GgaINT0049499 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012424 | GTDC1
Description
glycosyltransferase-like domain-containing protein 1 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001012939]
Coordinates
chr7:32772363-32782028:-
Coord C1 exon
chr7:32781957-32782028
Coord A exon
chr7:32772623-32781956
Coord C2 exon
chr7:32772363-32772622
Length
9334 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAAGG
5' ss Score
8.05
3' ss Seq
TGCTGTTCTCTCTCTTGCAGGGA
3' ss Score
13.44
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCGCGTCGGTGCCGACGGTCTCCAGGCGGGAGTGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGAGCTCCCTCTGGGTGGG
Seq A exon
GTAAGGAGCGGGGCCGCCCGAGCGAGGCGGGAGGGAGGGAAGGGGTCAGCGCGGAGCGGCGGGGCGGGCGCTCGGCCCGGCGCCTGGGGGAGGCCGGGAGGAGAGCCGGCTGCCGGCTGCAGGAGGAGGGGGGGGGGGAGCCCGGCCCCGGAGCGCGCGTTGCGGAGGGGAGGGAGCAGAGGGCAGCCGAGCCGCCCGGACAGCGCCCGGCATGGCTGCGGCACCTGCGGCGCGGGAGGCGCTGCGCGGGTACCGTTCGGCCGTCCCCCGCCGCCCCCTAAGATGGCTCCGCGGCCTCCGCAGAGGGGGAACCGCTCCGGGGCCCGGCACGGCCGGGCGGGGACGGGGCAAACCCGAGCGGGCGGCCCGGCCCGCTGCCAGAGCGGGGTGCCGCTGCACGGCGGCCTAACATGGCTGCCCGCGCCTGGCAGGCCGCGGCCCGGAGGCCCTGCCCGCAGCCTCGGGCGGCCTCGCCGGGGCTCGGGGAGCTGCAGGCCCCGAAGGCACGGGGCGCCGGTGGGGCCAGAGGGGGAACCGGGCCCTCAGGGCTGTGTCAGCCCCGGGCTCTGCTTCAGCCTCCCCCCCACGTGTGTAAGCGTTTACAGCACTGGGTGTGTGTTATTTCCTAAACGCACACATGGTTTTCTCTTAAAAAACACAACACGAGGCAAGCAGTGGTTTATCATAAGCCTGCATGGATCGATCTGCCAAATTTGAACCCCCAGTGTCCCCATAAAGACATTAAAACATGAATATATAAAAGTGGTTTTGCTGGTAAAACTGTCAGGAAAAAGCCATAACCTTTGCAGTGTCCTAATGTTGTGCTTCACAGAAGGAAGGAAAAAAAAAGGCTTAAAACTCAACTTCAGTTCACCAAAACGTGTAGGTTTTAGGGTTTTTCTTTAATTCTTTTAGGCTTACAGGTGTTATGTGATGGAACACCTCACAACACAGGAGCTGCTCATCTGTGCTTTGCAAGTGAATCCCAACTTCAGGGAAGTGTGTCTGGGATGAATGAGGCTTGGCAGGTCTGCATTTATCTTTTAACACATGACTGTGTGCTGAGCGGAGCAGCGGGCTGCTGGGAAGAAGCCATTGGAGGTGCAAATGGATGCACTTCTTGTAAAGAGCAGGGGCAGGAGTTGGAAGGAGGAGCAGCTCCTGGAGGGGAAGCGTACTCTGTGGTGGGATTTGCTGGTCCTTGAGAATTAGATGTGCATTACCACGACTCTGAGATGAGCACAATAGTCAGGTAAAGATGAGTAGAGGATTTTAGTGTGGCTTATAACAATGGTTTGGCATAATTAAATAGAGCTATTTTATTGGACTCTATTAACCTGGTTAACCTTAAATCTTAACCATGACAGAGTTTTCATGTAAAGAGCCTCCATACAAAGTACAATATTGAATTTTAATTGGAGCTTTCAAGACCTGCTGTAGAGTGTATTCTTCTTGCTTCGTCATTTTTTTAACCTTTCTGAGTAACACACATTGGGAGAACACTTTCTGACATAAATTTAAAAGCCATGAATCCAGATCAGATAAGTCAATCGAGGACAGTTGTGGGTTTCTTTTTTCCTTCAAACTATTATATTTATTTAGTTAGTTTTACAGTGGTATTTTTTATTTATTTGTATGCCTACCTCGTACAAAAAGGTGAGGATCATTTTCACTGTTGTAGTACCTCAGTCTTTACAAATTTTCTGACCAATTTGCCATTCCAGTTTTTAGCCAGTGGAAAGAAGTGGTGGAACCTAGGCAACAACCCTGCCATCCAGTCCTGCTCAAGACACAGGTGCTTTACAGATACAGGACAAAATCCTTCTCTCTGCACATAAATGCACAATTTGACTTGTAAGGCAGCGATGGTCCTAGCATTATTGTCAGTTATCTTGCCTAGAGTGGTGCAGTGAAGCCCCGAGAAGGAAGAACAGCACAAACTGTAGGCAATGGGTTATTCCTGTCCTAATGTGCCACCGATGAACATCTCTTAAAGGCAGTGTCTTAGGAAGATGTTGGGAAGGTGTAACCTGAGTAGGAAAGATAAATAGTTGCATCAAAGGGGCAGAGAGGAAAATAGTAAAAATGGAGATAAGGGGTGAGTTAGCATTTAAGCAGGGACCAGGAGCTCAACCTGACACGAAGCTGACTTCAGCCTGCTTGGAAGTCAGTGCTCTCTGCAGGTGCTGCTGTGGCCGTGTGTGCTGGCATGCTGAAGATGTGCTGGGAGCCTGGGCTTTGCCCCAAGTTAACAGTGCTGTTAATTAATCCTTGCTGATTGCTTCGCCTTAGGATCATTACCAAATAGAACTGGTACTGTTGCTGTGGTCATGCTCAGAGCTTGCAAAGTACCTAAGTTATAGCTGAAACTTGTCATTTATGCTGCTACGTCGCTTAGGCTCCGATGTAAAAGTTATATAACTTCTTTAATGTTGTCCTAAAACCAAAATACAGGCGTATTTCAAAGATCTGTTTGGCTGTAGGCCCATTTTAGAGTGGCCGGTAAAAGTAATAAACTATCCTCAAACAATTCTGCTCAATAAAATTTGAGAATATGAAAACAAAGTTCCCGGTTTAGCTTTTCATAAGTGCTTTCTGCGCCCTGATGCTGCTGTCTTTGACGTTGCCTGCAGCTAGAAGAAGAGCCAAATATATAGTTTTTTAAGGCCCCTGACACTATCTACACCTTGGACTTCTGTTACTTTATATATTTGATCCCTGACCAAAGTGCTGTACAAACAAGAAGAAATTCCAGTAGATGTTTCCACCATCAAAACAAGACATTACTTTGTTTCTCTCAGGGCTCCTGGAGTATGAGTAAAAGCTGAAGGTGAGCTGTAAGCTGTGGTCTCACCAAGCTCTTCCTGATGGAAAGATGACTTCAGCAGCATTTGCTGTATTGGAATTCCTTACTGTTTCTGTGTCCAGCTGGAATCTAACTTATCTAAGGGGAAAAAAAAAAAAGAAACGATTTATATACTGCATTGTTTGGCTTCACCAGATCAGAATATGTTTATACAATACAGTGCTACACAGTCCAGATTGGGATTTCCATCGAGATAAGGCATTTCTGCTGCAGCAGTTGGTGAGCAAATACTTAGTGTGGAATATTCTCTTGTATCAGCTCTTTCAGCTGTAAGGAGGAAATCTTGTTCTAAGATTTGAGTTCTCACCTGGTTAAATAAATCAGTTAAAAAAATGCTGTTTCTGCATAAATTGGATCCTAAAGCTATGTGTTCAAAAGAAAATCGTATCTTAAATGCGAACATTCATTCCTATGTGAAGAGAGTTGTATTTTATAGTAAGAAAGTACACTGAGAACGTATTCTAAGGTTAGATTTTGGTGATAATGGTGTAAATAATAAGACAGTAATGTTTGGTCTCTTGAGTGCTTCTGCGTGCTGCTGGTCATGAGGCAGTAGCCATTGTGTAGTGAGAATAGTAAGAAAACCAAAGGAAAAGATTTGAAGACTTGGAATGAGCGAGTGTCTCGTTTGTTTTGATCTGGTTGTGTAACTGAGTATTGCTTATTAAGCAAAAGTGGAGAAGAGGCTGTATATATTGAAGGTTCTCAGGAAGACCTACAGTAGACTGCTGCGTTTTGGAAGCACGTTATGTACCATTGTGTTTTTTTTCTCTGCGTGTATGTGAGACACGTCCCCTGCTAAGTTTGTGAAGCAGGAAAATCATCTTGATCTCTGGTGGCAGGACTGTTAACAGGGGCTGCTGAGAGCCCGCAGCCATCACTAAGCGGTGCAGTTAGCGGTGCGGTGCAGCGCCTGGGTGCTGCGAGGGCATGCGGCCCCGTGTGAATTTCCTTCGGAACAGATTCCTATCAAAGTGTGTCTTACAGGTACACCTTGGCTATCCGTATTGCTGCACGGCAGATGTGAGAGTAAAAATAAACGTGAGAAGCACCAGGCAGAGAATATGAAATCGGAAGTCCGAGAGCCGCATCTTCAAGCAGCCTGTTATCCTAAGTCCTGGACTGTAGCTGTACGGCAGTGTGTATATATGTTTTATTGCTGATCTGTGGTATTTCCTGTAGGCAAGTAATCAAAGCTCAATTTATAAATGACAATAGGGAAGCCGGTACTTCAGATTGATGGTCTTTTGAGTATGAGTAGCTCTTTTGATGTCCAAATGAGAACTGGAGAAATATCTAAAATTAACAACGGAATATGTGAAATTAAGGATGAAATGCAGACCTTGGAGGAGAGCAGGCAGGGCTGGGCACTGAATGTGGTTTGGTGTGCTCCCATGAATTGTTATTTCTTAGGGTTAAGACACAGAAGGAACGCAAACAGCTGAGTCTTTTAAATCCCAATGCAAGTTGACACTATGTAAGAAACTTTGATTTAGATATGCCTGTATGTATACATGAAATCAAATATATATGTGCGGGATTTAATATAGGTGTGATTAGCGGTTCTGTCATTAGCAGTTCAGATGCAGCTAGGTTTAATATATCATTTCTATGCCCTAATTTTGCTGAATTGTTACTAAAACTGTTCCCTAGTTCTGTTGCAGGATTATTTCTGGGTAGTCAGATGCCATTTTTGTGCAACAGGTTACCTGTAGTCCACGTATACTACCACAGTAATTGTGGGAACTTTTCCCCCTAGAGATGCGGCAGTGGTCCTTAAAGAGTTTACTTTGGCCTTGCCTCTGGGAGCAGTGAACTCATAGTGATGGTGGTCTTGATGGATAGAATGGGATTGTCTTGTGGTCACATATGAGGCTTATAATTGCTGTACTCGAGACTTGCTCATCTAGAGTGCAGGATTCCTAATCATTATTAGAAGCTGTCAATGAGGGCGAAAAAAAACCCAACCAACTCTTAAATTCATGCCTAACTAGTTGTATTCAGATTTAATACATTGCAGGCTTTTATTCCTTTCTGGAATGGAAGATTTACTGAATTGATGGTCCATGGTGGGTATTACTCACAGCAGCAGGATTCGGTGGTCAAATGTATTGGAATGAAGGATGAAGATCTC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Seq C2 exon
GGAAGCTCCTGCTCTGCCACATGGAGGGAGAGGCAAGTGTTACCCCTTCCTCTGCTCCAGCTGAGGGCTTTCTGAAGGGACTGCACTTACAGGGCAAGCTGCACACAGAAAGGTACGCTCTGATATAGTCAGAAGCATGTGCTTGAGAAATGCGAAGATACTGTAAGTTCAATAATATGTTCAGCAGAAGCAGCAGCCTGTAAGTAATATACTGAAAGAGGAACTGGATGAAACATGAAGACAACTTCCAAACGAGAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012424:ENSGALT00000020306:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]