MmuINT0139033 @ mm9
Intron Retention
Gene
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Description
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Seq C2 exon
GATTGTTCAAGTTTAGAAGAATATAACATCGCTGCAGCATTACTCCCCCTGACCAGTGCTTTCTATAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038371-Sbf2:NM_177324:16
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF123353=SBF2=FE(21.8=100)
A:
NA
C2:
PF123353=SBF2=FE(9.8=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: