MmuINT0099328 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026743 | Mllt10
Description
myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia (trithorax homolog, Drosophila); translocated to, 10 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1329038]
Coordinates
chr2:18092670-18108023:+
Coord C1 exon
chr2:18092670-18092702
Coord A exon
chr2:18092703-18107844
Coord C2 exon
chr2:18107845-18108023
Length
15142 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TAAAATTTCTTTGGTTGCAGGTA
3' ss Score
8.54
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTTCTCAGAGTTGCTGAATGCAATACACAATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTATTTATAACAGCAATGATGTAGCCGTATCCTTTCCAAACGTGGTGTCTGGCTCAGGATCTAGTACTCCTGTCTCTAGCTCTCATATACCTCAGCAGTCATCTGGTCATTTGCAACAGGTGGGAGCTCTCTCCCCCTCAGCTGCGTCATCTGTAACCCCTGCTGCTGCTACAACTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026743-Mllt10:NM_010804:13
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.155 A=NA C2=0.783
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: