GgaINT0078131 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016341 | CSMD1
Description
CUB and Sushi multiple domains 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14026]
Coordinates
chr3:89562540-89575313:+
Coord C1 exon
chr3:89562540-89562728
Coord A exon
chr3:89562729-89575143
Coord C2 exon
chr3:89575144-89575313
Length
12415 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAGGT
5' ss Score
6.86
3' ss Seq
TGTCTGTCTGTTTTCTTTAGCTG
3' ss Score
9.78
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGAATGTGGAGCAACTGTCTCTGGAAATGAAGGAACATTGTTGTCTCCAAATTTTCCATCTAACTATGACAACAACCATGAATGTATCTATAAAATTGAAACAGAGGCTGGAAAAGGGATCCATCTTAGAGCAAGGAGTTTTCAGCTGCACGAGGGAGACATTATTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016341:ENSGALT00000026359:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.018
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=87.5)
A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=PU(50.9=94.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]