GgaINT0078134 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016341 | CSMD1
Description
CUB and Sushi multiple domains 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14026]
Coordinates
chr3:89587526-89591594:+
Coord C1 exon
chr3:89587526-89587717
Coord A exon
chr3:89587718-89591467
Coord C2 exon
chr3:89591468-89591594
Length
3750 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAATA
5' ss Score
6.84
3' ss Seq
AATCCTTGTGTATTTTGTAGCTG
3' ss Score
7.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTTGACCTAGTCAAGTGTGAAGATCCTGGCATACCGAATTATGGCTACAAGATCCGAGATGAAGGACATTTCATAGACACTGTCATTTTATACAGCTGTAATCCTGGCTATACAATGCATGGCAGTGGCATTATGACTTGCTTAAGTGGAGATAGGAGAGTCTGGGACAAACCCCTGCCTACTTGCATAG
Seq A exon
GTAATATGGTTTGTTGTAGTGAAATATCTTTCTGGTATTTCAGGAAAAAAAAAAAAACTTTCTCTACTCTGTATGATAATGATGAATCTATAAAAACTTTAAATTCTTTAAATTTCAAGTAACAACTTATCATGGATAATCAAATACAACTTTTCTGGTTCTTTAATAGCTTGCTATGTAGTAGTGGCAGAAAACCGTCGGGCAACACTTCTGTCACCAGGCCAGTTTTTAATGAAAGACTGCTGCTTTTTATGCTGAGGCTGTACAGTGCTGAATCAAGTCTCTAAAACTGTTTCATTATAACCACCACAAATGTTAGGGAAGTACTGGGTGAGACAAAGAAAACATCTGAACACCAGTATAGCTATTGTCCATTAGTACCTTTGTTAGGCAGTTTTTCTTCTCCAGTTCAGGTTTCCAGTCTACCAATTACCAGTGACTTTCTGAGTTCAGGTTTCCAGATGGTGTTCCCATGAGTCCTCGAGAAAGTCTTTCTTTTTTGTGTGCTTTCTAATGCTTACCTTTTGAATCTGATACCTGATACAGGTAAGCTACTGACTACTTCCAGCAAACTCAGCTGACTTGCAGGATCCTTGCTCATTGACCCTTTCCAGCATTGTGTGCCACATTTTCAATTCCAGGAGCTGCGTCTTTCTGGATACATTCACAGACCTGCAGTTTGAAAAAGAGCAGGCTTTCTTTCCTTTCAGAATTTTAGCTAACCCAGAGGATAACTGCCAGAAAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAACATCAATGAAGAGCATTTCTGCTCTTGGTAGAGATGCTATTATTTGTACTAGGTTCTGGAACTGTTAATGTATACATGCTTATATATATATAAATTATAAATATATGTATATATATACACACACGTATGTGTGACAGTTCAAAATAACTTTCAAGTTTGAATCAAAAGACGTTCCTGGCTTCTTATACATTTAAGTTCTCAAGTTTTTCAATTTGAGTGGCATCCTTTTCATCAGTGTTTGACCTTTTTAAGAGAGGACTCTTAATTTGTCCTACCTTTGTCTATCTCCCCATTTAATTTAAATTAAATAGTTACTCTAAGTTTGTTTTCTGGAGTCTTTTCTTGTGTTCATTTTCACCAACAACTACGAACCTGAATCAGTTTCAAATTTAGTAAGCAAATAAATTCATTAGTCTACCCAATTCCCTTCCTTAGATTGATGATTTGTCTTTTAATCTATATTTGGGATGTTGAAATATCCCATATCATTACCTTTATTTCCACTTTTCTTGATATTATTCTTTTCTTGATTATACTTTTAAGCTTGAATATCCGACTTATCATTGCTACTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCATTACACCTCTGCTTTGTACTTTGTATTCCTAGATATTTCTTTATGGTATTTTGTTGCAAAGACTTTGGAATAGTTTGTGAAAAAAATCTTTCTTAAGTGTCTAGCTTCCTAGCTACATGGATGGCCATTAAATACTGATCGTTCTCTCCGAAAGTCTTCTAAAAGTGGATCTTTCTAGAATGCCTTTCTCATCAGTCTATTAAATTCATTAAATTATTACCTTTCTTTCTACTGTCCTGTGTGAAGAAAAATTCATCATGAAGATTCCTGGAAATTCAGATAGGCTTCTGCAGGTCATTTCAGTCCATTTACTTATTTATTTGATTGTATGTTCATTTCTTTATTTAATGAGGGGTATATATGTGATCTTTTCTTTCTTCAATTTTGTGCCATGCTGTTTTCTTTTTCTTCTTTTATTTGACTGGCTTACTTTTCATCTTTTTGCTTAAGTTCTCATGAACTTCGAATGATCTCTCTTCGAATGACCTAGGCACACTTCCATGTTTGTGCAGATCCCTTTCTTTCTTCCTTCTGTATCTTAGGTCAACATTTGTTGTTTACTGTTGGCTTCAGTAACATTTACGTTCATAATTGGCTTTACAGTGATTCCAGCCCATATACATAGTCAACATTTTCTACACCTTTTCATCTTTGATAATACACTGCTATATTGATTTAGCATTAGTTTTCATTTTCTAAGCGAAAAGGAAAAAAAAATCCTATAATTTGTACTCTAGGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTGCTAGTTCAATTCTGTTAGTTTTAGTTCTTTATATAATGCAGCATATTCTTTGATGTGGTGATTTTACTGTATGCTCATTTCTTTTCTGTATTTTTGTTCAGAATTGCTGTAGAAGATGTGCTATTCAGTTGCTTCTAAGTGTTGGTTGTTTTTTTGCTGATGGTGGTGTTGTTTTTTGTTTTTGTTAATTTTTCTTTTTCCCAGGTAAAATATAGAGTTTAAATAATTCTGATATCACTTGTTTATCTTCCAAATAAGTTCCTTGGTAAAGAAGTGTATCAATCATTTCTTTAGTTGCAGATTGCTGTCATGGCAAATATTACATTCTGAGGTTATATAATTAAAATTACTTGAAACCCTACAGAATAGATATATTTGAAAAAAAAAAAAATGTTTTAGAGTAGCTTTCTCCTGTGGTTCTCTTCACAATATGTTGTGTTGTGAGTGGCCAAAACAGCAGGATAGGTAAGTAAATCACTCACCTTTTTTCCTCTAAGTTTATTTTCCTGCCCTGTAACAATTTGGTTGTCAGCAGTGACTCAGTATTGGACTTACTATTTGTTAGGAGTTGTTGCTGGTAAATTATTTGGTCGCACTGTAATGTTTGTTTCATTGTCTGTGTCTTACATTGTGATAGACAGCTATGCTTGAGTTATTCTACCCTGTAGTGTTTTTTAGTGCCTCTACTAGTGAGGCAACTCTGTTTAGGGTAAATAAGATAGGACTTCAGAGGCATTACTTTATTTAACTGGTGAGACACTAATTCTTTTTCTTCAAAAGTGCCTTACTGTTACAGGGTGTTCCTTTTTCATTAGGGCACAGCTTTATAGTGACCACACAATGGCACATTACATTGCTAAACAAGCAAAGTCAGCATCATTTCATTTTGGATATTTTGCACTGCAATAGGTCTCTCCACAAATTTAAGATAGTTGTGATAATAAAAATGGTTAAAACCAGACATTTAATACTCTCAAATCATAGTTTTCTGTTTTATTCTCTTGCTTGGTGGGAATATGGCATTTAAATTTGTAAATATCTAAGTAAATTACTAGACAATACCTTACTGTAATTAAATGTAAATAAATTAAATTAAATTAAATGTACATAAAACCTAAATGTAATTAAACCTAAAGGTACAGAGAAGTAACTTCACACCTTTAAGCTGAAAGCAATTTGACATTAGAACAAGGAGAAAATGATTTTAATTAAAAAATGAAACTGTGTAAAATCTGTATTTCAGCATTCAGTGCTACTTAGGGAAGACAAACATTTGGTGACACATTTCTGAGACCTTCTAAAATTGTGACTGTAATCTTCATTTTGAAGTACTCTTCCTTGTAAAACATCTTAATCGCAGAAGTATGATTTATTGCTTTGCAACAAAGGAGGAATAAAATCACTATATGTGTATTTTTAATTTGTATAAATGTCCTAGTTCATTATATGCAGTATAATGCTACTTCAGAGATGTTATTATCTGTTACTTTTTAGAAGACATTAAAATGTTGAACAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAATGCAAAATATTATGGTCTTCAAATAATGGTAATAATGCAATCCTTGTGTATTTTGTAG
Seq C2 exon
CTGAATGTGGTGGTCGAATTCATGCTGCTACATCGGGGCGCATTTTGTCCCCAGGTTACCCGGCACCATATGACAATAATCTTCACTGTACCTGGATAATTGAAGCAGATCCAGGAAAGACAATAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016341:ENSGALT00000026359:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=87.7)
A:
NA
C2:
PF0043115=CUB=PU(37.4=93.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]