HsaINT0046688 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000119522 | DENND1A
Description
DENN/MADD domain containing 1A [Source:HGNC Symbol;Acc:29324]
Coordinates
chr9:126438999-126520101:-
Coord C1 exon
chr9:126519982-126520101
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
80913 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGG
5' ss Score
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3' ss Seq
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10.25
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
CTATCTCCCCTGGTTCGAGGTATTTTATAAGCTGCTTAACATCCTGGCAGATTACACGACAAAAAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000119522-DENND1A:NM_020946:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0345613=uDENN=PD(52.7=70.7),PF0214116=DENN=PU(13.0=22.0)
A:
NA
C2:
PF0214116=DENN=FE(12.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)