATAAATAACCTTTCTTAAGCCAGTAAGAAAAGAATTAAATGACACTCTTATCTCTCTGGACAATTTTTTAAAATCTTTTTTTCATTGATTGATATACGTAGATATAAAGGTAATATCTGTATCTTAGGTCACCCATAAAATGTATCTTTTATAATATTAAACTACTTTGATATTGCGTATTTGTGAGGAAGATACCATCTGCACCATTATTGTTCTGACTTCATTTTAGCTATATAGTTTAATTGTAGGAAACTCTCAGCTCACTAACATCAGATCTTCAGTCTATTCACTTGCTGCTTAATGTCATGTTCGAAGGAGGAATTGGACAATGCTTTGGGTTATTAATTGTTCCAGATTAGCTTAATGCAGGAAGGGTACATGTTAGAGAAGGTCACTACAATGGCTGTTCTCTCAGAAAAATAGCTCTGTCATTTTTCTTTTATACCCTTGATTAGTTATCAGATGTATAAGCTCACCTTGATGAACAGTAACAGTTCTTATCTAGACAATGATTCTGGGCTGTATGAAGCACTCTGAGTTTGTGATGCTAGGTCTTTAAGGAGAATGAGCCTGTTTTCCTTACACCTCAATCTTCTGAAGAGCAAAACATGCAGAGACATATGTCTTGGTGGTCAAATAATGATGAGTCCTTCTAAATCAGTATTCTGTTGGACACACAGTATTATCATCAGGTAGCTGCTAACACAGCCACTAAATATTTGTTTTCCAGAGTGTACATGGTAAGGTTCACTTTGACAGCCTTGAGGATGGATGTAAGCCACCCATTCACACGAGAATGCGTCATGAAGATTGCAGTACCTAAAACAAGCAAATCACCTGTATTCATTAGTAAAACCAGGAAGATTCATGAAAAATAAACATGTTTTTGTTTTAGATTAGAAATAATAGATATAACACTACAGAAAAAAATATTCTGGAAAAGTAAACTTACATAGAAGGAGGTTTTTATTTCTATCAGTTGATGCTGTGTGATTGGCTTACCCATGCATAGAAATATTATTTTAATAAGTAAAATAATAGAAAACCTGGCAACATAAGATTGTAATTGTTGTATACGTAACATTTATAGCAATGTCATTAGTAGATCTCTGTGCCTGAAATCAGTGAGCAGTCAGGATTTACAGGGAATAGCAACTGCTATATGGTAGTACGGAGACCTCTGTACCTGTGTAGCACCTTTGTAACTCAACAGCAGGGTTCATCCACATTCTCTGGATGGTTTCCTGTGCTAGGCTGAAGTACTCTGTTCTGCTTGTCTCTACAGTATGTTGCACTACCCTTTAACTTGAATCAATGCTTATTGTGCAAGCTGGAAAGCACTTCAATGCAGAGATGTTGCTAGATCCGTCTGCCAAAGCAACTTCATCCTTATCCTCCCTTTAGCTTGAGTCGCTTATCCTCTAACTGACACGCTTGCAGAGAGGAAGAAATCTCAGTAACTTTAAAGAAAATGGAAAACTGCTTTTGAAAAGCTTACTAAGTGGGAGCCTTTTGGCCTACGATGTCAAATGTGCGTAAAGGAGTAGTGGCATGATGCCAGTTCTAAGTACTGCTGCACATGGCACTGCTTCCTCCTGTCACAATTTTGAAAGTAGGTCTTGCTTTCTGCAGAGAAGCAGGATACAGGATAAAAGTACTCTTGTGCTGTGCAATTCCTGGATGCTGACTTTTGTAGTGAAATACAATGTTTTTTTGGCAGTTTTATGTTGAATGCTTAACATGAGTTCTGGGAAAAGTCTAGTACAAAAACAAATTATTGTGCTATGTATTGTCACAATGCTAAGCATATTTCTCAGTGGAAAATTTGTTGCTGCGATTTCTTCAACATTTTTAAAGGATTAGAGAATCTGAAACATATTATATTTTAATTCTTTATTTCTTTTAGAAAATTATATGCTTGCTTTACTTAGTAGGTTTTTTTTTGCAATTATTTCTAAGTTTTCTTGCATCTAACTCCAAAGAGCTGATCATGAGGTCAGTTTACTATGAAACCAAATTAAAATGTTTGCTGCAAATTTATTTGTTATTGGCATTAAGTTGTGGTATTTTTATTTTTCAGCGTTTTAAGAAGAGAACTATGTATGTAGGGAAAGAATACTTACACACACACACACACGCACACACACACACACACAAATAGATTGTTTTTCAAGTCTGAGTGTTCATAAGTTTAAAATAAATTGTTGGATTCTTGTTGACATTTCCTAGTAGTTAATGACCTCTCTAAGGACGTGGGCTCTTTCAAGTATCTCATTGGCAGATGGTCCTTTCATCAGTCACTGATTCATTTCTGCAGATGTTTGGAGAAATAAAAGGCAGAAATATTTCAAGAAAAATGTTTTCACTACAAATGGCCAAAGTTATTTGGTTTTCTTGATTTCTTAAGTTTGAGAGGATAACAATTATGTGTATACATGCATACCTTTTCTTGAATACACACTTTTATGAAAAAAAGCTTATTACTAAGTGTGTGTTAGGTATTAAAGCCAAAATTAAAGTTGTATACATTAATTACAG
Seq C2 exon
GTTTATCAATAGATTATGTGGAGAACAAACTTTACTGGATCAGTTCAGGAAATGGAACCATTAATAGATGCAATCTGGATGGTGGCAATCTTGAAATAATAGACTCAATGAAAGAAGATTTACCGAAAGCCACAGCTTTAACCATAATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012407:ENSGALT00000020272:30
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005812=Ldl_recept_b=PU(84.2=97.0)
A:
NA
C2:
PF0005812=Ldl_recept_b=PD(13.2=9.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]