GgaINT0082227 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000008515 | ATL2
Description
NA
Coordinates
chr3:17385894-17391177:-
Coord C1 exon
chr3:17391106-17391177
Coord A exon
chr3:17386086-17391105
Coord C2 exon
chr3:17385894-17386085
Length
5020 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGG
5' ss Score
9.99
3' ss Seq
ACCTCTGATTGTTCCTGCAGATT
3' ss Score
11.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAACAGCTGAGGCAAACAATCTTGCTGCTGTGGCAGGAGCAAAAGACTTGTACAGTAAAGGCATGGAGCAG
Seq A exon
GTATGGTAAACTTTTTCTAACTGAATGTAAATCCAGGCCTTCTGTTTTAGCGTTGTTTGGTGTAGGTTAGGAGTGTGTTAATGGGGGGGGGGGGGGGGAAGTATCTTAGCCAGGATTAGTGTGCTGTCGGTTTCTTGCACTGAGGCTAGGTGTCTGATGCAGTGTATCTGGGATTCTTTGAGATAGGAATTGGTGGGGAGGTGTGGGAATGGGATTTCATAAGAAACCACCTGCAGATTCCTGCTGCTGCTCCTGACACATCTTAAGGATCTTGTAACATGAAATGGATGGGTAAGTGAGGAGAAGTGGTGTGTCGGGGCACATCTGAGGGTAGAGTTCTAGTGTAGTTTCACAGTTCTGAGTAGCGATTGTCTATTAGCTGTCAAATGTGTGGATTAAAATCCTTTTAAGCGAACCCTTGAAATATCAAAACTATGTATGCAATTTCCTACTTGCTTTTTCTCGTGAACTTAGTAGGTTACAGGTGGACTCCATAGTGTTACACAAGGTTNNNNNNNNNNTATGGGAGGCATGATGTGGGATGCAGTACTCCTGGCTGCTCTGACTAGCGTAAAATCAACTCTGAAGCTGATGTGCTCAGTGTCTTGCTGTTTACATGGTTGTATATTTCTTGCTCCATTTTCTTTTTTAGTAAGGCTTGATCCTGTGTGGTGCAGGGAGTGTGTATTCAACGGCAGTTTGAAAAAGAGTACATCCTAAAACTGAGTGTGAAACCTTGGCTGTTGAAAAGCAGTCTAATTCATGATGCAGTAGCCAGTCTGGGAACGGTTATGCAGGATGCTGTGGATATACTCTGCCTAATTGGAGAAAAGTGTTCCCTTGTCTGGATCTAAAGCTGAAATCGTGAACTCTGAGTTGGAAACCTGAGGGTTTTCACTTGGAGGAAATAGTTACTGAAGTAATAGCTGCCAGAGAGTCAAAAAAAAAGAAAAGTACTAGCCAAATTTCATAGTTCATTGGTGCTTGCGTGTTATGAAAGCTTGACAGTGGCTATTGAAAGAGAACCAATTTGATAGAGGTGAACAGCTTATTTTTAATACCAATAAAATCATGTTACTTGAAATGTTTTGTTAAAAAGTACTGCTTCAATTTGCTAAAACTGGAGATTATAGGAACTTCATGTTAGGCTTCTAAAATGTAAAGGGGTTTAAAGCACTAGGGATAAATGAGCAAGTGACAGATTTGTGTGGAGAAACTTGCTTAACTGAGAATTTAGCACTATGACAAAGTAATAATTCATGACCTTTGTCTTTATGTAATCCCTTTTCTTTCCCTCTCACTCATATGTGCTTAAGAAATAAGAAACCTTTTCGTTTTGATTCTAGGCTTACATTAAAATCTATCAAGGAGAGGAGCTACCTCATCCAAAGTCTATGCTGCAGGTATTTTGTTTTCTTTCAAATAAGATAGATGAGTGTTTCATAAGTGCTGGTCATGACCCTCGGGAATGTGAAGCTTCCACACACACATTTGTAGTTCTTGAAGGAACTGTGTTCTTTTGAAAGCAAATGAAGCAGGGGGCATTATTTTGTTTTTTAGCTGCTTCAATTTCAGGCATAAGTTTCCTTTAATAACTTGCTATTCTGTTAGTGTCTTTCAGACAGTATTCAGAGGGCTTTTAGTATCAGCTGTAGTAGACAAAATGGAGAAAGATTATAGTAGTGCAGCTAATACTACTGTCTCACAGTGTTGGGCTCCTAACAAACAAACATGTGCAACAAAGATCAGGTAACTACACTGAACTTTCCTTTGTGTTGATCTAAAGGGGGTGTAATCAGCTATAAAGTGACTTGAAGATGTAGTGATTGTATAAAGTTTGTGATGAACATTTAGATTTTGTGATGAAGAGTTTTCTTCAAAGTATAGACTCTAGAGCCAGATAAATATTACACACATGAAATGGTTAAAATTAAGACATTAAGACATGAAGGATGAGTAAATACCACAATAGTTGAGGAACCAATTTTTGAGACTTTGGGGGAGAGTGGGATGGTTGAGTAAACTTTTCATAATGAAACAAAGATGGTTACCATGTCCTCTAATTAACATGCTATAAATGTGGCTGAAAGGTAAAGAAGATGACATCTTGCAGTATGAGCTAGAATAACTGTCCCTGATGTGACACAGTTTGAAAGTAGTATAAGTTCTTACAGATTGACACCAAAACTGCACATAGATAATACAGAAATAATACCAGCTTGCAGCTTTCCTCACAGGCAGTGATGTATCAGGATTAATGTTTAATAGTTTAGAGATCCTTATTTGCTTTTTAACAGTAGAACATTCAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTATCCATCTGAGTCGGTGCTCTCTTCCCTTCAGCCGTTTAATTGCTCTCTAAGTTGATCTGAATCAACTGTCCTACATTACAGTCTAGGGAAGAACAGGCTAAAGATGCTGTCAGCAGCTAGTTCTTGTTAATTCGTATCACCTGGTAATTTCTCTGGAGCCTGCGAGTGGCAGCAATAAACAAGAAGTTACTGAGTGGGCAAAATCCACCCTGTTTGTCCAAATTCATTACTGAACCTCTCATTGGGGTGGGTGGTCTGAAGTAAGAAGCTGAGGGGAGGGCTTCAGAGTGCTATTAAACCTTTCTCTGCTTCTGGATGTTTCTTGTTTTGCCTCTTCATAACAGGAAATTGCATTATAATTGATGTCCTCTCCTTCTGGTCCTGCCTGAGGGGGGAGTACTGAAAGTATTCTGTCTTGTGCTGTGGCTTTGTATGTAATCAGACAGTTTAGGCATTTGCTGATCCATGATGCAGAGTACTTCTAGCTGATTCCCTTGGGATGGGACTCCAGACCTTACAGAGCCACGAAAATTGCAGGAGTCAGTCTGATACTGGTTTGAGGGGTAAGCAGCAAGGAGCAGGTTTGCTTTCTGTACAGGACAGGATGCTTTGTGCTGACACCACCTCTGATTGTTCCTGCAG
Seq C2 exon
ATTTGTGGAGGAGATAAGCCTTATATTGCCCCATCGGACCTTGAGCGAAAGCACCAGGATTTCAAAGAGTCAGCTGTCAAGCAGTTCTGCTCTGTGAAGAAGATGGGAGGGGAGGAGTTCTGTCGGCGCTACCAGGAACAGCTTGAGGCAGAAATCGACGAGATCTATGCAAACTTTGTGAAGCACAATGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000008515:ENSGALT00000013868:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF028419=GBP_C=FE(17.4=100)
A:
NA
C2:
PF028419=GBP_C=FE(47.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]