GgaINT0058195 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000005716 | SBF2
Description
SET binding factor 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2135]
Coordinates
chr5:8573958-8595971:+
Coord C1 exon
chr5:8573958-8574107
Coord A exon
chr5:8574108-8595902
Coord C2 exon
chr5:8595903-8595971
Length
21795 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
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3' ss Seq
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3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GATTGCTCGTCATCAGAAGAATATAGTGTTGCTGCAGCCTTGCTACCCCTGACAACTGCTTTCTATAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000005716:ENSGALT00000009170:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF123353=SBF2=FE(9.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]