GgaINT0066273 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015630 | EDIL3
Description
EGF-like repeats and discoidin I-like domains 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:3173]
Coordinates
chrZ:62203585-62240663:+
Coord C1 exon
chrZ:62203585-62203769
Coord A exon
chrZ:62203770-62240507
Coord C2 exon
chrZ:62240508-62240663
Length
36738 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
CTGTGTTATGTTTTGTTTAGGTT
3' ss Score
10
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015630:ENSGALT00000025199:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0075420=F5_F8_type_C=PU(32.1=72.6)
A:
NA
C2:
PF0075420=F5_F8_type_C=FE(36.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]