GgaINT0102644 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007928 | MLLT10
Description
NA
Coordinates
chr2:17846053-17850595:-
Coord C1 exon
chr2:17850523-17850595
Coord A exon
chr2:17846208-17850522
Coord C2 exon
chr2:17846053-17846207
Length
4315 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAGC
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
AATTGCAATATTTTCAACAGATC
3' ss Score
6.71
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCAAGATGTGGGAGATAACGGCCGCAGCCTTGCTGGCAGAGGAGGCTCGCCCAGAGGAAGTCTCTCGCCACG
Seq A exon
GTAAGCGGCATTTACTTTGCAGAGTGCAGGCAGAGGAAATGCTGTAAGGTCTGGAAACCTCACTGCCTTTTTGCTTGTAATATGTAAGTGTTTTAAAAGCCTGTGTGTATAAATATAGTGGAAATGTACATAAAAAATGGCTAACGTGAACAAATAGCTAAAAATGGTCTGTAATTCACTCATATATGAGCAAAATTAGGTTTATGAATGAAGGACTTGTGAAATGGAGGCCGGCTTTAAAGGGATTTATTTATCATCGAAGGCATGCATACTAATTACCTGCTGAGTTTTGTTACCATCGTTATATTTTTATTTGTATCGCAAAGGGCCCCAAACCCCACAGTCTCGCAGAGACAAAGAGCACAGTGAGAAGGCTTGGAGAAATTAACTGCTGGTGCAGATGCTGAAACAAATTCCCCTCAGCACTACAGATAGGCAGTAATGCTCTGTCGGGGGAGAGCGCCTTTTTTGTTCTGCTGCAGTTCACCTCTGCTACAAAGGGCTGATGTAAGCATTCTGCTGTTGGAAGTGTAGCAAGTTACTTTGGTTTAAAATATTGACTGTTAAATTTCAGAATTGTGTTTTTAATAACACCAGTGATACTTTCGATTTTTTCTTAATTGAATCTTTTTGTTGTTTAAAGGGCTTTGTTTTCCATTCTGGATCCCATATTGATTACTCGATATAGCGATATCATCGGATTATTATTCTTATTATATTGACTGTGAGAGACTGAACATAGGAATTTCATCTTGGAAGGAATTTCAGAATAGCTCAAAAATGGTAGTTACAAAGATATAGCATTGTAACAATTTTGTTACGGCGTGTGTTTATTGCACTAACTTATTATATATATCACCAAATGAGGTAATTCAATGTGCGTGTCTTTCTGATGGTCTTCTGTTATTTTCCTTAATTAATCAAAAGGCTTCTTGTTGCATAGAACGAGAATATCCATTGTAATACTTAACTAGTATCACTTAGTCGTGACCTGGCTTTTACATTTTCAAATATGTGTTACTCCTAAAACAATAAATAGAGAATTTATGAATTAGATTAGACAGTGTTCTCTCACAGATACGTGTATTTATATTACCATGTAAATATTTACATAAATAAGGACCATGCCTATATATATGCTTAGAAGTAAGTTAGATTTTTGCAGAGGGAAATGCTCAGCAATTAGGAAATTCCTGAATGTTGATATTATGTAATCAGTGCTGCATGTGTGGTAGTTCCGAGTTGCAGTGCTTGCTTAGGTTTGCAAAAGCCTGGTCATCCTATGGGCTGAGTTGTGTTCAGGCTGGCTCTGGATAGATTATTTTGGAAACCGAACTTCTTAAACATGTTTTTAACGTGTATTTACAGCACTTTAACAGAGTGTATACCCAGTATGTGTCTGTGTAGTCCCGTACTTACTACGTGATCAGATTTCAGCTGATTTTCATGAGAATGGCAAAGGAGAGCTGCTTCATTCAAAAGCCCTCTGGGTCCCAAATTCCCGATCTTCCTGTCAATAAGTGCAAAAAATCGCTTCTGTAATTCTGAAATGGAAAGATTCAAGAGATCAACTTGAAATGTCTTGTGTTAAAAAAGAAGTTCAGTGGGCAGCACCTTTCAGTGCTGCTCTGCAGTGCATTTCTGGCTGTGCAATACGTCCAGTGCTCAGCGATCTGGTGCTGTTGTAAACAGTGTGCCGATACTTCTGAGATGTTTAGGTAATTCCCCTCTGTCCTGAGCTAAGTAAATAGCTCTGGTTACTTAAAGTATGATTTACTGGGGGGGGGGGAGCTGACTTCAAAAATCTTTTTAATGTTTAAATCTTTTTAATGTTACCTACATTATGTATTAAGGTGGTTTTTTTTCTGTGAGTTCTGACTCTTCCCTTAAGCTTATGAGATTTAAAAATCACATGCTTTTGGAAAAGAAATATGATTTGTAAACAGTAGTTTAAAATAAAAACACTTGCAGGAATAGTTGTTTGCTGTTGATGACAGCAGATTGCAGCTCTCTGAGAAGATGTGTGTGATGCGTGAGCTGTACGGTCCTTTCAGAAAGGACCCTTTGCATCGTTATTTCTTTGTCACCCCACTGTAATTACTGATAGATATTTAAGCTTTCACATTTAAAATTATGCTATTTGTAGTGTATGGAAATATATGTGACATAGAAGTGTATTTGGTGTGGGGGAGCTGTTTCCGTTTTGCAAAGGAAGAGCTGCTTTTCCCAAGGTAGCACTTACACTTTTTTTACCCAACACTTACCTTTGATTTAAAAAGGTGCTTTGCAGTATCTGCATTGGTGTCCGTTTGTATGTGTAAGTGCAGTTCAGTTGCATTACTTACAGTTAATAGTGTAAGAGAACGAACAAGTATACTGCAGACAAAACTATTAGTTGTGAAAGTAAGCAAGATGAGAAAATGAAAGCAAGACGGGATTGCCGTCTCAGTGGCAGCATCAAAGCAGGGCTTACAGTGCACTTACAGTCCTATAGGAAACTGTGATCAAATACTACATAGAATAAAGATTCAGATGTAGCACGCAGAAACCATACCATGCCAAAGGGATGGAGTAGAGGATCAGTTGGAAGAGGATGGGTTGGCTCGCGTTGAGGTAGAGAAATCTGCATGTGTATTTCTTTCCATCTCTGCGGCCCTGCAGGGAACGACTGCAGCACTGTGTGTTTGTGTGTTGCTTTATTTCCGAGTTGATGAAGTTGATGGGGAAACCATCCTAAGCCCAACGAGCCTTTTGTTGTTCATCTACAATTCAAATGGAGTAATCTGTTAGGGCAGTGTTATGTGCTTTTAAAATGCATCGGGAAGTGCTTGGGATGCCTGTGTGTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGATGTAAATCAGCTGTGTGTAGAGTGCAGTGCATCTGTTTAGAATGTTTCTGCTGAAATCTTTATTACTTGAGCACCTCTTGCAAACGTCTAGCTTTAAGGCTGGTTTGTTTTCTTTACTTTGTCTCTGTGCTGAACTGTTGACCGCTGTTGGGTTGTCATCTCTTGTCAAAAAGCACTACCAGGGTTACCCATTCACCAGACTTCTTTAAACGAGTGTTATTCTTTCATCCTGTATGCAAAGGAGGAATTATTTATAAATACCTACAGAGCTCTTAAGTCACCTACTTAAAACCTTTTCTCATAAAAATCACTTTGCTCTGCTGCCTACAGAATGCTTGCCAGTCATTAGGTAGCTAATGTGCTGTGACCACTGCTTATTGCACTGGTCATAATTAACACACCGATTTCCTGAGCTCTGTACGTTGTCCTGTACTGGCACTATGGTGGTCTTGTTGGTAAGTTTGCATCATGTAGAGCAGTACAGCTGTGATCCTGTGATGGGGCCAGTATTTATTGATACGGCTTATATTATATGAATGTGTAATGGCTTGAATCTCGACTCATGCCAGTTGCTTTAAAAAAAACCAAACCAAGCAACCAACTTTTGGTGTTGGCCCTGTATGAGAAATGGAGCTACGCATACGTGAGCCTGGAATTCTGAGAAATACACTGCGCATCTGGTTTTGCTCACAGGTTAGAGTTTGCCCCATCCAATGAGAAAGGAGCCTGCTCGTAGGTCCTGAGGGCTCCCCAGCTTTAATAGCGGCTGTATGCTGAATATTTCATTTTCTCCTGAACGAGAAAAGACATGTGGCAAAGGGATTATTCCTTAAAATATGTGTGATTGTGAGCGGAGGGGGGGAAAGTACATTAAGTGTGCACAGGACAGGCAGGAGGCAACTTTAACTTCCATCGTGCTCCTTGTGAAATAATGTCTTCATGTAAAAAAACAGAACAAAAGTGTTTTTATGTGGTTCTTTTTAGAACAGTTCAGGCAGTGGATTTATATACGACCTTTGCATGTATAAGTGCTGTTACTGTGCTGATTTTAATAAATGGTTTTTATTTTCCTAATTTTCTCTAAAGGTTTGAATTTTTCTTTAAGTCTTGGTGATCTGTATAGCCACATGTAATGGTGCCTCTAGGGAGGGGTGTATTGTGTAATTTAGAGCAATGTGGTTCTTCCGTTCGATGCTTCTTAGTCTCTATGCAAGAAGTAGTTGTGTTTTCCCAGTATGAATTCTCATGCTGTGAAATATTACATTGTTTTTTGATGAACTCTTGGCAGTCAGTACCAGGAGTTCATAGTGTTGTGATGAATTAGCTTGATCTTAAAAGTGTAAGATACACAGGTGCTAAGGGCTGATACAAGGTAAAAACCAAAACAAAACAGGTTTTTGCTAATGCATTTCCTTCAATCACTTTCTTAAATTGCAATATTTTCAACAG
Seq C2 exon
ATCCCCTGTAAGCAGCTTGCAGGTCCGCTATGACCAATCAGGAAACAACTGTGGGGACAGTTTGCCCCCGGTAGCAGCCAGCATAGAACAGCTGCTGGAGAGGCAATGGAGCGAAGGACAACAGTTCTTACTGGAACAAGGCACCCCCAGTGACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007928:ENSGALT00000012873:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.566
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]