GgaINT0102640 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007928 | MLLT10
Description
NA
Coordinates
chr2:17877310-17884356:-
Coord C1 exon
chr2:17884335-17884356
Coord A exon
chr2:17877343-17884334
Coord C2 exon
chr2:17877310-17877342
Length
6992 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTGTGA
5' ss Score
-5.82
3' ss Seq
TTTTTCTCCTAACTCAAAAGCTT
3' ss Score
5.46
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATTAAAATGTACAACTTTGA
Seq A exon
GTGTGAACATTTTTCAGCATCTGGAGTCAATTTACTAGAGTACAGCATTCCTTGTAAGTCAAATGCAAGATAGCCATCAGTCTTTTAACTCCATAAAATCTGTTAAAGGTGACAGGAGAACATAAAAAGTGTGCGGGCGGGGGCAGGGAAAGATGAGGCTTGACTGTAAAAGTGGCCGTGCTTTGGTTTTTTTGTTTATTCTGCCTTGAAAGTTGTACTTTTCAGATCTTACAGACTTTCGGGTCTTTGAAAGAAAGCAAATGTAGCTGAAAACAAATAAGAGGTGTTTTTGCATCAGTTTTGTACTGCAAAGACTATCCAGTTCATGTAGTGAAACTTCTGTTGTAGTTGATTTTCCCAGTCGGAGGTGATAGCATTACAGTCAGGTTTTTAAAATCAGAAGGAATTGTACCCGGTGGTTAAGTATTACATTTATTAGATGTGAAGAGAAGAGCCCCAGTATCAGAAGTTAAATTGGGTGAAAGTTGTTTCAGGATTAAGATCAGAATGACTACCTTCTGTGTAAGAGGCTGATGTCCAGAGCCTGTAGTAGATTATCCTAATCCTTTCTGAGACCATAAAGTTTTAAAAGAAAATGCAGACAAAACTGAAAAACAAAGCCAGTCAGAACCCTAAATTAATACTGTAGTGTTAGGAAGACCAGATACCTTAAAATAATTGTGGTTTTAATTGAGAGTCTTTGAATGAAGACAAATCCATTAAGACTTGCAGTGGACAGAATCCTGCTTTGATGATCAGCATCTCCCAGAAGCTCTGCCCTGTTTTTAAACAGATAGACCAAGTATGTGATGATCAACTCCCTGTTTCCCTGTGCTTCCTTGTAATGCAGATAATTTATGTTACTCTTAACCAAGTTGCATGAGAGTGAAATGGCTAAGAGCTAAGCCTCTTGAAGGTCCCAATAGCATGTGCTGTTGTGTGGTACTGTGTGTGTAGTTTGGTATGATGCTGGGGCATGTATACTGCAGAAATTTTTGCTCTGTAGTGAAATACCGAGGCTGCTCTGAAAGTAATGCCTCCTATTTTATTATGTTGGCCTCTGATGTCAGAGGCGGATGTTGATGTTGGCATCTGACATGGAAGTGCGGATGAAGCAAAGGGGTGGAATTGAATTCCTCCATGCTGAAAAAAGATGGTACCCACTGATATTCGTTAACGCTTACTGAATGTTTATGGAAACTCAAGAGTAAACTTGAACACAGTGAGGTGATGGGTGGTACATTTCTACAGTGGTGGCAGTGATGTGAAAGACAAGCCATGTACCAGATGGGCATTCACAGCTGTTACACCACAAAAGGAAGAGCGTCTTTATCAGTTCATCCATGTGTATCAGCCAATTATGACCAGGAATCTGTGTAAGAAACTGAATATTAGCTTCACGGTGTTGAAAATGATGCTGGCAATGTTGAATTATCACAGAGTTTGCACCAGGTGGGTCTTGCGAATGCTCACACAGGAACAAAAGGTACAGCATGCACAAGTTTGTCAGGACTTGAACCACTGTGAGGCTGAAGGTGACAGTTTCTTGTATTGCATCATTACTGGTGGCGAAACATGGTGTTACCGTGATAAGCCAGAGTCAAAACAGCAGTCCGTAGAGCAGCAACATATGAATTCCTGTAGTGGTTTAACCCCAACAGGTGGCTCAGCACCACACAGTTGTTTACTCACGCTCCCACTTTCCAGCGGAATGGGGGAGAGAATAACAAAAAACAATGTAGAACTCGCTCATTGAGATAAATCTATTTACTGAGATAGAGGAAAGGAAAAGGATAGTAGGTATGACTATATGTATGTATATATATGAATGTATATAACGAGTAATGCACAAGCAATTGCTCACCACCCACCGACAGATGCCCATCTAGCTCCCAGCGAGAGGAAGAGAGCCGGATGGATTCCCACACTCTTCAGAACTGTCCTTCTGCATGATGTGCTTGATGTCATATGGTATGGAATATCCTTTTGGCCAGTTTAAGTCAGTTGTCCTGATTCCGTGCCCTTGCAGCCCTTCGTTAGTATGAGCTGAGAAACTGGAATGGCCTCGGTTCTGTCCAGCACTGCTTAGAATAACTTTAAACAACAGTGTGTTATAAACTTTGCTTTGTTTCTAGAAGAAAACCATAGCATCATACCAGACACTGAAAAAAACATCTCTGTTCCAGCTGAAACTTAGACAGTTCCCCACTGAAAAACAAGATGCAGCCCTCAGTGGTCAAAGGGATGTGTGCTGTCTTTTGTGATAGGGAAGAGATGGTCTTTCTGGATTTCCTGGAACACAGACAAACCATCAACTTTGCTATATTGCAATGCTGACTAAGTAGAACGTTCAAACTTGCAGTATCTGGCTGGAGAAGACAGTGTTTCTCTTGCAACAGGATAATGCCAGGCCCCATACCAGCTTGAAGGCCAGCGCACTGGCAGTCTTAGCTGGACTGTCCCTACCACACCCACTGAGTAGTCTGGATTTGGTACTGCAGAATCCAGTGTCTATCCAGACATAATAATTTGGCTTAGCCATACTGAGGGATAATATATTCCAGTGCATTTTAACTGTATGTCAGTTCCTGATGCTTTACAAATGTTACCTCATATAGGTGCTTAAAATCTGCAGGATCCTTGTGATGATTCATCTGGATGTGAGCTCATTTTCAGTAAAAGTCCCTAGCATAAATAAAATGCATGAAATTGTCTAGATAGACCAACAGTGTATTTCCAGAAGATTACTCAAATAAACCTTTCTTTCAGAAGCATTAGGCATGATTTCAAAAGTGCTGTAGGAGTTCTATATACAAGTATGCTGTGTGCAGGAAGTATACCATCAAAATACTTAGCAAAGTTTGTGTAAGAGCTCATGTGGTGGGAACACGAGAAATAGTAAGTGAAACAACTATCACGTACTGTTGGAAAAGTGCTTTATTTCCAGTCCTGATCTGGACTTCAGAGTGGAATTTTTGTCAGTTTGAACTGAACTGGGACTTAAGTAGTTTAGATGTAAACTCACTGCTTTGTATCACTCTTATTGTAGTTCTAATTTTTATTCAGCTTTTGATTAGAATTCATTTTTTGGTGTCAGATCTTGTAAATGACCTATGGTGTCTGCAAGAGGGCCGTAAGGACGATATGAGAAAAAAGGTGTTGATTTGAAAGTGGTCTCACTTGCCATATGTTTTTATGAGGAAAAATGTTTATGCAGCAGTGCAGTGTGCTTTATGAAAAATAAAAATAAATACATCCTGAGGAGATTTCTTGTTAGACTAAGTGACCTGAATTAACTAGAATTTTAAAATCCAGAACAGTGAAGTCTCTCTGGTCTCTAGAACTGTACAGCTCTGAGAATGTTAGTTCAGAACTGATTCATGAAAAGTGTAAATGGAGCTCAAGAATATCAGCACGGGTCTGAGGATTGTGCATGTGTAATCTTCTCATGTCATTTGTGCTTGACAGTGTGACTTGCTTTATACCTATTTCCCGTTGCTTATTCTGTGCATTTATGAGAAGATCTTCTTGATAGGAATGACTAGAAATTTCAAGTACATTCTCAAACCAAAAAGCTACCCATAAGTCATTAATATAGTTTGCTTTCATATGAAAATCCCAAATACAGGTTTAAAAGAAGAAAAAAGTTTGGGGTAACTGTCACAGATTAATTCCTAATCTGAAGGGTTCAGTGGTTCGTTAGGGGAAATAACATCCTTCTGGGGGACCTTTACTTTTGTATGCAAAAACAATTCTCTTAAGAGCAGTTAATTAGCAGTAAAAGGATGGCAACGCAGATTAATGTATTAGTATGCAGTCAGTTCTAATGTATTTTGAAAAGAATAAACTGGAAGTAGCAAAGTCTTCCTGACATTTTGAAGAGCATTGATTCTGAGGAATAATAGTTACGAGTTTTAAAGCAAGCAATAAAGTGAGGCTTTCAAAGGGAGGATTCAGCCATGACTGAGAAGAAAGTTCATAAGGGGGCAGAGATGGAAAATGGAGGAGTGAATTAAAGTTTTACGCGTACTTGCCAAAAACCTGTATGATTACTGTTCACCATTCCTAACCTTTTTTGGCATATCAGCATTTTGGAGTTCAATGGCTTGGCTGTGAACGCAGGAGAAAGCTGGGAGGCTGGGGTGGTTCTTCAGTGAGGGAAAGTCAGGGAGGGTAGCTGCCAGTACAGGCTGTTACACCAGGAGCCCTTTTTCATCTGCCCTCTGTTAATGTCTGGTCTGGGAGTAGTGTTAGAGGAACAGTTCTTCTGTTCTTAGAGCTTAGGGTGGGCTTTGTTCGTCATGTTGGACAGGAGGTACGGAGAGCGCTGATCTGGTGTTGGCCATGGCTGGATGTGGTCTGCATCGGGATGGTTTGTTTGAAAGGAATTAGGTTAAACAGAACCTGTTCTTGCTAGGATTCCTTACATCTCACCCGTAGGCTGAATATCAGTGACTGTTCTTCTCCTCCCTGTATTTGTCTAAATTTTTTGCTGCATTTATGCTGTTAATAACTGAAACATGACAAGTAAACTTGGTATCTGCGTGCGATAAGGAGGTAGAGTATCTTTCTATTTCCTATCAGGAATCTTAAGCATTAAAAAAAAAAAGAAAAAAGTTTCAAAGCAAAGATCAGAAGTGAATCTTTCTAGGACATACTTATTTCATTGTAACATGTGCTTATCATGAAGATCTCATTCTGATGAGCACTGTAAGAGGCTATTAAATTGTAATGTGTGTCCTGGAAATGGGACTGTTCTTTTAAGGATTTAGTACACTATGAATGTTAAAATAACTTTTTTTCCTGTGTTTAATAGTTGCAGTTGGAAGGAATTATACTGCAGCTTGTTTGTCTCACTTTGTCTTTAGTTATGTCTGTGAGTTGCCAGACAGCTACTTGTGTTAACCATAGTGCTGACTGGGTCTACGGAACTGTTTTGTCAGCTCTTCAACTGCATCTCTTCCTAATTTGTCCATAAAGTATGTGTCTTGTAGCAGTAA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Seq C2 exon
CTTTCTCGAAGTTGATGAATACCATACATAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007928:ENSGALT00000012873:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]