GgaINT0049992 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011645 | CLASP1
Description
NA
Coordinates
chr7:27706085-27719470:-
Coord C1 exon
chr7:27719303-27719470
Coord A exon
chr7:27706189-27719302
Coord C2 exon
chr7:27706085-27706188
Length
13114 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGA
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
CAATGTTGTCTTTTGTGCAGACC
3' ss Score
6.87
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACCGGTTTGGACTCGGACAGTCAGGCAGGATGCCTGCTTCTGTGAATGCCATGCGAGTCCTGAGCACAAGCACAGATCTGGAGGCCGCTGTGGCTGATGCACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011645:ENSGALT00000019030:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]