GgaINT0049892 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009357 | RAPGEF4
Description
NA
Coordinates
chr7:18804316-18808823:-
Coord C1 exon
chr7:18808739-18808823
Coord A exon
chr7:18804377-18808738
Coord C2 exon
chr7:18804316-18804376
Length
4362 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
TAATTTCTCTCTGTTTTAAGGTA
3' ss Score
10.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCTGGCCAGAGAAGTATAGATGATTTAGAAATTATATATGAAGAACTTCTTCACATTAAAGCCTTATCTCATCTTTCTACTACA
Seq A exon
GTAAGTGATTTTAAACATATAGCTTATTGCCAATAGGAAGTTTGAATTTGGGGATTAAAATAGGAGCTTCTACCACCCTTCCCATTTATATTTTTCTCCATGCAAAGATGGTATTCCCACTTGTGAGTACCACAGATCTAGATTGTCTTTGGGTATTAGCTAAAATGATCTTTGTGTGTTTCTGCACAGCCCAGAACTCACTCACCAGTCACAGGTGCCTCTGTCTGGGTCCACATGTGAGTTTAAATTGAGATGCATGGTATCTGACTTCACACCTGGGATTGCAATGCTACTGAATTTCAGCAGAACAGATGTCTCATTTCTGAACTTTAAGAAGTCTTGTCTTGGGCCAGTTAGGAGAAGGAATAACACGGTACAGAATGGTATTCTGTGGAGTGCTGGCTGTTGGAGTTTGGTTCTGGATTGAAGGAAACCTCAGCACATGTGTTTCTTCTGAGTGGGCAAGAACAGTACAGTGAAGTAATGAATTACATGCAAAAAATACCTGGAGGAGAGAATACAACTGTTGAAATTCTCACCAGCAGTCATTCACTGTGTAGGCAACTGAAACAAGCTAAACAACACTTGGTAGCAGCAAGCTTTGAGTGCTTTCAGAAAAAGGAAGCCAGTCAAAAAGTAGATTTATTTTTGATAGTAACTTCTTTGGAAGCTCTTGATGATTGTTATCATTTTCTGCTAACTTAGACAGATGGAGCTAATTATGGAACTGCATTATAGATAGTACTCTGTGCAAAAATATAACATATGAGCAATGTTTTTCAAACAGAATACACACCCAGAATTGGTAACTGAACTAAGAGGGAACAGCCAGCCAAAATCCTTAAGCATCTTTGGGATGTGGAAGAAAAGGTGATTAAAGAAAGATTTCAGTAAGAGCTAAAAATGTCTCATTTTAAATCAAACAAAAGAAACTGTCCTAAACAAGATATAGGGAGTGGAGGACAGTATTGATGCTACAGAAATAACCAAGACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAACCTATTTTCCCACATCAGAAGAAATTCAGATTTGAGGTCAGAATTCAAAGCAAGAAATATAGCAAATGATATGAGCCTCAAGAAATACTTGGCATTTTGAGGAAATGCAAAAAATGTGGTTCTTATATGTTTCTATTAAGAATTTGGAAATTGTGGCTTATTTTTTTTGTCTCATGAAGTAAAGCAGAGGACAGAAATCACTTCTATCTTGGAGAAATTCTTTAGAGGATCAATAGGCAACATTGCTCCCATGAACAGGAAGATTAATGATCAATCAGCTTGAAAGCAAATTGAATGCTTATTCGTTTTAAGCAAGGCATAATTCCTAAAATAATAACTTTTCTAGGTAAGCTATGGGCAGCAGGAAGTAAGATGGATAAAACTCAAGTTGCGTGGTGGTGAACTAATCCCTGCTAGAGGAGTCTGGGAACTTGTATGAATGAAAAACAATTATGTAACATGGTGTTAAAAACAAATTGAATTCTTGGCTTCATCAAGAGGATTCATTCACTGCAGGGACAAGTGACTGAAACAACTGAGAAGGCATCTGAGGATATAGATGGGATGTGAAAGCTCTCTACAATCTACAGAACAGTGCTAATGGTGGCATACTTCCTGACCTTATTAAAACTTCTTTGCTGTCAGGCACAGGGTATAAAAGAGTTGTTAGCTTAATTGTTATAGAAATAACAGGCCTGCAGGTGTGTTCATTTGTCGGTGTTCTAATAAGGAACGTCCAAACAGCTCTCTCTATCCCTCTTCCTACACGTAGTGCAAACAAGGAGTGCTCTGCACAGTCTGTCAGGAAGGAGCGCTGGGAGAGGTAGCTGGCGTGGAATGTTTATGCTTGGCACCCAAGCAAGGGTTTGGTGCATGCTTTTAGGACATCAGACCCTGAATTTGTCTACTCCTTTTAAGAGATACAGCCACCACCAAGTAGTTATCTGCATTGTGTCCAGAATTTGAGGGTTCCTGCCCAAATTTTTCTTAATGGCCTAAAGATTGTCCATCTTGAAATACAGCTGTTCTCAGATTAAATGTATGGGAGAATGTTGTGAAAATACTGCTACTTAAATAGATGTCAGAGCCAGCTTTTGGCTTGTATTTGGCACTTTGAAGTTACCTAATAGTCCCTCTGAAACAGCTTATTGCCAGCTGATATTCTCTGAAAAACAGTATCCCTCTGCCTGTAATTGGCCTCAAAGTCAGTGGAGACTTGTGGTTGTGTGGGGAGAGATATTAAGCACACAGAAACACTCAGGATAATGTGAGCTTTCCAGTGCTGCTGTTACTTTGTGAAAATAATGCCAACGGTGTTTACAGTGAGAAAAAGCAGTTTCAGACAGCAGCTTTCTCAAGAGAAATAACTCCTCTGTTAACCAGAATCAATCACAGCAGAGCAATAAAAACCCAAAGAACAGGTGGATGTCGGGTGGTGGATGTCAGGTGCAGTGTCACATTCTGCAGTTCTTGGAGGAGGTGGTGAGCTGGATGTTTTGTCTGTTTGGGCCAGAGAGGGGTCTCAGCAGGTCCCGATGGCTGTGCATCACAGCTTGACACAGCAGAAGTGGCCAAATTAAATCGGTAAGGGGAAGGTATTGATTTCTTAGGGAAGAACAGGTGTACTACAGAACCGCATGGAGTAACTGGCAATTGCTAGCAATCTTCTTTAATAGATTAGCTATTAGTGGTTAAATTTTTCCATCATGTTAATTGTTAATATGGTTTCATTTGTATTTATATGAAGAAAGATGTGGATAACTATCTAAAGGGTGCCCTTTCCTGAGTCATTTGCAGGGGGTAAACACAGAGCTTGTGAAATGAAGCCATTCAGTTGGGAACAGAAGCCTGAGAGAAGCAGGCCACCATCTGACTGCGTGACTGTATAAGTGCTGAATGATGCAGAGGAAAGAGAAAGAGTGGTTGGGTTATACTATATATAACAAGGAAGGATAAAATACATCTGAAAGCTATAATTTCTCTCTGTTTTAAGGTAAAGAGAGAATTAGCAGGTGTCCTCATTTTTGAGTCGCATCCCAAAGCTGGAACAGTCTGTAAGTAAAAAGAGTCGTGTCGGATTTTCTTTATCTGTGGTATGAGCATTTGCATTATTAATGTTTAATTGACAAGAGAATAAACTTACATGCACTCCTCAAACTTGACTGGCAGTCAGTGTTCAAAACCTGGATATTAGGTGATAATTTAGTCTGCTACCCATTGCAGGGGCAGTAGCAAAATTAAGTTTGTATTCATGGTTGGATGTATACAATACCTGTGATTTGGATGAGTTCGTATCTGGAATTTTGGTTTGGTCCAATCTTTATTTAAAATGTAATTTAATGTTTTCTTTTTATTAAGAAGCCATCTTTCTGCACGAAAGAAAGGACTTAAAATTTATGCTATTTATACTAAAAGGTTTTACCAAATGAATGTCAAATTCACAGGTGCTAGATAATTGGGTTAAAACACTGTGTTTCTAGTGGGATCCAAGACTTTGTGTTGACTAGAAGTTGTTAGAGGGATACATTATGGTAGAGTAGTTGTTGCAATTGTCATAAAAAGGTAAAAGTAATTTTTGCATCACTGCAATAAAATAATTACTANNNNNNNNNNGTGAGCTTTCCAGTGCTGCTGTTACTTTGTGAAAATAATGCCAACGGTGTTTACAGTGAGAAAAAGCAGTTTCAGACAGCAGCTTTCTCAAGAGAAATAACTCCTCTGTTAACCAGAATCAATCACAGCAGAGCAATAAAAACCCAAAGAACAGGTGGATGTCGGGTGGTGGATGTCAGGTGCAGTGTCACATTCTACAGTTCTTGGAGGAGGTGGTGAGCTGGATGTTTTGTCTGTTTGGGCCAGAGAGGGGTCTCAGCAGGTCCCAATGGCTGTGCATCACAGCTTGACACAGCAGAAGTGGCCAAATTAAATCGGTAAGGGGAAGGTATTGATTTCTCAGGGAAGAACAGGTGTACTACAGAACCGCATGGAGTAACTGGCAATTGCTAGCAATCTTCTTTAATAGATTAGCTATTAGTGGTTAAATTTTTCCATCATGTTAATTGTTAATATGGTTTCATTTGTATTTATATGAAGAAAGATGTGGATAACTATCTAAAGGGTGCCCTTTCCTGAGTGATTTGCAGGGGGTAAACACAGAGCTTGTGAAATGAAGCCATTCAGTTGGGAACAGAAGCCTGAGAGAAGCAGGCCACCATCTGACTGCGTGACTGTATAAGTGCTGAATGATGCAGAGGAAAGAGAAAGAATGGTTGGGTTATATATAACATATATATAACAAGGAAGGATAAAATACATCTGAAAGCTGTAATTTCTCTCTGTTTTAAG
Seq C2 exon
GTAAAGAGAGAATTAGCAGGTGTCCTCATTTTTGAGTCGCATCCCAAAGCTGGAACAGTCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009357:ENSGALT00000015238:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0002724=cNMP_binding=PU(10.3=42.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]