GgaINT0055875 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr5:13144529-13153736:+
Coord C1 exon
chr5:13144529-13144807
Coord A exon
chr5:13144808-13153624
Coord C2 exon
chr5:13153625-13153736
Length
8817 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAGGT
5' ss Score
7.92
3' ss Seq
GATTTTGGTTATTTTTTCAGATG
3' ss Score
8.21
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCCAACTTGGTTTCGTTTGAAGCAGCTGAGAGACCTAATTATTTTCTTCAGTTGTCCTCCAGTAATACCCTTGTTCTTTCTAAATGGGAAAAAAGTGAAGAGTTTCACAACAAATCAACATTCATTATCCACAAGAATACGTGGCTTTCAGGATATAGTTCCTTTGAGTCATTTGCGAAACCGGGATACTTCATCCACATCTCAGTGTCTTCAGTTGAGCTTTTGAAGTACCATCATTCAGAGGAGTTCAGACTGTCAATACTTCTAGAACTTGTAG
Seq A exon
GTAGGTAATTAAATTTATATTTTACTAACAGCAGTCTGCTCCCTACGGAAATACAGGCCAAAAACTATTGGTGCTTTAAGAGGTGATGAAATTCCTTTTCCCCAGCATAACTGGAAGCTGTTGTAAATCTGTTTGTGACATTCTTCCTCAAAATCTTCTTTGAGCTCTGTAGTGAGGATGTGATTGTTTTCTTGTCATGAGTCATTAACTATCCTCATGACTTCACTGTATTTGCCAATGGTTTTGGATAGTAATATTTATTAGTGGGCCATATTTACTTTGTGGTTTGCAAGTAAATTCTTAAGGAACAGAAAATTTATTCGGTTGAATGATTTCATACAGAGAATAGAAAGAAATGAATACCTGTCTAAAAGGTAAGGTCTGTGCATGATGTTTTTATCTTCTTTCCCTCTGATAGTCACCGAAAGAGTTTTCAGTACAGTGAGTTCTCATTGCAAACTTTGTGGCAGCCATATTAGAGGTCATGCCATCCAATGTGAAAGACACTGCCTGAAGATTGCATTCCTCAAATCCTGCATTTCCCCTGAAAAGCAACTTTAGCTTTACTCAGGTTCCCACTCTCAAAAGCTCTGCCTTTTCAGATATTAACTGTTAGCATTTCAAGTGCAGTGGACATAGGGGCCTCTTCTTGGGGATCTAGTTGTCTGTTCCCCTAAAGTTTATTGGACTGCTACAGCTCCTGAATATGCAATGGAGATTGCTGTGAGACTTTAGTCTCTACCTTCTGGAGAGAATCCTATTCCTATAACTGTAGTCACATTCCACTGAAGTGTAAAGATCAGAACTGTAGGCAACATTTTTAGGACCCTTTGTAGTAGCTGGATGCAGAAGTTGCTCCAGTAAGAACCAGTGACTAATGCCATACATTTAGAAGTCAATAATGATCAAACTCTGCTATTTTTAGATTAGTAAGGAAAAACATACTCTTAAACTCTAGAGAACCATGTACTTGAAGTGAAGGTGGTGTTAAAGATCAAGAGTGAGACACAGGAATTTATATTGTCCTGTAAAGCAAAAACACAGCAGATCATCTATAAAACTATCATTTGCTTTATTGTCGGTTTGGGTTGATACATCAGATATTTTTATTGTATCTATATGACTTTATTTATGAACCTCGATATCAACTACTAATTGCTGGATCCACTGGCCTTTATGTGGTATGTAAAGTTCTCAAATCATCACAACTATTATTTTTATGTTCTAATGCTTTCTATTTTGTTGCAACTTTAAATGTAATGGCAATTAGTTTGTTGGGATAGCAGAAGTATTTTAAAGGTGTTCTTGGTAATAGGGCTTTTTTAAATCAGTTCATCATTCTCTGAAATCAAAACTGTTTTAGAAAAAAACAAAGAACAGAAGTGAAATATTTTAAGAAATGAATCATTGCCTGGCTGTGTTTTATAGTGATCAGTTTGAATCTCTTGGCACAGGCAAATCTGAAGCAAGCACTGACTTCTGTGACAGAAGAGGCCAACTGTATGCCTCATGGAGCTTCTTGTTATCAAAACATTGAATTAAAGTGTTAATGGTAGCATTGTGAATCTGCCGCTGTTTTGTGGTGCATTATGATGACAGCCTAATGCAGCTGTTGACTGGCACACTCCAACTTCTGAAAAAATGACAGATTTTGTCATTGCCAAATGCCTGTCGTCTCTTGACAAATGCTTGTAATTGCAGAGCTGTTGAGGTTTTTGAACAGCAGAGCTGAGCCTGTTACTGAGACATTCGTACAACATTTAAAGCAAAGAACTTTTTTTGGATGTACCAAAAATATCTCCTTTAGTCTTTTATCTCTGAGACAGGAATGAAGAAGGTTAAGACATGTTCCAATTCTCAGTGGTCATCCATTAACCCAGAGTGGTATATCTTTTCAAGTGTGAAGTCTTTACCATTCAGTCGTTATAGCAAAAAATCTTATCTATGCCAGTGGAAAACTAAAACAATTCACCTCAGCAAGTGGGATCAGATCAAATGATCAAGAGGCATTTCATTAATCACCACATCCGAGGGCTTGGGTTTCAGAATTTTATAAGCAGAGAAACACAGGGCTTGAATCTTTCTCCAGTGTACGTTCACAAGGCCCAGGCTGCTGATGTAGGGTAATTACGTGGTCTAAAAATACAGCAGCATTTGTTTTAGTTAATGGAAAAGTTACACCAGCTCCAGAGTGCGCAGGCAAAGGCATATTGGGTTTCCTGCTGACTATTGTAAATGCTTTGCATATTAGATCAGAAACTCTTGAACTGGGGACAGCTATTCCTCTGGAATCAGAGGATAAGTATCGGGAGCAGAATAATAGGCCCAGTAAATCCCCTTGGCCAGAAAGTTCCTCATGAGACTTCTTCATGCACTGTGACGCACATTCAAAAGGAAGAATTTTAAATGACATGATCGTCACAGCAATAGATACATGGTCATTGAAAGTCAGCTGATGAGTCACTTTTTTCAGTTTCATAGCAATAAATGCTGTCACTATAAATTAGGCAGACAAGATGGGCTAAAACTGGAAAGTGTTTTCTAGGTATAGTCAATTCAGTTTTTAAATTGAGGAGTTTTCATTATAATCAGATTTCTTCGACCTCCTCTTCCCACAAACATTTGAGAGTTTGAGTTGATAACTGAATGTGACTATCTAGAGTATGTGTATTCACAAGAAAATACACTTTACCTTTTATGCAGGGTTTTTTTAACCACCAATGAATTGTTACACATTCAGCTGGAAGAATACACTTAGTCTTAGCAGATGAACAGAGACAGAAATGTTGTGTAAGAGCTGTCAATTCACATTTGAAATTAGTAAAGGAAGTTAGGAGGAAGTAGGAAACTGATGTTTTTACACATATACCTGTAGTTTCCTTACCTTTTTTTAATCATATGCTCAAGCTAGTTGACTTTTGCCATTCATAGAGTGCTAATAACATACGTTACATTTTAATATCACCGTGGGTTAATGTTATAAAAATGTGAGTTGTTTTACATAAATTCTGTGGCAAAGTTCTTAGTAATGTTAGCTATGTGCTCTAGAAACTAAGTTGGTATAAATAAAGGCCTGTCTCAGAGAATTTTCAGCGAAAATTAAAATCTCAAGATGTAGGTGGGTATATTGCGCACTGCACACAGGTATCTATCAGTGCTTGTGCTTGACACAGGACCTTTTGGTTCTTTTTAGTATTTGTATCTTAGCTGAAGTATTCAGAAATTGTGCAAAACTGGAAATGAAAATATACTTTTTTTTAGCAAAAGCCTCTTCCATCTTAAGTCAGGTTTTATATATAACATAGTTTAGTGGCTTAACTTCAACTTAGTCTTACCCATTTCCATCAATAGAATTTTTTTTTAATCTGTCCTGTTTTACTTAAAAGCAATGCATTATAATTTTAGTTTGAGCTCAAATGCTTTACCAGTCCCAAAGATCATGACCTGGGCTTGGTACTGGATAATGCTGAGCAACTCTTGTTGTACCTGCAAATTCCAGCTATGTCCATTAACACACCTTCTACATAGCTCTTGGAATTGAAGTTCCCACATAATTATAACATCTTTCTTTCTTACACCATGAACACAAACATTTGACGACCTGGCTTTTGAGTGAGTAAATAGGAGGAGATCAGATAATTATGTTAACAGGATTATATTAATCTAACAATATAATAGTAAACTAAAGCTTAAGTGTATTTGAGGGATAGGGTATTATATTTTGCTTTCAATTATGTTTTTGCTAGGCACAGAGTTCCTTTCTTTCTGTGATATTTCCTTACATTTCTCATTGCAGAAACTTGAAAGTCATGAGCAGAGTTTGTTGGTAGTTTGTATGTGTTAAGTGGCTAGATAGGATTTCATGTTTCTAAACTTGTAGCTGAGGAGATTGGCAATCTGAGTTACTAAGCAGAGTTTTGCTGCTGTTATAAATAGAGGTAACTCTGAATCAGATTTTCTTCCTTCCAAATTATTTGAAATCTTCTGAGAAAAACAACAACAAAAAAAGATGAGAATGAAAGTTTAAATATTTTATTTTCTCATGTTTTTAAAAACTTTTATTCTGAATCCAACATTTATAGTTCAAATTTTAGGTTCCCTCCCTTTTTTCTAAAGTAAATTGAAATTTTTTTAGTATAGCAGAAATTACAATTATCAAAATTCTGATAGTGGCAAATGTTGTCTTTGTGGTAGAAGTCAATATAAAAAATGGCAGGATGGACTTGTGAACTAGTAGGTATTCTCAAAACACACAAAAACTGTGGCCAGGGTGGTTGTAACTCAACATCACTAGCAGACTGTGGATTTATGAAAAATAACATTCTTCATTAGATCAGAGAATCATAGAATGGCTTGGGTTGGAAAGGCACCTCAAGGATCATCAAGCTCCACCCCCCCCTGCTGCATGCACGGCTGCCAACCTCCATATCTAATACTAGACCATGCTGTCCAGGGCCCCATCCAACCTGGTCTTGAATGCCTTCAGGGATGGGGCATCTACAACCTCTCTGGGCAGTCTGTTCCAGCACCTCACCCACTGTCTTGGTAAAGAACTTCCCCCTGACATCCAATCTGTGTCTTCCCTCCCTCAACTTAAAAACCATTTCTCCTTGTCCTGCTATTATCATCTACCCTTGTAAAAAGTTGACTCCCCTCGTGTTTGTAGGTACTGGAAGGCTGCAATGAGGTTGCCCTGCAGCCTTCTCTTCTCCAGGCTGAACAAGCCCAGCTCCCTCAGCCTGTCTTTGTAGGGGAGGTGCTCCAGCCCTCAGATCATCTTTGTGGACCTCCTCTGGACCCTCTCTAACAGCTCCAGATAGTAGTTGCTGTTCTTATTACCAGAGAACTGAATTTGAAAACCAGAAGGAATGAAGATCCTAAATGCTTCTCTGATGCCCAAGGAAGTGAAAAAATTATGTATAGGTTTGGGAAGTATTTTTTTAATAAATTATTTGGTGTGTACCTGTACTGATATGAAAGCTTTCTACAATGCCATAACATGTTTATATGTTTAGCTCCTATTAGACAAAATAACTGAGGGCATATTAAGTGGAATGATTGCCATCCAAGGTATACTTTACCATTTTATTAAGGATTTGCTATGTCACCAAATAGAAGATAGACTTCACTGGGATGCACACGGTTATTTTCAAATGACATGACAAATCCTTTTGAGGAGCAATGTCTGATATAAGAACCTTGACTCATTATCTGTAAACTGTGTATCATTCTTTTGTGTGAGTGAACTGTACACAGAGTACAGTAAGCTCCTATTACTGTTTGCTGATGGGGGAATTTAACAAGTATAAAAATGGGAAGCATGTGTTGGAGGTGGCTGATTAGCTTCCTGGGTAGCATAAGGCCTTCATGCCATTACACTGGTGAAATCTCATCAGTAATCACTATTACTGAGCTACGGTACTTTCTGTAATTGGAATAGCAGCACTCTAGGTCTGACTGGCATGAAAGTTAATGTCTAAAATCAGTAGAGAGAGAAAGGTGTGTTTCCTTTAGGGATCGAGAGAGATTTAAATGGTTTTAGAGCATATTTTTGTCATTCTTCCTTATGCCCTAATGATAGTGTGTATTAAGATCATAATTTATATGCAAAGGTAGCGAAAAGAAGCAAATATATATATATATATTAGCTAGGTTTAGTAATACTTGATTAATCTCTTGACTTGGTCTTGAGATCATTGTAGTTCAGAACAAGGTTCTGTGCCTGTTTAAATTCCCCTTTACTTTCTGCCAAATCTCCATTCAGTATAAGCTTTTCAAGCAGGAACTATTTTTTAATTTTATTATTATTTTTGTGGTGACTATCACAGTTCATCAGCTTCGTCTTTGAGCTGCTTAGGGATTTCAGAAGTGATGCTGCCAACAGTGAAAAGTTAAAATATGATGAACGATTAAACTGAAATTTGCATAGTGCTGTAAAGGTATTTTCTTATAGTTAATATTAAAGCATATATTTCACTATATTTGACAGATTTACTGAGATGTCTCAAAAATTTTCAGTACACTGGAAATCAATTCATGGAATATATTCAAATCTTACTGTGGTGATCTGGGCTTTTATGCAATTTACATGCTACAAAAAAAAAAAAACCAACCAAATACGACTTGGCATGTCATGTTCAATTCCTTTGCATCTACAGACTAGAAAATTAAATGTCCATCTACAGCTCTCCTTAGAAAACAGTTCCCATGACAAGGTTCCCAATTTCATCTGTTGTCTGTCTTATGTTCTGCAGAAAAGCATGATTTTGTTAGTTCTTTGCAGGAAGTGGCATTCAGGAACAACAAATTATGTGCAAGTTCTCTCTGTTTTCTCCCAAGTCATGCAGCACCTGCAAACTCCGTGAACTTAATCTGCAGGAATACTTGAGGGAAATGTGGCCATTGTTTCATAAAAGTCTAAACTCATGTAAAAAATAGGAAAAAGTATATAAATTCCATGCTTACAAGTGTTAATTCAAGATCACTCTTCTGTTAAACTCAGAAACTGACATTCTTCATGAGGTTTATGTGTGTTCTCTACAAAGATTGTGTCTTTGTTTGGATCTTTTTTTTTACTGTTAATAGTGAGGCTTATGGCATGAGTTAGAAGTTATGGGTCTGGCTGTGTACTTAGCTTTGGGTAGTCTGATGAATGAGACTTCTTAGGTTGCACTAGAATATTCTGTGAATGCTGGTCCATATTAGGGTGATGATCACCTGTTCCAGTAAATCTCGGATATATTGTCTTTTTGTCATACATCCTCTTCATGTGTCATTAAACCTTTTCACTTTGACCTCCCTTTTTATATGTCTGTCAGCAAAATGTACAGAAATAATTCCCTTCCTTCATTAAATATATGTAATTTAAGTTGGTTGCACTAGAAGGGCTCAAAGATTAATTCAGTGAAGTGTACTTAGTTTTATATAAGAATGTAATTATATAAATGCATTTGTTACTGTCACTGAAGTCGTGTTTTTGAAAATGGTGACAGTTCAAATCCTTGGATAGAACACCACTGTTGAAAGGATAACACTAGATGGCAACATGCACACTCTTCAACTGTAAGAAGGATGTAGGCAGCTGAGTTTGAGTTATATGTCAGTTTTAAGAGAATTATTTTTACTAAGAAGAAAGATATTCATGGTTAATAATGGCAGAAAACTAGCTACCTATGAGTGCAGATGTCCTAAATTTGCAGGGAAAAAGCAATTTCTTAGGATCTGCAGGGAAGAATGTCTTCAGAAAGATGTAAAAGGGCTAGCCTCTTTGCATAATAAAGATACACAAAACGTAAAAGCGAAAGGACTTAAGAAGACGGAAAGTGGAAATTCTTCGTAAGCAGTAATCATTTTCTTTCTGATCATTAACATAAACATTGTTCAAGTGCGGTTGGTCTTCATAGACTCTTAACCATATAGGTCTAAAATTGGTCTTACTACTGTTGTATATTATGGTAGTGGTCTCCTCTATGTGTAGATGTAAGGGAACTTTTGCTGCCTTGCCTTGGCTGCTACAGGACAGGGCTGTGGTGAGTTGTAGTTCAGGCACCGAAATCAGATGGGTTGCTTAAGCCACACAGACTTGGAAGAGCCTCTTGGCTATGCATCTAGCATAGACGTGGGAGCCATTCTGTGCACAGATGGGACATGGTTGTGGTGAAAAAGAAGACATGGCATTTGAACGTGCAAGTGTGTACACCCATGTTTGTTATCCATACGATTACCAAGAATTCTCTTCCCTAAAGTTTTATATTCAATCTGTAACTGAGTGCTTATTTTTCTCCTTTACATTCACTCTGAATAAATTAACGAGCATTAGAACTGTAGCTGATCCTTCTATTTATTTCCACTTTGAAGTTGAACTCCTTCTCTATCTAAACTTGTGCTTTGAGTTTCAGTTATCTGGGCTTGAAGCATTTCAGAAAACACTATTTTCCTGCCTTAGATATGCTGAAGGCAAGTTGGGTAGTTGCATGTGATTTTTTGGGGGGGAGTTGTTTTTTGGTTTTTTTTCATTTGTCATAGTGTTTGATTTTTTAAGTATTTTGTTTGGAGAAATGTTTTCATTTTTTTCAAATGTGATCATGTCTGAGTTGCTTTCATCATTGTAGGAGCAGTTAGGCATTTCAAGAAAACAATTTGAACCTCACAACATTTCAAGTCTGAAATTCTATCTTACACTCCTTTTGAGAAGATGGGATGTGAAGAGACATTGTGGTAAAGAGCCTAAATTGGCCTCATACTAGATTATTTTATTGGGTTTGTTGTTTGCTTTGGTTTTAAAAATGCAGTTGCATCATATAGGTTATGTACCTTCTATCACCTGATCTTACACAGCGGTCAAACAACTTCTATGATACACAGTGTTAGTGCATTGGTGTGATACTGGTGCTTTTAGTTTTGATTGTAATAGCAATAATTGTTCAGAATCTTAATTTTTCATCTTATTTGAATAACTCAAAATACAGACTTATTGTTGACACAGTTTTTAAAACATAAGAAAGCAGCTCTGACTTACCTGGCTTTATTTTCAAGGGATTGTAATATACAGTAAATGTGAAAAATTCAGTGGCATTTTTTATAACTGCTAAGAACAAAACAGGCTGCCGAGTACTCTGTACTGTGCATAAAAATAAACTGTTCATTTTAAAAAGACCTTCACAGTTTGAAAAACACTACTACTAATTTTGTTCGTAAAGAATGCTGGTAGAAACAGTGAGTGTTCTAGAGCTGCAGTGAACTTCAGCTATCTTTCTCGGTGCCGTGTGTGTTTTTCTAGAAATAAATGAGATTAACAGATTTTGGTTATTTTTTCAG
Seq C2 exon
ATGTAAAATTTCTATCACGTTCTGCATGTGAATGGCATTATGATGCCTGTGCAAGCCCTTGTTTCAAAACCTGCAGGGATCCTTTGGGAAAAAACTGTCAGACAGTACCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006208:ENSGALT00000010023:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF052708=AbfB=PD(76.7=97.9)
A:
NA
C2:
PF0182612=TIL=PU(50.0=73.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]