MmuINT0046472 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026883 | Dab2ip
Description
disabled homolog 2 (Drosophila) interacting protein [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1916851]
Coordinates
chr2:35517012-35563321:+
Coord C1 exon
chr2:35517012-35517145
Coord A exon
chr2:35517146-35563167
Coord C2 exon
chr2:35563168-35563321
Length
46022 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
CCTGCTAACCACCTCCTCAGGTC
3' ss Score
7.6
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTTCCTCAGCCGCCGCCTCAAGGGCTCCATCAAGCGCACCAAGAGCCAGCCCAAACTGGACCGCAACCACAGCTTCCGCCACATCCTGCCGGGGTTCCGGAGCGCAGCCGCCGCCGCCGCGGACAATGAGAG
Seq A exon
GTGAGCCCGTCGCCGCCCCGGCTGCGCCCCGAGGGCGCGGGGACAAAGCCGGAGCCGGGCAGGGCACTCTCCCGCGGGAGTGACGCCTCGCCAGCCTCCGGGAACTCCGGGAACGGGGCCCCCGTCGTGCTGGGGGACCGGGACTGTACCCTTCGTTGCTTTCACCGGCGCACCTAGGAGGGTGCTGGAGGTCCGGGGTGAGGCCGGGCAGCAAGTGCCCTCTCGGGCATGTGGGGTCCTGCCTCGCCTGGCCGAGGTGGGCATTGTTTTCTGAGCAGTGCTGTGCCTAGAGGTAGGGACGGAAGTGGTGCCTCCACCCTCAGGACCCATCCCCGGCCTACCGAGTCCCTCGCTGTCCGATACAAAAGGCATTTTCGGCTGGTTTTTGCCCAGACCCGGCAGCGCTCGTGGCGCGGAAAAGGGTGAACATCTGGAGGGGAGGAGCAGGGGGCTGGGCCGCTTAGGGGGCACATCTGCGCTAAGTAGGGCACGTGCTCCGCTGGGGGCTGGGGCGAGCCGAGCAGGCAGTGGCCAGGCGCTCGGTTAATGGGTATAACCTAAGACCCGGGAAAATGGGCCTTCCCCCTACAGTCTGGGCAGCTGCTCCCCTTCTTTACCTCCCGCTCCCAGGGGTGTCTTCTGTTCCCTGCTTCCTTCTGGGCAAGCTGAGAGCAGGTGTGGAAATTCCAGGGGGAGGTGGCTTGTGGGGCGAAGGGGAGGGGAGGAGGTTGTTGAGCCTGCTTTGGAGTCACTGGCAACGTGCAGGCTTCAGCTCGCAAGGGCAAGCCATCCTGTCCGTGCGGGGGCACTGGGCGGGCACAGCCTCTGGGGGCCCTGGTTCGCATCCTTGAGTCGTGTCAGCCACAGGCACCTTTCCACTTAGGCACAAGCAGTGATGGATTCCTGTGCCAGTTAGAACGTGTCGTGGAGGTGAAGGAACCAGTAGGCTCCAAGGAGCCTTTTCAGCATTCAGCCCCAACATCTTAGGCTCCTGGCATCTGCCTTCCCGGGTCTGTGTCCGTTTTACCATTGGCGAGTTGGCACTTCTTGTGTGGGAGGCACAGGTTGAATGATAATGTCTTTCCTTTCCTCCTTGGTTCCAGCAAGCAAGGAGTCCAAGTTATCCTAACTCCTGCCCAAGGTGGTGTGACGTTTAACTGACACCTAACATCTACCCCAGGGCACCCCTCCCACATCCCAATTAGAACCACTAGACCTTCCATCAGCCTAGAGCTGTTCTTCAGTGCATCCCCACCACTGTCTGCACCTGGCTTCCCGCCCCGGCTGCCAAGCCCAGCCTAAGGCAGGACCCCCCACCCCCAACCTTTCACTGATGGCTATGGTGCCCCAGGGGACCAGGCGTTCCCTGGCAGGAAGATGCATCCAGGCCAGAGCTCGGTGCTGGGTGCAGCCACTGCGTCTTTGAAAATCTCCATCTCCATTCCCATCTTTGTTATTATTGTCTGTCTGGGCGGCAGGCCACCCGGTTTGCTGCCTTCCTCTCCGGCCCCCACCTCCGGCTGTCTCCCCCAAAGAACATGCCCTTCTCTGCGCTTTCCCTGGCAGGGGTCCGGACCCTCTGTTCTCGCATGCGGGGGCTTGTGTACGTACCCCATTTTGTGTGCATGTGGCGGTTGTCCGGGAGCAGGAGAGAAAGCAGGCAGCCCAGGTCTCTGAGTGTGTCTGCCCTCTTGAGAGCAAGCGGCATGCATGTCGTGTTTACCTTCCACCGCTGGGAAGCCCGCACCAAAAAGCCAGCAGTTGCTTGGCTAGCAACCCTAGTCAGAGTCGGGGCTTCGCTAGGGTGACCTCAGAAACATCCCGTGGCCCCTGGTCTCAGGTTAGCTGTGTTACATGGAGGGGGAGGGGGAGTCGGGTTTCAGAGAAACTACAAATCCATTTCTGGAAATGTGAACGGCTGCAAGAAGAGCTGAATGTCATTGGCAGTGGTGTGGAATTGTCTTTTTAAATTTTTCTGTAAACAATCTGTCCTAGTGGCCTCTCTGGCACCAGAAGGGAGCTCAGATTTCCCTCGAACAGTCAGGCAGACTGGGTGTGAATCCCTCTACCCAGTCTAGAAGCTGAAATGGGCTTTGCCAGGACTGGGGTCTTGTTTTGTTGCTTTGTTCAGGAATTGATCTGCTGGTTGCTGTTGGGTGAGTGGGCAGATGTTTCTCTGGGGCAGTCCTGGAGTCATCATTCTTGGGAGTTGAGTGACATCAACTGTGGTGGATCCACCCCCACCCTCTAATTTCATGATCAAACCTGGGTGAGTGGACAGTGCCTCTTCATTCTTGTGGGTGTTGTGCTGCCCAAGTGCAGTAGAAGGAACAGAGCAAGGAGAGGTTGAGCCTCCTCTCCAGGCTCTCCCTCTGACTGCCATGCCTCCCCTGGGATAAATACAGAGACACCAAGCAGAGAGTGGATGGAGGGCAAGGATGGAGAGGGGTCAGAGGCTTCCAGGTTGCATGTATGAGCCCTGATCCCAGTGACCCTCCCATGGGATGAACAATTTAGGACTATCTGGTTATTCCTGTGAGTGTAACTGGGTGAATCTGTCTGGTTTGTATGACTGCTAAGGAGGTGTTGTTGCATGTTAGTCTGTGCACTCTGTGACTGCTATGTTGGACAGGTCGTTTTTTGTTCTGGAATCCTCCACCCAGATGTGTAGATCAAACCCTCCCTGGTTTACAGGTTGGAAACCAGGTGGTTCTATGCCGGAATCTCTGGGAATCCTGGGAAGGAAGTCTGCCCTAGGTGTGGGCTGCTACTGTTTGGTGGTGAGGCTTGGGTCATGCCATCAGGGACTTGAGGGCTCAGGGCTACAGGACAGGTTTGAGCCTTTCTACTTGTTCTACTGAAAATGGCTCCAGGGGAGGGTCCTAACCGGTCTCCATGACCCCTGGGCCTCTCAGACACCCGTTTCTCCTTTGGAGGCTTAGGCAGTGAGCACCAGCGACAGGACAGGTAATCATTTCTCCTGGTAGCAGAAATGAGTGCTGGCCAGAGCGCTTTCCAGGTGAGCAGGGTGCTGGCAGAGCGCTTCCTCTTGCTTGCTGGAGGTGTTGCTGCTTCATTTACAGGTTGGTTTTAATGTTGGTAAGAGCAATAAAAGATACCATGGCTCTGCCTTCCCAGAATCAAGTCGCTTGCTCATTTATTTATGCTTCTGAGCTAGGAGGTCAGCTGACATCCTTATCCCCCTTTTCTCCTGACACCATTTCTAGGTGACTCTGGCCCCCTACTCAATTCAGTAAGTGTGCCCCCACCCCACCCCCATTTTCTGTCTGTACTCCAGAAATGGCAGAACCCTCTTCACTTTTGCCAGTTGGCCTAGTGCAGCACATAGCTTGGAAGGGTGGGTGGTCAGGAGCAGCTAGGCAAGGCTGGTGTGTGTGCAGTTAGAGCTGCCCTGTCCGTTCCAGGGAATTTGCAGAACTCAATTTCCACATCTGAAAGTTACTCAGGGAGGGATTCCAGGTGTGTAGAACCAGGGAGGGGCGGTAATTGGAAGTTGGGAGTGGGGGTGGTTACAGGGACCTCCCTGGCCCTGAGTAGGCAGATATAAATTCTGTTTCCAGGGGTGAGGGCATCCGTGGAGGAAGAAACAGGAAGCAGGGTGAAGAACAGGTGGAAGACAGAGCCTGTGCTGATTGATGCTGGGCCTTTGCAGTCTCAGGGCTGATTCCTGTCCTGCTAAGCACAGGGATGGGAGGTCAGGTCCTTGTCTGCATTCCTTTTGAACTGGTCAGTGAAGAATAGGGTCTGCGAGATGCAGTTTAGACAGCTACTAGGTATAATGGGCATATGTGTGTGAGCTTTGGCTTCCAAGCCATCCCTGGAACAAGTCACCCAGGCTTTGGGAGCCTTATTTTATACATCTGCAAAGTGAGCACAATGAAAATTATGATGGAGATACTGGTATCATACATTCAATATTTAATCACACACACACACTCCTGTCTCATTTCATGAAGTTTCCTTAGCATTTAATACTAGGTCTCACACATTTCATAAATGTTTCTAAAATTTGATGAAGTTAAAACATAATGTGTGAAAGAAGTTAGCCTAACTGTAGTATTTCAGCAAGTGTCGACAGGAGGAAGCCATTTTGCTTGGTAGGCAGGAGGAAGCCATTTTGCTTGGTAGGCCTCAGTTTTCTCATCTGTAGACTGGACTAACAGTCACTCACGTGGTATCATTCCAGAATTCTAGAGAGCTTGTAGATGCTGCTGCTCCTGGTAGAAGGAGCTGAGTGGTAATGGAGAAGAGGGATGCTGACCTTGAACAAAGCAAAGCCAGAGGCCTAGGAAAGGGGCCTTTTTCCCAGCCTTGCCTGGGAGGGAAGATCTTCCCTATGTGGTTTACCAACCTATTCTAAATGCCTGTTGTTCCAGCTCCTTCTGAGCCATCAGCCTTTAGGTTTACTTTTTCTTTATGAATTTAAAGCCTTGTGCATTACCCATCCGCATCCCTCTCATCTTCTCTAGGCATAATGTTTTAAGAGTTACTAAGCCAAAGAATATGGAGTTTGAAGTTTTTGACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCATATCAAAATCCTCTAATGGCTTATTTCCTGCCAGTGAGCTTTGAGAGTGACCACCTGTTGGCGTTTCTTCATACCCTCTAAGAGATGAGTTGTCTGTCATTAAAATGGACTCTCTTTTTGGAGAGGCAGGAAAAAACGACATTTCTTTATTCGCATTAATTTGCTTGTTAGTGGCTGAGTGCTAGCTGCTCTCCTGAGTCAAGTGGCCAGTGGTGCTGTTTCCTGCAGACTCATCTCTTCTGTCCTTGTGTTCTGCATTTCCCACACAGCCCTTTGCAGGACTTTCAGTTGCCCTGTCAGGCCTTCCTTAGCACTGGGAGGCCTTGTGTGGGTGGGCCCTCCATGTTATATGAGCTATAATGGGAAATTCATTAACTCCTGGTGAGAAAGGCTCACCTGGCTCTCATCTCT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Seq C2 exon
GTCCCATCTGATGCCAAGGCTGAAGGAGTCTCGGTCACACGAGTCCCTGCTCAGCCCCAGCAGCGCAGTGGAGGCCCTGGACCTCAGCATGGAGGAGGAGGTGATTATCAAGCCCGTTCACAGCAGCATCCTGGGTCAGGACTACTGCTTCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026883-Dab2ip:NM_001114125:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.576 A=NA C2=0.268
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0016924=PH=PU(29.9=77.8)
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PU(61.7=96.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: