GgaINT0078181 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:R4GFS4]
Coordinates
chr3:89765788-89773257:+
Coord C1 exon
chr3:89765788-89765920
Coord A exon
chr3:89765921-89769564
Coord C2 exon
chr3:89769565-89773257
Length
3644 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTT
5' ss Score
7.51
3' ss Seq
TTTCTTGCCTTTTATTCCAGAAC
3' ss Score
9.26
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCCTTAAGTGCAGACACAGACCTTTCAAATCACTATTATGGTACAAACAGCAGTTCTGTTGCAGCTGCCATCCTGGTACCTTTCTTTGCTCTAATATTATCAGGGTTTGCATTTTACCTCTACAAACACAG
Seq A exon
GTATTTGTAAATGTTACTTATTTGGGATCTGAATATACTGTTTGTCTTAATTTTGATAACCATAAGTAAGTAGAGAATGCAACACTAAAGCTTTAAATAATATCTTTGTTCTAGAAAGGCAAACATTACTAAGTATTCCACCAAAGGGGGTCAGTGCAGAGAAGTTCTTAAAGGTGAATTAGAAAAATGAGTCACTGTATTGTGAAGCAAAAACCTATAAATTTTGTTTTGTTTGAATATCAGCTTGAAATCTCAGATCATGTTTATTCTTTCATTTTAATGCTCTATTAAATTAAATTTATCATAGATTCCCCCCCCCCCCCCCGCCCAAAAAAAAGAGAGACTACTTACAGTTCATGCTGAACAAGTTAGTAGGTACTACTAATATTGGCATGACTTTAGCATATATGAAACATGTATATATCAGTAGATAATAGAATAAATCTAGTCATTTTTCCTCAAATTAGGTTTAAAAGCAGATGTATGTAGCTAAAGTATATGTTGGCTAGAGCTTTCTGAGACAATTTTTGTTCTTTTTCTATTGACTTACAATATTCTCTGACAGCCTCACATTATTTGCAGTCTGCAAAATGCTGTTTAGCAGAAATACCGATTTAAACAACACATTCATAAACCTCCATTTATTATGATAACAGGAGTATTCTGAGATTTTATGAAATTGCAGAGACAAAGTGAAGTCCACTGTTGGCCTGTGATGGACTTGACAGTCTACCTAGCTCAGATGGTTAGATGACCTATGATGAAAAATTTTGCAAGGAGACATGAACTTGTTAACTCCAGTTAAAATGATACACGTCCAGAAATGAAATAGTATTTGTTGAAAAACAAAAACAAAACCAAACAACAAAAAAAAATTGATCAGGAAAAACTAAGAATTGTGCCTCAGAAGAAAGTTCCTGAAAGGTACCCTTTTCATGCCTGCGTTCTCAACTAGCTCCTCTAAGAAGAGGGAAGCTTATACAGAAGCACAAGGATGATGAACAGGCATTCATTCAGATAGGGTGAAGAAATGGAAAATAAAGGGAAGATTGCTCACACTTTGCTCTTAGAAAGGGGAGGAAAACTCGAAGTGAAATTTAATAAGACTGTACTGAGACCTATATGTATATTTTGCGGTTGTTCTATGAAGTGTTTTATGTTGGATGGGAGTAGAAGATATTTCCTCTTCTATTTGCTAGAAATAGACATATATATTTAAGAGAGCTAAAATTTTGTCTTTAGAAGAGTAGATTCCGTTACATCACAATTTTTAGAGAGGTTATTAGAAGGTGTCTTCAAGAAATTAACAAGTTTGTTACTCATGTAAAACAATTCGAGGTCACCTTTATCTTCTCTGAAAGAAAGGATGTTGCAAAGGAAAGAATAGAATCTATGACAGTTTTAATGATGCAGTAGCAATTATGCCCCTATAATCTATCTATATCAATGAATTTGAAAGTGTTCTTACAGAAAAATTTTACATATATTTCTGTTGTGCCTATGTCAGATTCATAAGAACTAATTAGAATCAGAGCTGTTAGAGCTTTTTTACATAGTTTCAGAACATTTTATCTATCATTTAGGGAGTGCCTCAGAAGAGAAGACAGCATCTTAGTCTCTCTAAACAAAATGAAAATATTAGGAATTATTTATGCTTAGGAAAACTCCTATGTTAAGATTTTTAAGCATGTTTTGTTACTCCTAAAATTAAAATATTGGGGAATAAAAGGTCAATAAATAAAATTAGATTAAAATTAAACATTAATTAAACTTACAATTAAAAATCAATAAATAAAAAGGTCAATAAAATTACAACAACTATTTGTAAGTTGTCAATTTCCATTACCAACATATTTCCAGTGAGAATTTTCCCTATCTGCTACCCAAAACAGAATCATTTTGTAGAAGAGTTTGATTTTCAGAACCCTCTTGAGAGTTTTATCTTGAGATTCTTTGCTAAATTGTTTAACATTAATTAAACACTAAGCATCTATTTTTTGTTCTCCTTCACTGACTTTCTTGCCCTATTTGTTATTGAAATTATGAAATTCTATGCTGAACCTCTTTTAGATTTTTCTTTATCTACTTCTGGACACTGAGAAATTTAGTCTTGAAGTAGCAAAGTACAGTATTTTATTAAATTTACTGTATCATTTTTCTCAACATATTGAGAAGTCTGAATATTTCTACTTCATTTTTCATTTAATTATTGGCTTAATATATTCTAACAGAACTTTGCATAAAAATATGAACATCCTTGAAGTACTGATATATTCTACATAGTGGTAAAATAATATCCAGAATAGAAGAGCGGTTCCTGAAAGATCATTATTTGAGTCCTTTGATATACAAGTGTCAAAATTACTGTAAATATTAGCTAGAATTTGGCCAATCAGATTACAGATGGACACTTCTTTGCTGAGGTGTCTAGTACTGTTTATTGCTGGACATATGTGTGGAGGTAAGCACGTATACTGTGGCAGACAACTGGAATAACCAAAATTAGTCACCCTTATCTGAAGGGTACTACCGTAACAGTGTACAATTTTCTGGACATTTACTGTCTATTATTGCCTCACTGAAGCTATGCTGGATGACTTTGCACTGATTTACATTTAGTAGTGTCAAGGGGACCTGTTACAGCATTTCACTGGTGCAACAGCAACTTCCTGTTCTGGAATGGTAATAAACTGCCAGTAACACGAAATTACTAAGCTGTTTCCACTGCTGAAAAGCACCTAGGTCAGTAAAGGGTATGAGTGTTTATCTAATCTAAAACCCAAGACACAATTGAAAGAATTAATTACGAGTTGCTTGCTTTTATTTTTCTCCATACATCTCGCCATCTACTCTATTCAAGTCTGTTAAATTGACTATTTGTATTGATTTATATCAGTACATTTATACAGATGGTCCAGTTGTCTTCATAAAAATATGGTAAAAACCAGCATGGGTAAAATCCCAAATGTCTGTGAAAGACAATTAAAATGTGCTTGTTTGTGAGAAAATTAAATTTATCAAGTAAAGATGCTATTGCAGTTTTGCCAGCAAAATGAACACTTTAGAAAGACCATTATGTGTATTTGGAAATTGGTAAGGTGTTAATTTAGTAAAATTGGAATAAGTGTTTCCACTTATGGAAAGATTCTTTTATTGTCAGAGTATAGCAATCTAAAAGTGAAAATGTCATCAGAAACCATCATAATTGTTGCTACTGACAGAAACAAAAACAAAAAATTCTAAATGTTATCAATTCTCAAAGGACTTTGTTCTCTTGCTGCACATTGCTTTCTTTCTGCCTGCCAATTTTGGCACTAACAGGCTATGAAGCTGTCATTCTCTTGACAGATTTTATACAGGGAAAATGCATACTTGTATTATGCCTATGTTGTCTCTGTGTTTTTGCGGTATTGGTTTGCCCATTAAGGATTTGTATTCTTCATGTTCTAAGAACAATTTCCCGACAGATCTATCTTACTTTTTAAGTCCTGGTAACATCCTTTATAGATCTCTCTTTATCTGTATTAGACAGAGCTGTGCAGCTTGTATTGATAGGATGAAAACATTAAAGATAAAATCTGCAGTAATAGTAGAGTTTTTATTTTTGTTGTTTACTAATGGCCATTTCTTGCCTTTTATTCCAG
Seq C2 exon
AACAAGACCAAAAGTACAGTACAATGGATATGCTGGACATGAAAACAGCAATGGACAGGCTTCATTTGAAAATCCTATGTATGACAGAAACTTAAAACCCACAGAGGCAAAGGCTGTGAGGTTTGATACAACTCTGAACACAGTTTGTACAGTGGTATAGCCTTCAGTGCCCAATATGACTGATTCATAGCCATACCTCTGATGGACAAGCAGTAATTCCTTTGGTGCCATATACCAGTTTCCCTTCTTCTCTTGGCTTTGCTGCTGTAATCTTTAACATCTTCTGTGAGCCTACATGCAGCTAAATTTTCTGGTAAAAATGTGTCAGTCTTCTGGGGATCAGACAAGGAATATTTTTTCACCTTAAGTTGGATTAAAATGCCTGGCTGCGTCTGCTTCAACTCAAGGCACACTTTAAGGAAGACTGCCAAGTCACATCAATTAATCATATTTAATGCCTCAGACTTTCATATTTGTATGTGGCTGGATGCCTTTCAATGCATTCTTCTGGGCACCTGGATAAATTCTTTGAGTACTGTGACAAATGATAGCACCACAGATTTTCCCCAAGAACAGGAATATTCTGAAGAAATAAAGCTCTCTTGAAGGAGAAGACAATCTTCCTTAAGGTTGCATACACCTGTGAATGCTTTACCATTGAAATCTTGCTAAAAGCAAAGAAACTTACAGTGTATCTCATACATAGGGCAGTTTGCCAATTTCCCAATCAGCCGTTATATTGCAAAATGTTAATGCACAATTTTTTTGCACTAGAGCGTTATGGATGACTGATTAAGATACTGGTACAAATATACAGGGTTTCTACTGCTCATTGTATATAGACATTCACTCACTTTTTGTCAAGCAAAACGTTCCACAATAAATTTTCTTGGAATATTAAATTATTAGCCCCATGCTTAGCACCAGTTAAAATCTTGTGCAAAAGAGGACAATGTATCTTTTGTCAAAGTTTGACTAAATTTATTTCTAACCGTGATTACAAGTGAATGGAGACTTTCAGCCAGAACAAGAGCCCATTTCTAAGAAATATTCATTGGCAGTACAATTGTTTTCTTCTGAAATCCGTCATCAATCACCAATTGTCAGTGTTATACTATTTAACAGCAGGGGGGTTAGCAGCTATTGCTGCTTGCCATGTACAAATGTGAATAGTAATTTATTTTAGATAGATCATAAAGCCTGTGAGCCAGTGCTCATAATACAGTCTTCCCTTTTGCATTTTTTTTTCATTCTGTCATATTCATGTCTGTAATATGACATCATTTTCTCATGTTACATGGAACTAAAACACATTATAGTAGCGTATCTATACTGAGTGCAAATTGTCTATATCAAGCTGTCATTCAGTTTCTACTTCAAGCAAAGAGAAATATTCAACCATCTCTTTGCTTTCTGGATGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTCCTGATTTTTAAACACACTGCTTATTGCTTTTGTACTCATTTTGAAATAAGAATTTTAACATTTCTAAATACAAATGGTCGAGTAAATCATTAACATTTTCTTAGAAGTTTTACTGAATGAAAACAAACAAAAAAAGATGCCAATAAGAAAATTAATTAAGTCTTAAAATTAGGAAGTTACAGAAGACAGTGAAATAAAATTTGATTTTATTCCTACACATTGAGCTCAGAAAAAGGAACTTGCATTGCTTTTCTATTAAATTCAAGTTTGAGTTTCTTTTTCTTAATCTTTGTACATTTCCAAGTGTCTTAATGTCCAGTTGCTCTGTAAAACTGGAGAAAAATATTTCTGAACTCCATGTGTGTGTGTGGGTCTGGCTGTTACACAGAACAAAAAGGAAATGTAAGTCTAATAACTGATTTTCAGGTCATGTGCAGAACAGAAAGAAAAATTCAAAGATAACCAACCCTTGGTCAGTTTAATGACTCTACATGTGTTAGGTGAAAGATACCAGCAATACAACACAGTATTGTAGGGCCTTCAGCTATTATATTCTTCTTATGAGCAAGAAACTGTGAAGTAAATTTAATAAATAATCCTTTTCAGTTAGTTCCTTGTTCATTTTTTAATAGTTCTTGGCTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTCTGGAGTAAGTTTCATTTATCTGTCATATCTCAGAGTCTTTCACCTTTCTTGAGAAAGAACAAAATCATCATATCAAAGTTTTTGTGATCTCACCCTACGTACAGGAAGCTACTCTGCAAATGAATATCTTCCTTAGAAACAGTGGGCCAGGGAGGGAAGCTGCTGTGTGATTAAAGTTTTTGGCAGGTGTTCAAAATCATTGCTACTGCTTTGGAAGTCTTTCTGCAGTGGTGATAGCAGAAAAGAAAAGAAAAGAGAAGAAAAGAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAGAGAAGAATATTGAAAAGAAGTGCAAAATTCTACCTAAGTAGTTACTATTGATATTTTCTGTGCAGTGTATTCTTAAGTGACCTATGTCATTATGACCACTGAGGAATGCACTGAAGGAAAGTTCACAGAAAGATAGTTGTTAAATTCTTTGGTCTTTTTATTCTATTTTTTATTTTTATGAGAGCACAGATTCTCTGCATTCTTTACCCAGTGATACATTTTTAGGAAGTTATTCAAGAATTGTTTTTCCTAACTGAGTGTTCTCTGATAAGAGATGCTCAGAGTTGGAGCACACTGACACGTTATCCCAAGAAGTTTATTTGGAGTACTGCTTAAACAGAAGCTTTAGACTTGAACCTGTAAAAGGAAAGAACCCCTGGTTCTATCAGTTCTATCCATGACCCTCAAATACCTCTCCTTCTCCATATGTTTGAGTCTTCTGTTCAGGTTGGATCTCTTTCTCCTGAAGTTGTTTTACAGAGGGCTGTGTATGGTGCTTCATCAGAATAAGACTCTTAATATGTTGTACGGTGGCCAGATAATGTCAGCCAGGAAATCTACTTTCTGAGATATATGCAGAAGACTTTTCCCCCAGTGTTGACCAGATCATTACGATGGGCTAATAAGACATGCTATCTATTTTTTTTTTTTAAACAGGTTATGTGCTTCAAAGCTGTTAAAAACTGCTGCTTGTATCACACATCTTGCCTTTCTCCAGGCTAGCTGCAATAATTTTTTTTCTTGTGTAAAATATTTTGTAAACAAATAAAGGCTGTTATTAAAAAAACAAAAACAAAAGAAAAAAAACAACACAACAAATAGGTGGGAGGGCGAGGGGGAGGGGGGGAATTGGGAAAGAACGCCGGCATTATGATCAAGTCAATCTAATTTTCATTCCCAGTACTTCATTCTGCCATTTCACTACATGCTGCTGTGACATGAAGTAGGTGCAAAAGAACTTTTTGTACAGAGATATATTTTTTATGAAGAATTTGTAAAATTATTAAATATGCTGTACTTTTTTGATTAATGTAGGTAAATTGTTAAAAATAAATGTTTTTACAATACAAAACAAATTGTAATTTTCCCAATAATGTAAAATTTACCATCTTTAGCAGATTTTCAGTTTGGATCCTATTACACATGTATTAATATTAAAGTGGCCTGTTAAAAATAAACAGTATTCTCTTTGGAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAATTATAAAAGATTGTAATATAGCCTGTGCAATTCCACCTACCTTGAAAGCAAACTCAGAGTTCTAATTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000027412:ENSGALT00000044629:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.217
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]