GgaINT0124157 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001157 | DENND1A
Description
NA
Coordinates
chr17:9840664-9862980:-
Coord C1 exon
chr17:9862861-9862980
Coord A exon
chr17:9840734-9862860
Coord C2 exon
chr17:9840664-9840733
Length
22127 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTTTTGTTTTTTTTTTTTAGTTA
3' ss Score
10.1
Exon sequences
Seq C1 exon
CCATGCAGTTAGCCAAGTTGGACAGAACTTTACGTTTGTCCTTACAGACATTGACAGCAAACAGAGGTTTGGGTTCTGTCGCTTATCTTCTGGGGCCAAAAGCTGCTTCTGTATCTTAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
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Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
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Protein Impact
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Features
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]