MmuINT0092508 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000049252 | Lrp1b
Description
low density lipoprotein-related protein 1B (deleted in tumors) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2151136]
Coordinates
chr2:41101460-41123951:-
Coord C1 exon
chr2:41123857-41123951
Coord A exon
chr2:41101610-41123856
Coord C2 exon
chr2:41101460-41101609
Length
22247 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
GTTGTTTAATTTAATTACAGGTC
3' ss Score
6.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAACTGTACTGGACAGATGGAAATACAATAAACATGGCAAATATGGATGGAAGTAACAGCAAGATTCTCTTTCAGAACCAAAAGGAACCAGTTG
Seq A exon
GTAAGTACTTTTTAAAAATAAATTAATAGTGACAAGTTTATTGTGATACACCTCTATGACTTTGAACTAAGCCCTGAAAAGATTACAGATCTGTAATATAAATTAAGTCAGGGGACATTTGTTTCCAAGAAATCTGTTTTCTCGTTGTGAGATGCTTTTCATTAGCACACACACTGTCTGGGCATCTCTGAGGTAGCTCATAGGTGAATATTTGCTTGCTTCCATTTGCTTTCCTACCTTCCCAGCTCTATCACTGTCCCCCCAGATAACCCCCTTCCATTTTCATACAATGTGTATTTTGTTAGAAGATACTTCCCCTCCTATCCCAGTTAGAGTTTCTAGTGCTGCAACAAAAACCAGGGCCATAAGCAATTTAGGGAGGAATGGAGATATTTCACTTAAAATTAGCTGTTCAGTGCATCATCAAATGGAGTTAAAGCAGGAACTCAAGACAGGATCATGGAGGTAGGAACTGTCACAGCAGCCTTGAAGTGTGTTTCTTATTGGCTTGCTCTAGACAACATGTCCATCTTACTTTCTTATAGCAACTTAGAACTACCTGCTCAGGAGTGGTACCACCCAAAATGGCCAGATCCTCCCATATCAATTTCTAATTAGTAAAATTCACCACAGGCTTGCCCAGAGGCCAGTCTAGTGGGACACGTTTTCTCAACCGACATTCTCTCTTCTCAAATAGCACTAGCTATGACAAGAGGACAAGAGCTCACCAGAACACACTCCTTTATATTAATTCCTTTCTTCTTATAGACTCTTTTCTACTTTAATTTCAGACCCACATAAAGACATTTAAATACAGAGTCTATGTATGAAAGAAGATGTAATTTTTTTTTCTGTGTGTGAATCTGGCCTGTTTCATTTTATAGTATGATCTTGGGTACTATCTGTTTTCGTGAAGATGTCATGATTAAACTCTGCATAAAACCATAAAGCCTGAATAAAATTCTGTTCTATACATGTATCATTTTTTTATCAGGTATGCTGCTGATGAACCTCTAACCTAGTTCCTGTCTTTGCTATTATTAGTAGTGTAAACTATGTATGAATACAAATATGCAAATATCTCCATGCTATGCTGTCTTAGTCCTTCAGGTACATACACAGCAATAGGGCTTCCTCCTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCTTCCTCCTCCTCTTCTTCTTTCTTCTCCTCCTCTATTTGATTATTTATTTTGACTGTATATTTGTATATGTATGCACATGTTCATGTCTGAGGGGATGGATAAGTATATGTTCATATGTACATGTAAATCCGGTGGGTAGAGGACAACCTCAGGAATTTTTTGAAATTGTTTACTTTGTGTCTTAAGTTGATTAAGATCTGAGGTTTTTCTGGATATTAGGCTGACCGGTCAAGTTGCCCTTAGGCTCTTCCTGCCTTTTCCTCATCTCTCCGATACATGTGGATACCACTATACCTGGCTTTTTACATGGGTGCTGGATATTGAATCCAGGCCTTAATTCATATGCATTAAGTACTTTCCTGGCTGAGCCATCTCCCCAGCTCCTAAAGTTATTTTAATTTGCATCTCTCCCATGGTTAAGAATGTCGAACACTTTTTTTTTTCCATTGTTTTTTGGTAGTTTCTATTACTTTTCCTGATCACTTCAATTCAATTCATTTGGTCATGTATTGACTAGGTAGTTTTGCTCCATGTTAGATGCTTAATTTTTGAAGTTATTTTTATATATTATACAATAAACTTCTGTCCAACATGTCATTGGCAAACACTTCCTTCCAATGTGTAGCTGTGTCTTCATTTCGGCAGTTATTCCCTTTGTTATGAAAACGCTATCTAATGTCATCAATCTGAATTGTCAACTCTCAAGGTTATTTTCCTTTCAGAAGGTCCTTGTCCAGACCTACTCTTATTGTTTCACTTAGGATTTCCTCGAGATGTTTCAGAATTCCAGGTCTTCCTCAATATCTCTGATGCATTTTGAGTTCATTTGTACAGAGTAGGATAAGGTCTTTTGTATGTGGCTGTTTAGTTGCTATACTTGTTAAAAGGCTGTTTGTTTCCAAGTATATGATGTAGGGGAAATATGTTTCAACACCAGAAAGGGCCTCACAATTCCATCAAAAAAAACACTCTTAAAAAATGTAATATAACTTTATCAAAATAGCTAGATAAAAACCCCAACATATAGCAGTCAGTAGCTGATCTGGGAATATACCTTAATAGAAAGTTCTTGTTTAGTATGTGGTAGGCAAACTTAATACAAGCTATGTGAGAACTCAATGTTATAAATTAAACCTCAAGAAAGAAATTGAAAATGATTAAAAGATAAATTTCTCATATTTATGGGTGACTTAATGTAAACACAAATATTTTTCAGAAGTGATATTCAATATAACCCCCATAAAATCCCCATTATGTTCTTCATAGGACTAAAATAGTCATTCTGAGAATTTTCACTTAAACATAAAAAGTCCCAAAATAGTCACAGCAATTCTAGCAGGAAGGGCAGAGTTGATATATCACTGTGTCCAATCCTGATCTATGGCATAAAAATAATCACAAAACTGTACAGTACTGACAAACAAACCAACATATAGGTCAAAGGAACAGAATAGTAGAAGCAGAAACAAGCCTACTAAATTCTAAAGGGCCCTTTCATTAGTTCTAGGATCCTATGTAACACAAGAGCTAATTAACCAGAGAGATTTCTAAAGATTTGGTTAAGTTTACATGACCATGAGTGCCTTCCAGTGAACATTAAGCCCAAAGAAATGATCAAGCATGATACTTACCTTTATATATATATAGGTAATATATATAACTATATAATATATAGAAGGGATATATGAGATATAAGAAAACTTTTTCTTCAGAGTCTGTTTATTTGAATTCACTGTAAACAAGTTTCCAGTTTGTAGTGATCAGATTTGCCCCAACTTGTTCCATGAAGGATAAGTGTCACTAAACAGTATGTTTTGGATGGCTTGTTTCACAAAGGCCAAAATAGGTTAAGGGTCCATTTAAAAGAAAATTTGAGTTCCTTGGATGATTTTAGCTAGAAGTAATTGATATGTCAATTCATTGTATTTTTCTCTGAACTATGTCAAAGGCAAAGAAGTAAGACTTTTGTCATTGAGAAAAAGAAACAAAACCTTTTAGTAGGAAAATTGGGGCATCATTTTAAAAACACTCCATTAAAAAAAAAAACAGTGCTGACATTCTTGAACTATTCCTATAAAACCTCTATGAAATCTCTAAAAAAGTTTTTTAGAAGAGAAGCTGTAACAGGTGTGTGTGGACTGATACAGTTTCTTAACCCTCATATTTCTTTTTTATTTCTCCTTACATTTTTACATTTTTATCTTTTTGAGGCAAGAATTATAACATTTGCTTTGAATTTCAAAGTTCCTTTAAAAAATACATAATTTGGCTTTGCTTTTACATTAAATATAAAAATTATAAAAACAGAAAATAGAAAACCACAGTTTGACTTTGAGTTGTATGTAGAATACATTTAAATTAAGAAAGTAGTATAACCTGAAGCTTTCCATCAACACTTATTTCCATTTTAAAAATATGGAAATACACTAACTTGAAGTAGCTTATTCTTAATTGTAATATGACATAGGTACAGTATCCCAAGGATTTGAAACAACGGCTTTTATGTAGCCTAAAACCATCTGTCTGGTGTAAACGGCATAGTTACTACCTCCTTTCTTTGTACTATTTGTTTTGAGATTTGTACACAGTTGAAATATAGGCTAGTGTTAGAAATCTGGGGCAGATTGAAACGCAAATCCTCCTGGGAGGAAATCAGAGGAAAGGAAACTAGATGCACAAGGTCCGGGTCTACACAAAGGAAGCTGGCCGCACAAGGTCCGGGCCTACACAAAGCATTCCTTTCAGACTGAGGATGTTCAGCTGCAGCCTGTCTGTGCCGGGCTGAGAGCTAGGATGAAAAATCAGTTCTTTATACTGTAATTTGGGAAGCACGGGTTACAGCAAAATATTAATTTAAGTGTCTGTATCGATATTGAAAACTTTGCCTCCTTTAATACTGAACAGCGAGACCCATATTCAAATATGGAAGTAAAACTTCCACAAAAGCGTGCATGCTACAAAGGACATTTGTATGGAAGGATGAATGGGGAAGGGAGAAGAAGAGGAAAGGAGAGTGGGGAAAGGTGAATGAGGGATTGAAGTGGGAGAGGAGGAATAAAGGATGCTGACTGAGATATGGTGACGTTGGGGAGAGGTGAATGAGGGAAGGTCAGTGTTTATATTTCTACTTTGTCTTTGCTTTCTGAGATGCTATGCACTCGATGACAATTTCAGTGACATGACAAATGCTGGATACTTGCTTCCTTTTAGTTACTCTTGTCTCTGACAATTGCTTTAAAATAAAATTTCAAAACAGCACTCTTGTAAAACTTTAACTTGCACTTCTCTGCCTGAGATTGTCTCTAGCTGCCTCATTTGAGAAGCAATTCTGTGCTACCGAATTACAGACCTCTCTCCATGACTACGGAGGCAAACTAAGTAGCCTGAGTCCTTCAACACCTAAGCTTGGGAGCCAAAGGGAGCTTAGTAACACAGACCCTAGACAGCATTTTAAAAGCTTTCACACTTCCATAGAATGTCCCTGATGCAGTCTTTGGGGCATGTAGTGTTTGAGATGGTGTTTATGGACCTCCCCCCAAATCTTTGTTTATTTGCTTTGACAATTATTGACAATTTGTATGACTTTAATAAATCTCTTACTTTTTAAGGGAATTATTCTGATTTCCATAAAATGGAGATTTTGCTACCCAGTCTAGGATTGCATGGAGTAACACTTTCCTTAGGCAACAACTCATGTTCTAACAATCCCATATTTAGTTAATGCTCCAGGACATTGTCATACATGCCCTGAAACATTAAATCATTCTTT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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000049252-Lrp1b:NM_053011:31
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005812=Ldl_recept_b=PU(86.5=97.0)
A:
NA
C2:
PF0005812=Ldl_recept_b=PD(10.8=7.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: