GgaINT0070618 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr4:34412975-34432242:-
Coord C1 exon
chr4:34432203-34432242
Coord A exon
chr4:34413016-34432202
Coord C2 exon
chr4:34412975-34413015
Length
19187 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGA
5' ss Score
9.21
3' ss Seq
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4.75
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CCAAGGACCTTTGTCATCCATAAGAGCAGCAATCAAGAGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000023360:ENSGALT00000038482:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.756
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]