HsaINT0103659 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000078403 | MLLT10
Description
myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:16063]
Coordinates
chr10:21971154-22002879:+
Coord C1 exon
chr10:21971154-21971186
Coord A exon
chr10:21971187-22002700
Coord C2 exon
chr10:22002701-22002879
Length
31514 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGT
5' ss Score
11.81
3' ss Seq
TAACATTTGTTTTTTTGCAGGTA
3' ss Score
10.8
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATTTATAACAGCAATGATGTAGCAGTATCGTTTCCAAATGTAGTATCTGGCTCGGGATCTAGTACTCCTGTCTCCAGCTCTCACTTACCTCAGCAGTCTTCTGGGCATTTGCAACAAGTAGGAGCGCTCTCTCCCTCAGCTGTGTCATCTGCAGCCCCTGCTGTTGCTACAACTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000078403-MLLT10:NM_001195626:12
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.448 A=NA C2=0.709
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)