RnoINT0092920 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000022249 | Mllt10
Description
MLLT10, histone lysine methyltransferase DOT1L cofactor [Source:RGD Symbol;Acc:1310874]
Coordinates
chr17:84944667-84957070:+
Coord C1 exon
chr17:84944667-84944711
Coord A exon
chr17:84944712-84956891
Coord C2 exon
chr17:84956892-84957070
Length
12180 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTAGTAAGT
5' ss Score
8.78
3' ss Seq
TAAAATTTCTTTGGTTGCAGGTA
3' ss Score
8.54
Exon sequences
Seq C1 exon
AAATTTCCATGCAGTATCGACATGATGGAGCTTGTCCAACAACTA
Seq A exon
GTAAGTCGTCCAGCTGGGTTAGTAACCTGGGCTTTCGGGCTCTTAGTTCAGGACCTTTCTGTTATGTTAATGTGTATACCTTTGAGGGTCTAAGTTCTACTTTCCAAAATGCATTCGATTTTTATTGTGTAGATTTTTTTCTCTTACAAAGATGCCTTCGTATACTGCTTTTTCTCGTGCGTAGGATTGGTATTACAGTCAAATAGTGCAAATTTTAAGTATTATTGGTTTTTTACTATGGTACCTATGTTTTACAATTGTGATCTCTCCCATGGTGACATTCTGTTTTCAGTATTTGGCTGCCATTTTAGCCTTAATGTAGATACAATTTTTCAGTATTTGTACATCAGTTACCTTTGGTTTGGACATCTATATGTGTTGAAACTTATATTGAAGTTTAGAAGGTAAAAATAAAAGTTCTGTAAGGTTAGAAGGCATAATGAAATTTTGTTTTATATCTTTAGATTGTGCTTTAAGGTTGATTGTTACATCCTGTAGCGATACTATGTTGATACCATTTTTAAAGCAATTTTCAAAAATATATTACACTAAAGAAAGTGTCACTATTGAGACAGTGCACCTGGCATATTATCTCAGTTGCTAGGCCATGTGTTACTAAGTGAGATATGTAATATTTAGAGAGCTACACTGTGGAATAGTGAATAAAGCCTTGTGTTTTAATAGTTGAAGCCATAGGTCTGGGAGACGCACTGAGACTTTGTTAAGCTGATTCAGTCTGTGCCTGTGTTTTTCTCTGTGTTTGAGAATGATCTTAACCTGACGTCCTTTCTTCCTTACTTAAAAGCCTTCTCAGAGTTGCTGAATGCAATACACAATGGTAAGTTTTATTAGATCTTCTCTGCTGGTTCACTTATTGCAAACGTTGCCTTTTATCAAAAAGCTCAATTGAAAGTTAGCATGGTATATTGATTAGACAGAGTCTAGTGCTTCGGCGAGCCAGTGAGTTGTTCTGTAGCTCAGAGCTCTGTATCCTGTCTTTGGAGGTGCGGTCAGTCAGTCAGGTTCATCTGTCTGCCATTGTTTGTTTCTGAAAGTTCTGTGTTTGCAAATTAGTCTACTACTTTCTAGATCTTTCTCACTAATGTAATTATAGAAATTACAATAAAAAACAATAGAAACTTGATTTTAACCACAATGTGAGATGTGAATTTTGCTTTTTCATATAATTTTATTTTAAGACCTTTATTCCTGCATTTTATGTAGTGAATAAGTATTTGAAATTGTATTTATTTTGGGAGCAGCTTTCACACTATAGTTATATCTTCTGTTTGGAGTCCAAGTCAGCATATAAGGCAAATTCTGTCACTTTTCATTAACAGTATAATTATAATGCTGGTCATTATTGTGGAGTGTGAGAAGATTTCTTTAGTTTCCCCAACTTTTTTAATCCTTTTGCATTAATTTTTTTTTAAAATGATGTTCTATTTGTAAGTGTGCATGCATATACATTTTGAAGAGTGCATTCTCTCTCCCATAAGTGCCATGGATTAACTCAGTTTGGCGGTGAGTGCTTTTACCTGCTTTTTTCTTGTTCACCTTGAAAATATCTCTTCCCATTATTAGTACTATTAATGTGGGTTTTAGCAGGTGAGGTTGAGAGAGAAATACAAGTATTTCCTTCATCCTGTATTACAGAGAAAAGACGTGAATGAACCCTTTTTTTTTTAGCTGAAAATGCAAATGAAAAATGGATTTCCAGTAAATGTTTTTTAGTCTATGGTGACTTAACCCTTCAGATAAAAAATATGCCTGTCAATAGAGTAACTTGAAGTTTTGGTTTGTTGTGTATTGTTTAATGTTAAAGTCAGATTAACCATACTGCCATAGACATGTACCATTTTGTTTTCTTTTTTACTTAAAAAAGGTGTGTATATGTATGTGTGCACATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCTGTGTGTATGCACACATACACACGTACAGGAGATGGGCAGAGCGTGGTGTGTAGAGATGAGAGGGCCGTGTAGGCTGTAGCATTATCAGGGCTGTGCTGCAAGCACTCTTAACCACATTGTCATTTTGCTGCTTCTTAACTGGGGTGTGTGTGTCTTGTCTGTTAATATGTGCACACATGTACTGCAGGTATGTGTATTTGTGTTTGCTGGAAAGTTTCAGACTCCCTTTTTCACAGACTTCTGCTAAGTATGTACTAGTTCTTCTGTTGCACACTCTGATGTCAGGAAGACATGTTTTCTGTTCACTTACGTTCTCATCATTAAGATGAATAGCAGTGCTTTTCCTCACTATTACACAGCCAGTCCTAGGATCTTCTCTCTTTAGCACTGGAATACTGTCTCCTTTCCAGCTCTGTGAGATAGACTTGGGAAGTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGCCCCTGGGTCATAAGATAGACTTGGGAAGCACACACATGCTCCTGGGTCACACTGCTCGATTTATACAGAGGCTTCTAGTTGTCCTCCCTTCTGTTGTTAGCTGTTTTCCATAGATGGCACCATATATCAGGTTGAGGAAATTTGTTTACTCACTTGATCTCCTTGTTTTAGGTCACTCAGAATTCCTGTATTTCATGCTAGTTTTGTTCACTGTATATTTACTGACAGTTTTATTTCACACTAAGTACTTGGCCTGTAACTATGGAAATGCTATTCACAGTATTTTCATCCTAACATTCCATTACTCTTCATTCCATGCAACCTTTTGGGATTTTTTTTCCCCCTCTTCCTCCTCCTTCCCCTCCCCTCTACCCTCACCCTCTTCCTCCCATCCAGTCTCTGGTCCTCCCCCCCCCCCCCCCAGTGTAGTTAAGGATGACCCTGATACCATAAGTATTAGTTCTGCTTTTACTCTTCAAATGCTGGGATTATAGATGGGGGCTGTGCGTCTGGCTGTGTTTTCATTACCTCTGTTTCCTTCTTTATGATGCCTTCTGCATATGTGTTACGAGAAGACAGGATCAGATGTTGTAAGGCATATAATACTCTTAAATCATCAATTCTTGGCTTACATTCTTCTTGGTGGGGAGTCAAAACAATTGTTGTGATTTAGAGAGTGGTATCAGTATCTGAAATCCTTAGTTTTCACATAGAGAACACTTATTCTCAGTACAAGAATCTGTAAAATACAGAACCTTTTTCTTCAGGACTGAGGTCTGTCTCCTCTATTTGATAAATAAATATACATTAAGTTCTCTTCATATAAGATTATTATGCTTGGGGGGTGTATATAGAATAAATGCATCCTGCTTTGGTGGGATACAATTTAAACATGGGATACGTTTTTATTAGTAGCATTTTGAAGAAACCTCGTGAAGATTCATGATCTGTAATAGGGAAGAGTTCAGAGTGAAGGATACACAGTGCTGGGGACATAGCCTTTGTCCTGCCTGCTGAGAGCAGTTTGCTGTTTGGTACAGATGAGCAGACGTCATCCAGTTTCCGTACACATTTAGCACACGCAGTCCCGTCCCACTCGGGTGGGACGTGTCAGTCACTTTCTTGCTGCTTTGAGAAAACACCATAGCAAAAGGCAACTTTGGGAGGAAATGATTTATTTCAGCTTATAACTGTCAGATGCCAAGGTATCTTCCAGAAAAGTAAGGGCAGGCATTCAAGACACAAATGCAAAAACCATGTAAGAGCCCTTCTTATTGGCTTGCTCCTCCTGCTTGCTCAGCCTGTTTTCTATAGCACCTAGGAGTGCTAACCCAGGGGCTGTGCTGACCCAGAGGGACATTTCCTCAATTGAGGGTTTTCCTTCCCAGATGACTCTTATCTTTAGTCAAACTGACATAAAACTAGTCAGACTGTGCAAGGTGTTAAGTAATAACTGATATTTGATTCAGAACATAAGAAAAATTAGCTTTTAAATCAATAAATACAAAAGTAGTTGGCTTTTTTTTTTTTTTGAAAAAACATAGTACACTTGTTATCTAGGAAGGTTCTTTTGGTCATTGCACTTAAGAATTGAAAAAACTTAATACCGAGACAGAAACCAAATAGAATTTTGTTAATGGTATAGCCAGATATTATGGGGACTCAAAGAGGAATGTGAAAGTCAGCCAACCTCCTACCAGCCTCCTCCAAAAAACCAAAAACCACAAACTTAGAGTTGTCAGTGAATTAAGTAGCCGTTTCTGGAGGGAAAGGAACATGAATTCACTGGTATTTAGTACATACAACAAGTGCATTCGTGCAGAAAAAGAGAATTGTAGCTGGCATATTAAAGTTGCAGTGAGAACAGGTGCCTGTGCCATCATTGAGGCTGGAAGAAGAAGCCCACAGGAGGGAAGGGGGATGGGTATTAAAGGCAGGTAACATAGGCAGAGACCACCCCAGACTGTGGGTCTCTGCCTCTCTTTGCATCAAGAAGCCTCTGATGATATATGCAAGTGTAGCAGATGTCTGTTAATGTGAGGACACACCATGACCAAGGCAGCTCTTATAAGGGACAACATTTAACTGGGGCTGGCTTACACATTCGGAGGTTCAGTCCACTCTCATCAGTAGCACTAAGCATGGCAGTGTCCTGGCAGGCATGGTACTGTAGAAGGAGCGGAGAGCTCTACATCTTACGATGAAGGCAGCAGAAGATGGTCTTCCAGGCATCTAAGTCTTGCCCCACCTCCCCAGTGCCACTCCCTGGGCCAAGCACATTTAAACCACCACAGCAGAATATCTAATTTTTTTTGCTCTTGTTAAAATACCTTTTGCTTGTTTGTCCTAGTTATTATGGAATGAATTTTTTTTTATTTGTACGCTTGTCTTTGTAATTTAACTGTATATTTCTGGTGAACGCAGTTTTATCTTGGTTTTCTTGCTCCCAGTTTTATTTCTGTTTCCATCTCATTGTGTGTTTCTTAGTAGTTACTGTGTATTAGCTAGATGGATGGTGGGGCAGGAGAGTGACTGGGTAGATAAGAGTTTGTGGATCAGTAGTCACTGCCATC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TGTCACCTGCCATGGCTTCTCTCCCTCTCCCTCCTGTCTCTTCCTGTCTCCTCCTCTTCCTTCAAACTTCTCTCCAGCCCATCCTTCCTTCTCCTCCAGCGACAGGCCTCCTTCTATCCTGTACCTGCCCCTCACTTGTATTTTACAAATTAAATGGGGAGAAGGTTCTGGTGAAGTCACCTGAGTCCTGAGTACATGACTAGGCAGCTGTCCTTGGGGCAGTGGAATTAGCACCAAAATACAGATAACTCCAGGGCAAACCACAACAAAGAATTATTGAGGACTGTGTCCCTTTTTTTTCCAGGTGTAATAGTGACTAAGTGCCAAGAACTTTGTAATGTTTGCCCAGCCCTGTTGCCTTGATTCTCTTCTTGTTCATCAGCAGCACTGTGTGAGCTCTTCATTGCTGCCAGTGAATTGTGTTTTACACGATTCCTACAACAGTCTGCCTGGGTAAACCGCTAGTGACTTCCTCCTGTGTCCAGTGGAACAGTTACCTTCCATTGCTGTTGGGTTGGTACCCGTCCTCTTGCACAGTTGCCTTGCACAGGTCTGGAGGTGCTGCCTGCACCTTTGCTTCCCGCACACTGTCCCTCTGTTGTGTAGTGAGTGCTCTTGGACACCGGCTCATCCCAGGGAATCCCTTGCATCCCCAACTGTGACCCAGGGCTGTGTGATTCACCCGCCCTACCCACCACAGTCTCATGTAGTCCTCATTTCTGCCAAGTTTCTTGAAAGCAGAGACCATATGTGTTACACAGTGCTACCCAAGGTTTAGAATAATGTCTGGGAAACAGTGACTTCTCAGATATTTGCAGGATGAATACACCAGTTTTTTTCTCTAGAAACTGGTGATTCAGAAATGATACAAAAATCTAAATTCTAGGTGTAGAGCCTTTAAAGTGTCCTAGTTCTCCGTCTTTCTATTTGAAGAAGGTTGTACATGATTTTTATCAGCATGAATCAATATTTATGTTCTTTAAAATAAACCCCACTCATAAGCTGATATAACTTCTAATTATTATTACCTTCTAGAAGTATAGAGTGGGTGTTTTCTTGACACCCCCCTCCTTTCCCTCCATTTCCTCCTTTCTTCCTTTCATGGTTAAAACAGGTTTTTCAGTTTGGATACTTACTGAGACACTGGAGAGACTGTCACTTTGGCCTTTTACTCTGTACCAGGAGCCTTACCAACTCCTTCCTTGCTAGGGTCAGGTGTCCCGTCACCGCCGCCCCCCCCCCCACCCCCCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGTGCGTGCGCGCGCGCGCACGGCTGGAGGAGGCCTTTAAGGGCTCCACTGCCCAGTTGTCAGCCCCATTGCGTGGGCTACGTTTGTGTTTTAAATGAGGGTGTTAGTGATCTGTGCTGAGCTTCTCATGCTCACACCTAACATAAGGCTTTTCACACTTCTGTTGTTTCTTTCCCAGAATACATGGGGCGGCGGTGCCCAGTAACTGTTAGTTTGTTCTCCCGCTTCTCTTCCTTGCTCTTGTGGATAGAGTAACATCTACATCCTCATCCCCTTTTTCCTTACGGCTTTACCTGATACAACAGTGAGCAAAGGTTTTCATCAAGTTGTCCTCATTTTCTTGTCCCCCGTGTTTTCAGAATTGAGAATCGGCTGCTCCCCTGTCTTCCAGGCTGTCACTTGAGGCAGTCCTGCTCCGGTTCTCAGTAGAAGCCACCTCTGCTTTTGCAGCTGTTATGTGTGAAGGTCTTTTATTAGTGGATTCAAAATTAGTCTTGTTGTAGAGTATTTTGTACATTGTAGTCTTTCTAGAACAAGTTTTCTTTCCATTTTATTGCTTCTCAGTCATGATTTCTAGGGCTCTAAGCGTTTTGAAAGGCTTACCGAGTTTTAAAGCCATGGCTGTCAGCTGCTTCATTCTGCCGAATGGAAACCTCGTGTTGTTGTTAGAAATGCTGACAGTGCTTAAAACTGTTCTTGTTTACCAAAAACACTTGCTCTGTGAGACGTGAAATAGGTTCTTTAGACAAATATCTTATGAAAAGTTAGTGGTAGTTTCTTCTAACATAGTTTTAAACACTAATTAAAATTTATTAGTAGGGAAGGGATCAAGGAGAAATCTTGTCTGACCAATTTGACTGCTAAATTATGAGATACTTAAATAAAATTTCTTTGGTTGCAG
Seq C2 exon
GTATTTATAACAGCAATGATGTAGCCGTTTCCTTCCCAAACGTGGTGTCTGGCTCAGGATCGAGCACTCCCGTCTCCAGCTCTCATATACCTCAGCAGTCGTCTGGGCATTTGCAACAGGTGGGAGCTCTCTCCCCCTCGGCTGCGTCATCTGTAACCCCCGCTGCTGCTACAACTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000022249:ENSRNOT00000034157:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.850 A=NA C2=0.790
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]