GgaINT0124865 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000002699 | VAV2
Description
guanine nucleotide exchange factor VAV2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_989473]
Coordinates
chr17:7085986-7125633:-
Coord C1 exon
chr17:7125517-7125633
Coord A exon
chr17:7086045-7125516
Coord C2 exon
chr17:7085986-7086044
Length
39472 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TTCTCTTTTCTCACTTCCAGGTG
3' ss Score
13.85
Exon sequences
Seq C1 exon
TTCCTCTGCTTGAAGAACATCCGAACCTTCCTCAAAGTGTGTCACGACAAGTTTGGGTTAAGAAACAGCGACCTGTTTGACCCCTTCGACCTGTTTGATGTGCGGGACTTTGGCAAG
Seq A exon
GTAAGAGCACAGCACCGGGGGGGGGCGGCTCTGCAGGTCTGTGCCGTGGTGCCATGAATGTGGGGAGGCTTTGTGGCTTTTCTGAGCCAATTCTGTGCCTTAACCCATGCATCTGGCTTGTGGTAGCTTGAGTATTCGGGGGCTGATTCTGCTGTGTGAATTAGGGGAGTGAGCACACGAGCTTTGTTCGGATTGCAGAGCCTCTGGGATCAGCCTGTATGTCTATGGGAGATGGCTTTTTTTTGGGGGGGGTGTATGCTTCAGGTTTTCCCCAGGTGTGTGTGTGCAAATCGTGCACTGTCCATCCCCAGCTGCTGCCTCTACCACGTGCAAAAGAGCCATACCAAAATCACCGTCACCTCTGTGATGGGGCAGGTGGGGCTTTCTGAAGTTTCACGCCAAGGCAAAATTAGCAGCAAAGTGCTCGTGAAAAATGCATGTGGAGGGTTCCCCCCTTGCTACCCCCGCTGGGTGCTGGCTCTGGTGGTGCTGTGTCACCCAGATGGGAGGACTGAGCGCATCCCCGGTGTTGTGCTGCAGCTGATGGGCAGCACCAGAGGCTGTAGGAGCCCCAGTTGTGAGGGAGGAACATCCTACGTGGTTCTGATAAGGAGCAGAACAGCAGGCTCTTTTGCTTCTGACACGTATGGCATCAGGAGTGCGCTGTTACTCTGATGGATTCGGGGCTCAGGGAGGCTATTACATGGGACAACTGCTATATTCTGCAGTGGAAAAGGTGTGAAAAGATTTATTAAAGCTCTCTATTGTTTCACCTCCTTGGAGCTGCCAGGCATAAGCTGCTTGAAGGCGTCTTCTCCTCCCATTATCCAAAGCGTAGCTTTTCACTGCTGATGGGGATGTATTATTTGATATTTATTGCCTAATTTATTTCTGGACCATTATCTGGAATGCGCAATCACAGGGGCTTGTTTTATGAGTTTTTTAATTTATGAAATACAAGGCAGCTCTTGTTGCTCTGGGAATACGAATGCACAGAGGGAACCATTTGGGCTGGGGGAAGAAGCGCCGCTAATTAAAACGCTGCTTTACTGTCACGTTTCTCTTGCCCTGTGCTGCTTCACGTCACCATAGGAGCCCACTGGCAGAGCCTGGTGGGATGCACTCCTGGAACGTGTCAGCTGAACGCAGCTCTGTTTCCTTTGCGTCCTGGTACAGCCTCTCCCAACTCCTCCTGTTTACTTTTCGGGGGTCACTGAGGACTTTGCAGCTTTTGGTCCGTAGCGGGGGAAGGAGCCAATGTGCTGTTTGCTCTTAACCCGTAACAGTGCCGTTTTGGTTGGTTTTTTGAGAGGCTTTGGAAAGGGAAAAAACTTATCACAAACTTCAGAGAGACCCGAGTGTACTTGGTGGCCGGGATCGTGCTCGCTTTAATGCACCTTATCATCTTCCAACAGCCCCACGTGGTTTGCGAGGCACAGGTTCTGCACGCAGAAACCTCTTCCTGCTGTGGCTGTCATGGGTTCGGTGGGATGTCAGCTGCCCCGAGTCCCTCTCAGAATGTCCCCATTGTCTCTGCCACCTTTCATTCCCACTCGATCCTCAGATCTGTGTTCAACAGCGGCAAAGCAAATAAACAGGGAAAAATCTGCAGCTGACCGCGGCGCCTTTCCGCTTTGTGCCGCGGTCCCACGAGCAGAAGGAGCCTTCAATTCACATTCCCACTGGCCAAGGGCAGGCTTCGGACACAGAAAATCCTCCCTGAAGCCATTCCTTACTTATACCAGCAGTGCGTTTTGGCCTGTGAGGCACTTTGGCTCTATAAGGGACTTTTGGAGCGGTGCGTAGGAATTAAGGATGGTTCAATTACACAGGCAGTGTGGCGCAGCGGTGCTGGGTGGTTCCTTTCTGTGTGCTTGAAAGCAGTTATTTCTCTCCTCCAGACCTAAAGGCTGGTCAGACAGCAGTCCCCGACAGCACTCGGACTTGAAGTGTGATCACCAAACAGAATGTGGCAATGGGGGCTCTCATCCCTCCTTGGGCTTTAAGCTCAGGAAGTCGCTGCTTCCTCACCGCCAGCAGGAGAACAGCTGGAGAGATGGGATGGCTGGCCATGTGGGCTGCTCCAGCCCGAATCCCCACGGGTCTGAAAAGATCCATCTCAGCCTTTGTGGGATGTTGGGTAATTGGCAAGCGCGGGCTTCTGCGGAATGGATGTGTCATGGTTCTTGTAATCGGGGCTGCAGTGTTTCCCAGTCACCCCAGGGAGATGAAGGGCTGCTCTCAGCTGCTCACAGCCAATATTTTCCTGATGTCCAGTTGTTTGGCGAGGCCTCTGTCGCAAGGGAAGGGCTGTGCTTCGCAGCACAGGTTGCCAAAAGTGACCTGCAACGCTGACTGCCCACATTTCCAGTCTGTAGATGCCTTAAAAGGCCCAATGGTCTAACAGAATATATTGTTTTCTACAAGTTGTATCGCAGCTTTGCCTGGGTTTCAATCCTTTTTCCTTGAAAGGGGCTCAAAAACCATCATCCACAATAGGGATCTGTACGAAACTGCTCTGTGGTGCCCAGCCCTTGCTAACACAGCCCGGCTCCTGGAAGAGAAATGACATGAAATAAAGCCTCGGTGCTCATGTACTGCGTGGTGCTGCGCTGCACTTCATGCACATTTAATAGCAGCAATGATATAAAACGCAACTCTTATTGGACTTGCTAATTTATTGGCACCGACTGCGATGAGATAAAGTGTACATAAATATGGATTAAACTCTTTATCACTCTATTAGTCAGCATGATAGCAGCAAGGTTCATTAAATGGAGTTACTCATTTTCAATAACTTGCAGTAATGTACCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTGGAGAAATATGGTTCAAATATTCATAAACCCACCGAGCGTGCTGTTTATTAGCCTCCCACTCCTCTCTGCTTTCCCGATGTGTGTTTAATTGTCATCACTTTTCTTTAGAAGTTCTTGGACCGCTTGGAATAAAGCTGCACCCCTCGTGCTGTGTCCATACGGCTGCCCCATGGGAAGGGGGAGCAGCACAGCGCTCGCCTTCTTGCACCCTCTGCACCATCTCAGCCACTCAGTGGCTGCTCTGTGGGGCTTGGATGTGTGTGCAGAGAGGGATCCCATGGAGGCCAAGCTGCTGGTTGCTGTATAAGTTGCAGTACACGACGTGAGCAGCGGTTAGGATGAGATACGAGCAGCGTTCCCCAAAAGAAGGGTGTGTGTATTTCTTTTAAGCTCCCATGGGAGCAGCAGTGTAAGCAGCCTGCAAAGAGTACATGGAGGTGTGTGTGCTGCTGCGTGCTTCACTCTGCATCTGCTTGGATATTGGGATGGAAAAATCAGCTGGGTGAGGATGAGTTGGTTCTGTGGGTCTGCTTTGGGGTGGTGGGGCTTTGCCTGTGGTCGGAGCGCACGGAGCTCAGAGCTGAGCAGTGCAGGGATGGTTCAGGGAGCTGCTGCAGGACGCAGGGGGTGTAGGCTGCTCCCTGGCTTACAGGCTGGGTCACAGCAGGTGCGGTGCGTCCCACAGATGTTTTTGACCCAAGCACTAAAAACGAGCACAGGAAACCCTGACGTTGAACTTCCCTATAGCAAAGAGGGGCACATGAATTGCTGATCTCCGTGGCTAGCCAAGCGTGCACCAGGTGGTGCGTTCTGCTGCGCCGTGCTGTGCACAGACCTGCTGCCATGCCGGCCATCGGAGCTGTGGCTCCAACTGCTGTGACTTTCCCCTCTCTTACAGAAGCTGGAAGTTGAGTGCTGTGTTGTGCCCTGTGGTGTCCCCTCCTGTCCCCAGCTGGGTGAGAGCAGAGGCTGTGTACCCCCCCTTTGACACCCAGCCCAGCAGAAGCTTCTAGCTGCACGGTGACCAATTAGCTCTGCTTTTTCCCTTCCCTCTCTCCCCTACTTGCAAATCTGCACTGTTTATAGATGCACAGCTTTTCGGTGGAACCGAAAGAGCCAGAAATGTTTGTTCTGGGAAGCTTTGCTTTCTCTCCCCCCCACTTCTTGGCTGCTTTCCCCAGTATTTTTCCAAGGGGTCACATTAAGGGGTATTAAGTTTCAGATCAAACAAGCATGGCAGGATCTTTCGTAACTCCCATGGTCTGCATGGGAGGGCTGTTCTCAAAGAGCAGCTGAATGTAGTAATGTGTGAGGAATCCAAGGTATCGATCAGGACGTGGATAAATGCATATTCCTAATGTGTATGAAATTGATTTTCCTTTAGTTCCTTCGCTTGGCTGAGCTCTCCTTGCAGTCATAGCAGACAAGATTGGGGCGAAAATGATGGGTTTTACTTCGGGAAACCTTTGAGCAGTAAGACGTCCACGTCTCTGCCTCCACAAAGGGTTTTCCTATTGTTTAGAAAACGTCTGGCTGCGTTTGACCCCCGCAAGATGTTTTTCCTTTATTGTGTCATTGGGCATTTGTGACTTAATGACTTGGTGAAGATCATCGTGACTGAGAGATGTCCCCAGGCAAAGCGAGTCCTTCTAGACTCAGCGCTCCGTTGGTGCATCTGGCATCACTTGAGCTCAGCTGTTCTGTGTGCATTGGCAAAGGAAGGAAATCTAGCCCAGGTCGTGTCATTGGAAGCAGTCCTGGGATAAAAGGGAGGTTCTCATTCCATAATGAGCCAGGGCTCTGCTGTTTCTTTATTAAAATATTCCCTATGTTTCTTAAGCTCTTGGAGCTGCAGCATCTGATAGCGAGGCTGTCTCAAGGCCAAACGTTTCAGTTACAAAGAATCATTAACATTTCTTGAAACAGATTAACGTGTGGGTGGAACCCTGCGTAGGCAGAACGCGCCAGAAGCGAAACTCTCAGCCTGAAAGCACTGAGGCGACCAAATGCCACCAACCTGGGGTAGCTCTGCATCCTCCCCCTGTGGAACAGATTCGAGGAAAAAAGGCAAAAAAAAATTAAAAAATAAAAAAATAAAAAAGGTTTCTGCAGAAAACAGATTCCTCCTGGGCCACCGAAGGAGAGCGGGCACCAATTGGTGCATCGT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Secondary ID
ENSGALG00000002699:ENSGALT00000004255:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF119713=CAMSAP_CH=PD(39.5=87.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]