GgaINT0124826 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001419 | DAB2IP
Description
NA
Coordinates
chr17:9230922-9282781:+
Coord C1 exon
chr17:9230922-9231040
Coord A exon
chr17:9231041-9282627
Coord C2 exon
chr17:9282628-9282781
Length
51587 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
CGGTTGCATTTTTCCTCCAGATC
3' ss Score
9.56
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCCCATCTAATGCCGAGGCTGAAAGAATCGCGCTCCCACGAGTCTCTGCTCAGTCCCAGTAGTGCTGTTGAGGCTTTGGATCTCAGCATGGAGGAAGAAGTGGTCATCAAGCCGGTCCACAGCAGCATCCTGGGACAAGACTACTGCTTCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001419:ENSGALT00000002162:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.200 A=NA C2=0.269
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=PU(25.5=70.0)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=FE(46.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]