GgaINT0079932 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000016292 | COL21A1
Description
collagen, type XXI, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17025]
Coordinates
chr3:86670916-86685511:+
Coord C1 exon
chr3:86670916-86670969
Coord A exon
chr3:86670970-86685466
Coord C2 exon
chr3:86685467-86685511
Length
14497 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCTGTAAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016292:ENSGALT00000026273:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]