BtaINT0093648 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000044074 | MLLT10
Description
myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 10 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16063]
Coordinates
chr13:23181417-23207187:+
Coord C1 exon
chr13:23181417-23181456
Coord A exon
chr13:23181457-23207008
Coord C2 exon
chr13:23207009-23207187
Length
25552 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
GACCTTTTTTTCCCTTATAGGTA
3' ss Score
12.52
Exon sequences
Seq C1 exon
TTAAAAGCTTTCTCAGAGTTGCTGAATGCAATACACAATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATTTATAACAGCAATGATGTAGCAGTATCATTTCCAAATGTAGTATCTGGCTCAGGATCGAGTACTCCTGTCTCCAGTTCTCATTTACCTCAGCAACCTTCTGGGCATTTACAGCAAGTGGGCGCTCTCTCCCCGTCAGCTGGGTCATCTGCACCCTCTGCTGTTGCTGCAACTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000044074:ENSBTAT00000061645:32
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.683
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development